Comment le covid-19 est-il entré en Russie ?

Il serait venu d'Europe occidentale, et non de Chine.

Des scientifiques russes dirigé par le professeur Georgui A. Bazykine ont publié récemment un article [en anglais] dans Medrxiv qui présente les résultats de la première analyse des variations du génome d’échantillon de SRAS-Cov-2 recueillis en Russie pendant la première phase de l’épidémie. L’article n’a pas été encore fait l’objet d’une relecture par des pairs, ses conclusions sont donc bien sûr à lire avec précaution. J’en fais cependant le sujet de ce billet, à la fois illustrer le fait que les questions de génétique et d’analyse du génome restent je crois un des point forts de la science russe — elles sont en tout cas pour les pouvoirs publics une priorité de recherche —, et parce qu’elles sont plausibles, et intéressantes, dans un pays dont la taille donne une dimension particulière à la question de la circulation du covid-19.

Les auteurs de l’étude ont procédé à un séquençage complet de 211 échantillons du SRAS-Cov-2, prélevés entre le 11 mars, date à laquelle seuls 28 cas de covid-19 avaient été confirmés en Russie, et le 23 avril, où les statistiques officielles faisaient état de 62 773 cas confirmés. Les souches virales proviennent très majoritairement de Saint-Pétersbourg (qui est surreprésentée) et de Moscou, mais au total 25 des 85 sujets de la fédération de Russie sont concernés, en cohérence avec la diffusion géographique de l’épidémie. Le nombre d’échantillons est relativement limité par rapport à d’autres études, mais, selon Gueorgui Bazine, le fait que le début de l’épidémie ait eu lieu plus tardivement en Russie, donc à moment où les souches virales étaient plus différenciées, permet de dégager des conclusions plus facilement. 

Sur cette base, les auteurs de l’étude considèrent que les variations et les mutations du génome du virus qu’ils ont constatées conduisent à conclure à 67 introductions du SRAS-Cov-2 en Russie, toutes proches, principalement de la fin février au début mars. Elles ont engendré 9 lignées virales distinctes, qui seraient toujours prédominantes dans la situation épidémiologique. 

Le résultat le plus notable est qu’une seule de ces introductions provenait de Chine, témoignant, et les résultats de l’étude sont donc de ce point de vue une bonne nouvelle pour les autorités de santé russes, de la pertinence et de l’efficacité de la fermeture des frontières terrestres avec la Chine décidée dès le 2 février, et de l’interdiction d’entrée des citoyens chinois qui lui a fait suite, le 18 février. Il faut noter cependant que les souches virales correspondant aux deux premiers cas de covid-19 constatés auprès de ressortissants chinois en Transbaïkalie fin janvier, et dont la réalité serait remise en cause, ne sont pas couverts par l’étude. 

L’essentiel des introductions du virus s’est fait à partir de l’Europe occidentale, dans la fenêtre temporelle où des foyers épidémiques s’y étaient développés, en Italie, puis en Espagne et en France. C’est ces souches qui serait à la l’origine des principales branches virales qui se sont diffusées dans la périodes suivantes. Les autres introductions proviennent d’Océanie, d'Arabie saoudite et des États-Unis notamment. 

L’étude permettrait également de conclure, et c’est à nouveau une conclusion opportune pour les autorités de santé russes, à l’absence de poussée épidémique en Russie en décembre et en janvier. Cela ne prouve pas l’absence, selon Gueorgui Bazakine, de cas ponctuels, mais leur nombre n’aurait pas été significatif, et il ne s’en trouve pas de trace dans les échantillons analysés. La question de savoir si la qualification de pneumonie [ de souche] extra-hospitalière avait été utilisé pour dissimuler des cas de covid-19 avant les premiers cas officiels de covid-19 et pendant le début de l'épidémie a été polémique en Russie.

L’étude revient aussi sur la situation du centre fédéral de traumatologie Wedren de Saint-Pétersbourg, que j’avais évoquée dans ce billet. Sur les 700 personnes qui y étaient présentes, patients et soignants, 500 auraient été atteints du Covid-19. Les 50 prélèvements viraux permettent d’estimer que de deux à quatre personnes seraient à l’origine de ces contaminations, situation laissant penser que les hôpitaux ont contribué au début de l’épidémie de façon systémique à la diffusion du covid-19 en Russie. 

Medrxiv (17 juillet 2020) - Meduza (27 juillet 2020)

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