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François Bayrou a estimé le 6 octobre sur Public Sénat que la visite de Nicolas Sarkozy au Vatican mêle religion et politique, portant ainsi atteinte à la laïcité. Ce reproche convient moins me semble-t-il à la rencontre avec le pape (même si la démarche est intéressée) qu’au « temps de recueillement et de prière pour la France » prévu ensuite dans la chapelle Sainte-Pétronille. En participant es-qualité à un "culte", le président, contrairement à la règle posée en 1905, accorde à celui-ci une forme de "reconnaissance". Il ne peut même pas invoquer ses convictions personnelles : "Dire que Dieu existe ou qu’il n’existe pas est tout autant absurde", a-t-il ainsi déclaré le 31 octobre 2005 à des journalistes spécialisés dans le domaine religieux.

En définissant la laicité française par le précepte évangélique "Rendez à César ce qui est à César et à Dieu ce qui est à Dieu", F. Bayrou s'expose de son côté au grief qu'il exprime. Cette formule implique en effet l'existence de Dieu, une croyance que la République respecte (donc ne saurait qualifier d'"absurde") mais ne peut privilégier et encore moins faire sienne (cf. l'article 1 de la Constitution).