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Billet de blog 8 nov. 2020

Covid 19: Confinement plus stricte en vue, à partir de la semaine prochaine …

Le gouvernement s’apprête, devant le débordement des services de santé, à mettre en place un confinement beaucoup plus stricte, après avoir tardé à mettre en place un couvre feu « éphémère », puis un confinement « light » dans la hâte fin Octobre. Le gouvernement sera responsable par ces tergiversations de 12 000 décès supplémentaires et de la faillite de milliers de petits commerçants.

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Cela a commencé le 11 Septembre avec le discours du Premier ministre Jean Castex qui réduisait la période d'isolement à 7 jours, au lieu de 14 jours auparavant, malgré l’inflexion croissante du nombre de cas déclaré positif au Covid-19. Et le même jour il annonçait vouloir recruter 2000 emplois pour tracer les cas contacts du Covid-19.

Ensuite, le gouvernement met en place un couvre feu « éphémère » , puis un confinement « light » à la hâte fin Octobre, où les écoles, les collègues, les lycées et tous les magasins de « premières nécessitées » seront ouverts.

Dans sa hâte, le gouvernement revient en arrière en interdisant aux grandes surfaces de vendre des livres, les vêtements, les chaussures, les jouets, au lieu d’autoriser les petits commerces à ouvrir. Pour ma part lors du premier confinement, je suis allé au Super U de mon village pour faire un approvisionnement de nourriture, comme j’avais l’habitude de le faire, et j’ai pris peur devant l’inorganisation de cette moyenne surface. Ainsi je me suis tourné vers le petit village voisin où il y a un Petit Casino, où j’ai trouvé la sécurité que j’attendais, en tant que personne à risque (plus de 65 ans). De mon point de vue les petits commerces appliquent les mesures barrières avec plus de sérieux.

Les rapports hebdomadaires de Santé Publique France montrent clairement que les deux principaux clusters sont « les écoles et universités » et les Ehpad.

Maintenant il s’apprête à fermer partiellement les lycées. Le gouvernement n’aurait-il pas pu se rendre compte que les lycées étaient sources de contamination pour les parents.

Quant aux Ehpad, ce ne sont pas les résidents qui vont faire la bringue le soir en ville, mais il est évident que se sont les soignants qui ramènent le virus au sein des Ehpad, par ce qu’il ne sont pas  testés régulièrement (confirmé par une amie infirmière à la retraite qui s’est portée volontaire pour travailler en Ehpad).

Maintenant que le gouvernement reconnait à demi mot que le triptyque tester-tracer-isoler est un fiasco, il serait grand temps qu’il mette en place des tests antigéniques rapides ciblés sur les foyers infectieux, pour isoler les personnes asymptomatiques.

Au regard de l’étude détaillée des chiffres publiés par Santé Publique France ci-dessous, on s’aperçoit que le gouvernement, avec ses tergiversations sera responsable de 12 000 décès supplémentaires, pour avoir attendu 15 jours de trop pour confiner, et de la faillite de milliers de petits commerces.

Le médecin de Santé Publique, Martin Blachier ,épidémiologiste, qui couvre régulièrement les plateaux TV :

  • affirmait que le pic de la seconde vague était atteint fin Septembre (léger replat), pour se rétracter quelques jours plus tard,
  • proposait de confiner les personnes de plus de 65 ans, pour se rétracter le lendemain,
  • proposait une amende de 10 000 € pour les organisateurs de rassemblements illégaux.

Serait ce avec ce genre de « médecin » qui ne voie pas de patients, que le gouvernement prend ses décisions ?.

Analyse des chiffres publiés par Santé Publique France

En s’appuyant sur le modèle épidémiologique du chercheur Samuel Alizon du CNRS de Montpellier, il est possible de s’approcher des données fournies chaque jour par Santé Publique France, en choisissant les paramètres du modèle.

Chaque état est déterminé par un temps de transition, qui est bien souvent exprimé par une loi de probabilité. Dans le modèle utilisé, les temps de transition sont fixes :

  • temps de contagion : 5 jours
  • temps d’infection légère : 6 jours
  • temps d’hospitalisation : 6 jours
  • temps de séjour en réanimation : 8 jours.

Le pourcentage de la population passant d’un état vers un autre, pourrait varier d’une phase à l’autre au cours de la simulation allant de fin Décembre 2019  à mi Mars 2021. Pour des raisons de simplification,  les taux suivants sont fixes tout au long de la simulation :

  • taux d’hospitalisation : 70%
  • taux de réanimation : 20%
  • taux de décès : 8%.

Pendant la première phase de fin Décembre 2019 au 17 Mars 2020 (date du premier confinement), le taux de reproduction initial R0 est fixé à 3.

La deuxième phase (confinement) du 17 Mars au 11 Mai 2020, le taux de reproduction effectif R a été choisi à 0,6 afin d’épouser au mieux les données fournies par Santé Publique France.

La troisième phase (déconfinement) du 11 Mai au 30 Octobre 2020 a été décomposée en trois sous-phases :

  • du 11 Mai au 30 Juin, le taux de reproduction effectif R a été choisi à 0,7,
  • du 1ier Juillet au 31 Août (vacances scolaire), le taux de reproduction effectif R a été choisi à 1,
  • du 1ier Septembre (fin des vacances scolaire) au 30 Octobre 2020, le taux de reproduction effectif R a été choisi à 1,6.

La quatrième phase (2ième confinement) du 30 Octobre 2020 à mi Mars 2021, les taux de reproduction effectifs R présentés peuvent prendre les valeurs suivantes : 0,8 (bleu), 0,9 (jaune) et 1 (vert).

Une variante du deuxième confinement proposée, en considérant que le confinement avait eu lien 15 jours avant : le taux de reproduction effectif R étant de 0,8 (rouge).

On remarque que les cas déclarés journaliers par Santé Publique France, pendant la première vague, sont bien loin des valeurs de la modélisation numérique. Durant cette première vague, seule les personnes présentant des signes étaient testées (par manque de tests). Ainsi le valeur (moyenne glissante sur une semaine) de 5 000 cas / jour n’a pas été dépassé pendant cette première vague, et le confinement à été instauré avant que la valeur n’atteigne 1 000 cas / jour. Le ratio entre la modélisation numérique et les cas déclarés journaliers par Santé Publique France pendant la première vague est de l’ordre de 9.

A partir du déconfinement, les tests ont été pratiqués à grande échelle, pour atteindre, ces jours derniers, le chiffre de 1,2 millions de tests par semaine. Fin Juillet le nombre de cas déclarés franchissait la barre des 1 000, sans que le gouvernement y prête attention. Fin Août le nombre de cas déclarés franchissait la barre des 5 000, sans que le gouvernement bouge un sourcil. Fin Octobre le nombre de cas déclarés atteignait la barre des 40 000, et là le gouvernement s’est enfin affolé. Bien qu’ayant pris un Reff de 1,6 à partir du 1ier Septembre, la modélisation numérique semble en dessous de la réalité, à moins que l’hypersensibilité des tests PCR ne déclarent trop de cas positifs, en détectant des cellules Covid mortes, comme le couple de touriste Français retenu à Madère depuis plusieurs semaines.

Le président Macron a fixé la barre du déconfinement à 5 000 cas / jour. En ce référant à la courbe bleu (Reff=0,8) le déconfinement serait mi-Fevrier 2021, alors que si il avait confiné 15 jours plus tôt, le déconfinement serait juste avant Noël 2020 (courbe rouge).

On remarque que le nombre d’hospitalisation pendant le premier déconfinement est resté bien au delà de la modélisation numérique, bien qu’ayant adapté le R0 pendant cette phase.

On remarque aussi que la pente des hospitalisations à partir d’Octobre 2020 est supérieure à celle de la modélisation numérique malgré le Reff de 1,6 choisi. Cela veut dire que le nombre d’hospitalisation sera au moins, voir supérieur à celui de la première vague.

Alors que si le confinement avait été instauré le 15 Octobre (courbe rouge) la France ne serait pas dans la situation actuelle.

 En ce qui concerne les réanimations, la modélisation numérique est très voisine des chiffres publiés par Santé Publique France (courbe noir jusqu’au 4 Novembre). Le pic devrait se situé le 13 Novembre avec 5 525 lits de réanimation. Alors que si le confinement avait été instauré le 15 Octobre (courbe rouge) la France ne serait pas dans la situation actuelle, le nombre de lits de réanimation pour Covid n’aurait pas dépassé 2 900.

Le nombre de décès cumulé en hôpital, va probablement atteindre mi Mars 2021 le chiffre de 46 500 (courbe bleue) , alors que si le confinement avait été instauré le 15 Octobre (courbe rouge) il ne serait que de 34 400 décès mi Mars 2021. Le gouvernement sera donc responsable de 12 000 décès supplémentaires pour avoir retardé le confinement de 15 jours, pour privilégier les vacances de la Toussaint.

Calcul du taux de reproduction effectif R

Le taux de reproduction effectif de Santé Publique France est établi par la méthode de Anne Cori (chercheuse de l’impérial collège de Londres). Un temps de doublement de 2 semaines correspondant à un taux Reff de 1,4, avec une période de contagion de 8,4 jours.

Le calcul du taux de reproduction effectif R se calcul de la façon suivante: Reff = [8,4 x Ln(2) + Td] / Td

où Td est le temps de doublement exprimé en jours

Avec 24 530 cas déclarés (moyenne sur 7 jours) au 21 Octobre, le temps de doublement est de 16 jours (12 148 cas au 5 Octobre),  soit un taux de reproduction national effectif de 1,36.

Pourquoi avoir attendu 15 jours pour confiner Mr Macron ?.

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