Ces titres de rapports d'Amnesty International, respectivement datés de 1999 et 2003, renseignent à eux seuls sur les exactions massives contre la population civile perpétrées par toutes les parties aux conflits armés qui ont dévasté la République du Congo pendant une douzaine d'années jusqu'en 2003.
La paix est revenue, et, dans un communiqué du 3 octobre 2011, le groupe de travail sur les disparitions forcées du Haut Commissariat de l'ONU aux droits de l'homme s'est félicité « de cet état de paix, résultat de la réconciliation entre les différentes parties militaires et civiles... », mais en soulignant que « les blessures causées à la population civile par les conflits sont loin d'avoir été toutes cicatrisées ».
En 2005, le procès tenu à Brazzaville à la suite des disparitions forcées de 353 réfugiés revenus en 1999 de la RDC (les « disparus du Beach »), a permis d'établir la certitude de disparitions forcées, et d'accorder une indemnité aux 84 familles admises à se constituer partie civile sur la base du manquement de l'État à son obligation d'organiser « des mesures de sûreté générale justifiées par l'état de guerre ».
Toutefois les accusés, tous officiers de haut rang, ont été acquittés, et le procès n'a pas pu aboutir à l'identification et à la punition des responsables.
En outre, les séquelles de la guerre ont perduré dans le département du Pool. En juin 2010, l'Observatoire congolais des droits de l'homme (OCDH) notait que la sécurité des biens et des personnes n'y était pas assurée et que plusieurs localités étaient sous le joug des miliciens ninjas, auteurs et commanditaires d'actes de torture, de viols et d'assassinats. La question de leur désarmement, de leur démobilisation et de leur réinsertion restait entière.
D'autre part, l'état de paix n'est pas forcément synonyme d'État de droit. Le rapport d'Amnesty International « Des détenus politiques dans un vide juridique », énumère les noms de détenus arrêtés début 2005, accusés de vol d'armes et de complot visant à renverser le Président Sassou Nguesso. Ils étaient toujours détenus fin novembre 2006 lors de la parution du rapport ; alors qu'en mars le procureur avait déclaré que le juge d'instruction n'avait retenu aucune charge contre eux. Certains auraient été soumis à la torture pendant leur incarcération.
En décembre 2010, l'OCDH et deux autres associations de défense des droits humains ont porté plainte contre le régisseur de la maison d'arrêt de Brazzaville, un employé et un gendarme, pour actes de tortures et homicide volontaire, sur la personne d'un détenu.
Dans un communiqué du 13 mars 2010, l'OCDH avait pris « à témoin la communauté internationale sur le déficit démocratique qui prévaut en République du Congo » en dénonçant le harcèlement judiciaire des leaders de l'opposition depuis l'organisation de l'élection présidentielle de juillet 2009.
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