La référence religieuse est officiellement celle de l’enseignement privé, confessionnel à 95 %.
Ce « caractère propre » s’efface dans la majorité des établissements catholiques. Cet effacement suscite une réaffirmation identitaire, également caractéristique des établissements juifs et musulmans.
« Au moins 60 % des établissements ont perdu comme fondement la référence explicite au Christ… Nous avons perdu notre âme… ». L’intervention, en 2006, de Jean-Pierre Cattenoz, évêque d’Avignon, a secoué le monde de l’enseignement privé. Alors que les prêtres, les religieux et religieuses constituaient la moitié des enseignants du privé en 1960, ils ont quasiment disparu aujourd’hui. Les motivations des parents – c’est bien connu – ne sont religieuses que pour environ 10 % d’entre eux. La sécularisation interne est une réalité massive. Depuis quinze ans l’épiscopat tente d’y pallier, pris entre une logique libérale généralement sans pour autant adopter les solutions de l’évêque d’Avignon. Plutôt que de recourir à l’obligation à tous les niveaux, c’est une « Annonce explicite de l'Évangile dans les établissements catholiques d'enseignement » qui est prônée, selon le titre d’un document publié en septembre 2009 par le Comité national de l’enseignement catholique (CNEC). L’enseignement catholique se taille la part du lion avec près de 10.000 établissements et deux millions d’élèves.
Mais il ne faut pas négliger l’enseignement privé juif. Plus de 30.000 élèves sont inscrits dans 250 établissements, soit 30 % des enfants de famille juive. Peu inspectés, comme le fait apparaître un colloque sur la loi Debré analysé par Claude Lelièvre, ces établissements exigent la plupart du temps la « ketouba », document attestant le mariage religieux des parents. Tout aussi engagé dans l’affirmation de son identité, et beaucoup plus visible médiatiquement, un enseignement privé musulman émerge. Il compte huit établissements et un millier d’élèves, en incluant l'école élementaire de l'Olivier à Marseille. Une dizaine de projets sont à l’étude. Le collège « Ibn Khaldoun», installé dans le quartier populaire du Mirail à Marseille, et le collège « Alif », à Toulouse, ont ouvert leurs portes à la rentrée 2009. Le collège-lycée « Al-Kindy », à Décines (Rhône), qui avait démarré en 2006 avec vingt élèves est aujourd’hui le plus important, avec 350 élèves, devançant le collège-lycée Réussite, créé à Aubervilliers en 2001, et le lycée Averroès, fondé à Lille en 2003. Une Fondation Al-Kindy, récemment créée, se propose de soutenir d’autres projets.
On voit mal comment ce qui est largement accordé aux catholiques pourrait être refusé aux juifs (dont les contrats d’association ont été facilités) et aux musulmans (qui connaissent de nombreux déboires administratifs). Le panorama ne serait pas complet sans mentionner les établissements hors contrat : environ 70 pour les catholiques traditionalistes, dont celles de la Fraternité sacerdotale Saint Pie X, selon le site « La Porte latine »; une vingtaine pour les protestants évangéliques selon le site de l’Association des établissements scolaires protestants évangéliques en francophonie, quelques uns se réclamant de l’anthroposophie de Rudolf Steiner et, à la rentrée 2010, le lycée des cinq étoiles, établissement construit sur une initiative sikh, ouvrira ses portes à Bobigny...