Crible de protéines liées à l'autisme et des centaines de nouvelles interactions

INSAR 2021. Nouvelles connexions : L'identification des partenaires d'interaction des protéines liées à l'autisme pourrait révéler de nouveaux mécanismes impliqués dans cette condition.

spectrumnews.org Traduction de "Autism-linked protein screen reveals hundreds of new interactions" par Grace Huckins / 14 mai 2021

Un crible de protéines liées à l'autisme révèle des centaines de nouvelles interactions 

 © Kenneth Eward / Biografx / Science Photo Library © Kenneth Eward / Biografx / Science Photo Library
Une nouvelle analyse a permis de découvrir plus de 1 200 nouvelles interactions protéine-protéine impliquant les protéines codées par 92 gènes fortement liés à l'autisme, selon des résultats non publiés.

Les chercheurs ont présenté virtuellement ces résultats la semaine dernière lors de la  réunion annuelle 2021 de l'International Society for Autism Research. (...).

Bien que les scientifiques aient étudié de manière approfondie un grand nombre des gènes liés à l'autisme pris en compte dans ces nouveaux travaux - notamment SHANK3, CHD8 et FOXP2 - comprendre comment leurs produits protéiques interagissent avec d'autres protéines dans la cellule pourrait fournir de nouveaux indices sur les fonctions de ces gènes, explique Snow Naing, étudiant diplômé dans le laboratoire de Nevan Krogan à l'Université de Californie à San Francisco, qui a présenté les résultats de l'étude. Elle pourrait également révéler comment les mutations de ces gènes contribuent à l'autisme.

"Les gènes sont excellents comme point de départ, mais en fin de compte, ce sont les protéines qui remplissent une grande partie des fonctions", explique Naing. "Et les protéines, elles ne fonctionnent jamais vraiment seules - elles interagissent toujours avec d'autres protéines".

Des études antérieures ont catalogué de nombreuses interactions impliquant des protéines liées à l'autisme, qui sont disponibles dans des bases de données en ligne telles que l'Interactome humain de référence [Human Reference Interactome]. Mais, selon Naing, les résultats des essais d'interaction protéine-protéine peuvent varier considérablement en fonction des méthodes utilisées. Les données de l'Interactome de référence humain proviennent par exemple d'expériences menées sur des levures, alors que Naing et son équipe ont réalisé leurs expériences sur des cellules humaines.

Sonder les protéines

Les chercheurs ont attaché chacune des 92 protéines liées à l'autisme à un complexe protéique, qu'ils ont utilisé comme une courroie pour tirer la protéine hors de la cellule, avec toutes les autres protéines avec lesquelles elle interagissait. Ils ont identifié ces autres protéines par spectrométrie de masse.

Après avoir éliminé le "bruit de fond" des protéines qui se trouvaient juste à proximité, Naing a découvert 1 403 interactions protéiques impliquant les protéines liées à l'autisme ; 87 % de ces interactions ne sont pas répertoriées dans l'Interactome humain de référence ou dans d'autres bases de données similaires.

Elle et son équipe étudient comment les mutations observées chez les personnes autistes perturbent ces interactions.

L'analyse s'est appuyée sur des cellules rénales humaines "comme premier test, car elles sont faciles à manipuler", explique Mme Naing. Mais les cellules rénales et les neurones expriment de nombreuses protéines distinctes qui leur permettent de remplir leurs fonctions particulières.

C'est pourquoi Naing et ses collègues prévoient de réaliser la même expérience sur des cellules progénitrices neurales, le type de cellules qui se développent finalement en neurones.

"Nous nous attendons bien sûr à voir des différences, car les différents types de cellules auront des interactions différentes", explique-t-elle. "Mais nous nous attendons aussi à voir beaucoup d'intersection".

Lisez d'autres comptes rendus de la réunion annuelle de la Société internationale pour la recherche sur l'autisme de 2021.

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