Jean Vinçot
Association Asperansa
Abonné·e de Mediapart

1607 Billets

0 Édition

Billet de blog 11 janv. 2023

Jean Vinçot
Association Asperansa
Abonné·e de Mediapart

L'étude sur la signature sanguine de l'autisme fait l'objet d'un examen ouvert

Discussions ouvertes sur les résultats publiés par Eric Couchesne, à partir d'échantillons de sang.

Jean Vinçot
Association Asperansa
Abonné·e de Mediapart

Ce blog est personnel, la rédaction n’est pas à l’origine de ses contenus.

spectrumnews.org Tadution de "‘Science working as it should’: Autism blood signature study earns open post-publication review"

La science fonctionne comme elle le devrait : L'étude sur la signature sanguine de l'autisme fait l'objet d'un examen post-publication ouvert


Isabel Ruehl -10 janvier 023

Illustration 1

Comme tous les scientifiques, Eric Courchesne a l'habitude de voir ses recherches examinées par des pairs avant leur publication. Mais pour son étude la plus récente, parue en octobre dans Molecular Psychiatry, l'examen par les pairs ne s'est pas arrêté là. Peu de temps après la publication, les chercheurs se sont rendus sur des forums en ligne pour critiquer les travaux - en temps réel et en public.

"C'était très utile, car cela permet d'établir une communication qui peut rapidement dissiper les malentendus entre pairs", explique Courchesne, professeur de neurosciences à l'université de Californie, à San Diego.

Dans leur étude, M. Courchesne et ses collègues décrivent un modèle d'apprentissage automatique qui, à partir des niveaux d'expression des gènes dans les échantillons de sang de 240 enfants âgés de 1 à 4 ans, permet d'identifier ceux qui ont reçu un diagnostic d'autisme avec une précision de 80 à 86 %. L'équipe a formé des dizaines de milliers de modèles différents sur 73 % des échantillons, a testé les plus performants sur les 27 % restants, puis a utilisé la moyenne bayésienne pour regrouper les 742 meilleurs modèles en une version finale "d'ensemble".

Quelques jours après la publication de l'article, un commentateur anonyme a remis en question la méthodologie de l'étude dans un message sur PubPeer, une plateforme en ligne permettant aux chercheurs de discuter des publications de revues. "L'utilisation des mêmes données pour la formation et l'évaluation (les tests) n'est pas une bonne pratique et il est presque garanti qu'elle aboutira à un ajustement excessif et à des estimations gonflées de la performance", a affirmé le commentateur, sous le pseudonyme de Cynanchum itremense.

Spectrum a contacté des experts indépendants pour obtenir des commentaires sur l'étude et le message anonyme, après quoi l'un de ces experts, Dorothy Bishop, professeure émérite de neuropsychologie du développement à l'Université d'Oxford au Royaume-Uni, a soulevé des questions supplémentaires sur l'étude sur sa page web personnelle, ainsi que sur PubPeer. Ses commentaires ont suscité des réponses de Courchesne et de Cynanchum itremense.

"C'est la science qui fonctionne comme elle le devrait", a déclaré Bishop à Spectrum, faisant référence au discours ouvert dans l'examen par les pairs après publication. "Les gens peuvent soulever des questions sur la recherche, et les chercheurs s'engagent avec les commentaires, ce qui est arrivé ici."

"Je n'ai pas eu l'impression que les réponses abordaient tout", a-t-elle ajouté, "mais j'ai été heureuse que le Dr Courchesne réponde, et ses réponses ont clarifié certains points."

"J'ai apprécié les commentaires de l'examen par les pairs après la publication et la discussion en va-et-vient", dit M. Courchesne. "J'aurais en quelque sorte souhaité que Dorothy fasse partie des réviseurs dès le début".

Plusieurs experts indépendants ont déclaré à Spectrum que le problème méthodologique soulevé par le critique anonyme peut limiter la généralisation des résultats de l'étude.

"Ils ont choisi les modèles [de l'ensemble] en fonction des performances de l'ensemble de tests, ce qui constitue un avertissement certain quant à l'existence d'une sorte d'analyse circulaire", a déclaré Yanli Zhang-James, professeur associé de psychiatrie et de sciences du comportement à la SUNY Upstate Medical University de Syracuse (New York).

L'application de la moyenne bayésienne perpétue le problème, dans lequel l'ensemble de données de test informe les modèles plutôt que d'être "retenu" comme un échantillon véritablement indépendant - un problème courant dans les analyses d'apprentissage automatique, dit Zhang-James.

Mais Courchesne insiste sur le fait qu'il n'y a pas eu de circularité. "La formation initiale a été séparée de l'ensemble de tests extérieurs de validation", explique-t-il. "Cela nous a permis d'identifier 742 modèles qui étaient très performants et dont la performance a été démontrée dans l'ensemble de test."

Cette partie de l'analyse "était très solide et complète, et les résultats de ces modèles individuels étaient déjà bons", ajoute Zhang-James.

En se concentrant sur les performances du modèle d'ensemble final, on passe à côté de l'objectif de l'étude, estime Courchesne. "Le but de celle-ci, dans mon esprit, était de tester si, en utilisant les mêmes sujets, vous obtenez une amélioration lorsque vous utilisez l'ensemble."

Et ils ont trouvé une amélioration : le modèle d'ensemble a donné des résultats plus précis que la plupart des modèles individuels. La prochaine étape pour l'équipe consiste à vérifier si l'ensemble s'avère efficace pour identifier les enfants autistes dans un échantillon indépendant, indique Courchesne.

Les articles de Bishop ont également lancé une discussion sur la fiabilité et la reproductibilité des échantillons de sang eux-mêmes.

"Les niveaux d'expression génétique pourraient varier d'une occasion à l'autre en fonction de l'heure de la journée ou de ce que vous avez mangé", a-t-elle écrit sur son blog. "Je n'ai aucune idée de l'importance que cela pourrait avoir, mais il n'est pas possible de l'évaluer dans cet article, où les mesures proviennent d'un seul échantillon de sang."

Courchesne dit que son équipe a recueilli des échantillons longitudinaux pour environ 30 enfants individuels de l'échantillon de formation, séparés de 9 à 24 mois. Selon Courchesne, environ 91 % des 1 822 modèles prédictifs découverts à partir de l'ensemble d'entraînement complet ont donné des résultats aussi élevés dans ce sous-ensemble longitudinal.

Bien que l'équipe ait inscrit ces résultats dans une version antérieure non publiée de ses travaux, ils n'ont pas été inclus dans la publication finale.

"Ce n'était pas un nombre énorme", dit Courchesne. "C'est coûteux, et il est difficile pour les enfants de revenir." Néanmoins, ce résultat non publié suggère que les mesures sanguines sont reproductibles, dit-il.

De plus, ajoute-t-il, son équipe a pris d'autres précautions : le même phlébotomiste a prélevé le sang de chaque enfant et a reporté le prélèvement si l'enfant avait de la fièvre, car l'activation immunitaire pourrait potentiellement modifier les niveaux d'expression des gènes, explique Courchesne. L'ARN a été extrait de ces échantillons exactement de la même manière par la même personne, également.

"Nous étions vraiment uniformes", dit-il.

Compte tenu de ces précautions, Sek Won Kong, professeur agrégé de pédiatrie à la Harvard Medical School et membre de la faculté du Computational Health Informatics Program du Boston Children's Hospital, se dit moins préoccupé par les questions de fluctuation des niveaux d'expression des gènes en raison de l'heure de la journée ou du régime alimentaire - "bien qu'il doive y avoir quelques gènes en corrélation avec l'âge, qui fluctuent dans le temps et qui répondent à des facteurs environnementaux", dit-il.

L'équipe de Courchesne a déjà constitué un ensemble de données portant sur plus de 2 000 tout-petits et, pour leur prochaine étude, ils testeront la capacité du modèle d'ensemble à faire la distinction entre l'autisme et le retard de langage, dit-il.

Citer cet article : https://doi.org/10.53053/PHME4244

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

Ce blog est personnel, la rédaction n’est pas à l’origine de ses contenus.

Bienvenue dans Le Club de Mediapart

Tout·e abonné·e à Mediapart dispose d’un blog et peut exercer sa liberté d’expression dans le respect de notre charte de participation.

Les textes ne sont ni validés, ni modérés en amont de leur publication.

Voir notre charte