Une analyse identifie des gènes liés à l’autisme et au retard de développement

De nombreux gènes modifiés dans l’autisme ou dans le retard de développement régulent l’expression des gènes ou la signalisation des neurones.

De Jessica Wright /6 Février 2019

D’après Analysis pinpoints genes linked to autism, developmental delay, source Spectrum News. Traduction Sarah.

Aux commandes : de nombreux gènes modifiés dans l’autisme ou dans le retard de développement régulent l’expression des gènes (à gauche) ou la signalisation des neurones (à droite). Aux commandes : de nombreux gènes modifiés dans l’autisme ou dans le retard de développement régulent l’expression des gènes (à gauche) ou la signalisation des neurones (à droite).

Une analyse de mutations spontanées chez environ 11 000 personnes, atteintes de retards du développement ou d’autisme, met en cause 253 gènes dans l’un de ces troubles ou les deux ; 49 de ces gènes sont de nouveaux candidats. (1)

Cette étude regroupe des données provenant de personne avec l’un ou l’autre diagnostic – une approche qui augmente les chiffres et renforce la validité de ces associations.

Pour ce qui est d’obtenir les gènes [candidats] plus vite et de pouvoir restituer cette information aux parents, nous devrions combiner ces ensembles de données plus souvent », avoue le chercheur principal Evan Eichler, professeur de sciences du génome à l’Université de Washington à Seattle.

Une équipe indépendante a présenté une analyse parallèle à partir d’un ensemble de données qui se chevauchent, chez environ 12 000 personnes autistes en mai dernier, au congrès annuel 2018 de l’INSFAR (International Society for Autism Research) à Rotterdam, aux pays-Bas. Cette équipe a exposé 99 gènes liés à l’autisme.

Cette nouvelle étude a également examiné si les gènes identifiés se situaient dans des variations du nombre de copies (CNV) - duplications ou délétions importantes de l’ADN – qui ont des liens connus avec des troubles cérébraux. Les chercheurs ont ainsi identifié 30 gènes dans ces CNV.

Ce recoupement entre les gènes et les CNV est « rassurant », affirme Santhosh Girirajan, professeur associé de biochimie et de biologie moléculaire à l’Université de l’Etat de Pennsylvanie, qui n’a pas participé à l’étude. Mais, poursuit-il, les chercheurs ne devraient pas écarter d’autres gènes situés dans ces CNV.

Découverte de gènes

L’étude comprend des séquences de 5 624 personnes autistes, 5 303 personnes avec un retard de développement, et leurs parents. Les données proviennent de différents ensembles de données publiées, incluant plus de 4 000 participants de l’étude Deciphering Developmental Disorders (Déchiffrement des Troubles du Développement).

Les chercheurs ont comparé les séquences appartenant à des personnes qui ont un trouble, avec celles des membres de leur famille non affectés par ce trouble, afin de détecter des mutations qui surviennent spontanément. Ils ont ensuite recouru à deux approches statistiques pour mettre en évidence les mutations susceptibles de participer au trouble.

Ils ont signalé des mutations dans 253 gènes en tout, parmi lesquels 124 candidats sérieux ; 10 de ces candidats n’avaient précédemment été liés à aucun de ces troubles. L’étude a été publiée en Janvier dans Nature Genetics.

Les deux approches reposent principalement sur les mêmes gènes, mais ne concordent pas totalement. Il pourrait s’avérer instructif de donner la priorité aux gènes partagés, suggère Lucia Peixoto, professeure assistante de sciences biomédicales à l’Université de l’Etat de Washington Spokane, qui n’a pas participé à l’étude.

Plus des trois quarts de ces gènes sont mutés aussi bien dans l’autisme que dans le retard de développement. Cinq d’entre eux sont plus étroitement associés à la déficience intellectuelle et au retard de développement : ceux-ci comprennent ARID1B et ANKRD11. Aucun ne ressort vraiment comme spécifique à l’autisme, même si CHD8, DSCAM et WDFY3 montrent tous une tendance statistique en ce sens.

L'identification de gènes spécifiques à l’autisme se complique du fait que le trouble se présente souvent en comorbidité avec de nombreux autres, détaille Santhosh Girirajan. Il ajoute qu’on trouvera parfois peu de différences entre des personnes qui ont reçu un diagnostic de retard du développement, et d’autres qui ont été considérées comme autistes.

Les gènes mis en relief tendent à réguler l’expression d’autres gènes, la communication entre les neurones et la signalisation des cellules. Et plusieurs d’entre eux sont exprimés entre le début et la moitié du développement du fœtus, une période critique pour l’autisme, et dans des types multiples de neurones.

Cette analyse met en avant également des gènes dans des CNV spécifiques, tels que MAPK3 dans la zone 16p11.2, qui sont fortement liés à l’autisme.

Ces résultats renforcent à point nommé la théorie selon laquelle de nombreuses CNV exercent leurs effets à travers des gènes individuels, déclare Michael Talkowski, professeur associé de neurologie à l’Université d’Harvard, qui n’a pas participé à l’étude.

Les chercheurs se donnent pour but de renouveler cette analyse dans la mesure où un plus grand nombre de données de séquençage deviennent disponibles. Les chercheurs de l’étude Deciphering Developmental Disorders ont exposé des données préliminaires, issues de 26 765 familles supplémentaires, au Congrès de 2018 de l’American Society of Human Genetics (Société Américaine de Génétique Humaine) en octobre.

Références :

  1. Coe B.P. et al. Nat. Genet. 51, 106-116 (2019) PubMed

 © Phan Tom - Comprendrelautisme © Phan Tom - Comprendrelautisme
Voir La recherche scientifique sur l’autisme : 10 avancées majeures en 2019   Article 10 - 1

Traduction de Notable papers in autism research in 2019, Spectrum News, décembre 2019 sur le site Comprendre l'autisme de Phan Tom

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