Un variant du SARS-COV-2 à l’origine de la «seconde vague» européenne ?

Selon une étude du 28/10/2020 (« Apparition et propagation d’un variant du SARS-COV-2 à travers l’Europe à l’été 2020 », auteure principale : Emma B. Hodcroft, scientifique bâloise), réalisée par une équipe composée de scientifiques suisses et espagnols :

Un variant du SRAS-COV-2, identifié, dans l’étude, sous l’appellation 20A.EU1 (alias le mutant A222V, dans une appellation plus standard), serait apparu en Espagne, en juin 2020, où il a atteint des fréquences supérieures à 40% depuis le mois de juillet, et se serait propagé dans plusieurs pays européens.

En dehors de l'Espagne, la fréquence de ce variant est passée de valeurs très faibles avant le 15 juillet à des valeurs comprises entre 40 et 70% en Suisse, en Irlande et au Royaume-Uni, en septembre. Il s’est également répandu en Norvège, en Lettonie, aux Pays-Bas et en France. L’étude a montré, par ailleurs, que ce variant a été exporté d'Espagne vers ces autres pays européens, à plusieurs reprises. Il est actuellement difficile de savoir si ce variant se propage en raison d'un avantage de transmission du virus ou si une incidence élevée en Espagne, suivie d'une diffusion par les touristes est suffisante pour expliquer l'augmentation rapide dans plusieurs pays. 

L’étude s’est appuyée sur GISAID, une banque de données internationale contenant de nombreuses séquences du génome viral (près de 160 000 génomes complets étaient disponibles dans GISAID en octobre 2020), généralement fournis par les quelques pays qui réalisent régulièrement du séquençage génomique. Exploitées par de puissants logiciels informatiques, ces données permettent de suivre la propagation du virus à travers le monde ainsi que d’en surveiller les mutations. 

La fermeture des frontières et la suppression des voyages auraient permis l’apparition de variants en différents endroits, jusqu'à l'été 2020 où les voyages ont repris en Europe. C’est cette reprise des voyages à travers l'Europe et le manque de dépistage et de confinement efficaces qui expliqueraient le succès de ce nouveau variant, 20A.EU1, qui représente la majorité des séquences les plus récentes en Europe, au moment de l’étude. Les chercheurs à l’origine de cette étude estiment que 20A.EU1a été introduit des centaines de fois dans une douzaine de pays d'Europe par des voyageurs estivaux.

En France, les premières séquences identifiées datent du 22 août (une spécificité de la France est que, contrairement aux autres pays européens concernés, elle connaît, en même temps que 20A.EU1, la prédominance d’un autre variant appelé 20A.EU2 dans l’étude (mutant S477N, dans l’appellation standard)).Cette date correspond parfaitement à la date d’apparition de la « seconde vague » en France, à savoir le 29 août 2020, comme on peut le voir sur les deux courbes ci-dessous (VO entre mars et septembre, VA entre septembre et décembre), montrant le nombre d’hospitalisations total, par jour, qui décroît jusqu’au 29 août, puis croît de nouveau.

 

En conclusion :

Des questions, encore des questions (?) :

 1/ Pourquoi une telle étude, qui propose une explication particulièrement intéressante et vérifiable, sur l’origine de la « seconde vague » du covid 19, est-elle passée totalement inaperçue en France ?

 2/ Sait-on quels variants du SARS-COV-2 sont actuellement présents, dans les douze pays européens concernés ?

     Si l’on s’intéresse au cas de la France, il devrait y avoir,depuis le 22 août 2020, au moinsles deux variants 20A.EU1 (alias A222V) et 20A.EU2 (alias S477N).

 3/ Comment peut-on décemment, uniquement en se basant sur des chiffres épidémiologiques (nombre de cas, nombre d’hospitalisations,...), effectuer une analyse de la situation sanitaire et en tirer des conclusions probantes quant aux mesures à prendre, sans rien savoir sur le virus en cours (variant(s) ou pas, de quel(s) type(s), ...) ? 

     De la même façon, quelle idée peut bien se faire de ce qui l’entoure, une personne plongée dans une totale obscurité ?

 4/ Quelle est l’efficacité réelle d’un contrôle aux frontières, tel qu’il est effectué actuellement :

  • Quelle valeur faut-il accorder à une attestation de test négatif fournie par un arrivant, quand on sait qu’elle peut être récupérée, pour une poignée d’euros, sur Internet ou à l’entrée des gares et des aéroports ?
  • Par ailleurs, peut-on réellement penser qu’un simple engagement sur l’honneur suffira à obtenir l’isolement volontaire effectif d’une personne positive au coronavirus ?
  • Enfin, que penser du fait de ne rien exiger des personnes de l’Union Européenne qui arriveraient en voiture ou en train, sachant que ce sont eux qui, vraisemblablement, sont à l’origine des deux premières vagues et seront probablement responsables de la (les) prochaine(s) ?

 5/ Si un variant seul, est capable de recréer une épidémie, quid de la vaccination ?

     Faudrait-il tout recommencer de zéro en vaccinant de nouveau la totalité d’une population, après avoir fabriqué un nouveau vaccin durant plusieurs mois, dès lors qu’un nouveau variant, venu de l’extérieur, pour peu qu’il soit insensible aux antigènes créé par le vaccin (comme cela semble être en partie le cas pour l’un des nouveaux vaccins expérimentés), pourrait recontaminer  tout le pays, comme en février 2020 ?

6/ Dans ces conditions, le vaccin reste-t-il, comme on l’entend souvent, le seul et unique moyen de sortir de cette pandémie, ou bien les traitements vont-ils retrouver une place prépondérante, sinon décisive ?

graphique

Le Club est l'espace de libre expression des abonnés de Mediapart. Ses contenus n'engagent pas la rédaction.