Un point d'étape sur la recherche de l'origine du SARS-CoV-2

Un article de synthèse sobre et argumenté de la revue Nature fait le point sur les différentes hypothèses concernant l’origine du « virus chinois » (dixit Trump)

Cet article est bienvenu qui nous éloigne du simplisme et du complotisme à l’oeuvre ici ou là (y compris à Médiapart). La présentation sous forme de questions et réponses permet de faire rapidement le point sur les divers aspects toujours en débat. En voici les principaux éléments :

1°) l’hypothèse que l’apparition du virus à Wuhan résulte d’une fuite de laboratoire reste en discussion parce que l’on n’a pas encore de preuve scientifique qu’il ait une autre origine, mais que l'origine de la souche historique soit une espèce porteuse animale reste le plus plausible.

2°) Il y a déjà eu un cas d’un virus de SARS (le premier du nom) échappé d’un laboratoire de Pékin en 2004, qui avait contaminé 2 chercheurs puis 7 autres personnes avant que la diffusion ne soit stoppée. Une diffusion accidentelle à partir du laboratoire de Wuhan reste donc à envisager, concurremment avec l'hypothèse officielle chinoise d'une diffusion à partir d'un marché où se vendaient des animaux sauvages.

3°) L’origine animale la plus plausible reste une évolution du virus RATG13 trouvé chez la chauve-souris. Comme le génome du SARS-CoV-2 n’est qu’à 96% identique à celui de RATG13, il y a probablement eu une étape intermédiaire de transformation impliquant une autre espèce, encore inconnue. Mais il y a des progrès aussi dans cette recherche : une récente pré-publication chinoise fait état de la découverte d’un autre virus de chauve-souris plus proche de SARS-CoV-2 que RATG13.

4°) une fuite de laboratoire ou une diffusion volontaire pourrait provenir soit d’un virus original collecté dans la nature et conservé pour étude, soit d’un virus génétiquement modifié dans ce laboratoire mais cela reste une conjecture. L’argument que l’on n’ait pas encore trouvé un animal-relais entre la chauve-souris et l’homme (sous-entendu : donc c’est un virus qui a été génétiquement modifié dans le labo de Wuhan) n’est pas très pertinent : des années après la première épidémie d’Ebola on n’a toujours pas trouvé quel animal-relais aurait pu transférer le virus Ebola à l’homme (pas d’identité génomique détectée). L’apparition d’une maladie dans une espèce sauvage est souvent sporadique et le matériel génétique recueilli (dans la salive ou les selles) est souvent dégradé ce qui rend difficile l'obtention du génome complet.

5°) La proximité du laboratoire de Wuhan avec les zones à coronavirus est logique ; les laboratoires de virologie tendent à s’installer et/ou à se spécialiser dans les zones concernées par un certain type d’affection (la dengue en Amérique Latine, les fièvres hémorragiques en Afrique etc.)
Que l’épidémie soit partie de Wuhan, une ville de 11 millions d’habitants avec un aéroport, des gares ferroviaires, des coronavirus dans l’environnement ainsi que des marchés vendant de la faune sauvage, et qu’elle se soit répandue rapidement dans le monde entier n’a donc rien de très surprenant, et il n’est pas nécessaire d’impliquer le laboratoire de Wuhan dans cette dissémination.

6°) Il est improbable que ce virus soit le résultat d’une manipulation génétique. Certaines propriétés du virus qui facilitent son entrée dans l’organisme (comme l’existence d’un site de clivage de la furine) sont communes avec d’autres coronavirus et peuvent s’expliquer aisément par un processus de convergence évolutive. D’autre part, les spécialistes Américains n’ont trouvé dans la souche historique aucune signature révélant une manipulation génétique. Une discussion à propos de l’encodage de l’arginine comme indice d’une éventuelle manipulation n’a pas conduit à une conclusion positive (les 3 % de code CGG du SARS-CoV-2 étant inférieurs au 5 % de CGG du premier SARS dont personne ne conteste l'origine naturelle).

7°) Les coronavirus cultivés au laboratoire de Wuhan (seulement 3 se sont révélés cultivables sur 300 échantillons collectés dans des cavernes à chauve-souris) n’étaient pas proches du SARS-CoV-2. Sauf à supposer que l’information correspondante ait été supprimée des archives et le secret conservé pendant plusieurs années, il ne semble pas que le SARS-CoV-2 ait été antérieurement recueilli par ce labo.

Conclusion personnelle: les Etats-Unis ont demandé un accès complet à toutes les données du laboratoire de Wuhan mais il est peu probable que la Chine y consente (pas forcément parce qu’elle aurait quelque chose d’important à cacher concernant le SARS-CoV-2, mais pour réaffirmer sa souveraineté et peut-être pour garder secrètes d’autres recherches en cours).

Source : https://www.nature.com/articles/d41586-021-01529-3

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