Le dépôt de Svalbard sert de sauvegarde aux semences conservées dans les dépôts de gène standard dont les semences sont utilisées par les chercheurs. Quand le stock dans ces dépôt devient faible, ou trop ancien, les semences sont replantées et le stock renouvelé, et une partie des nouvelles graines sont immédiatement envoyées au Svalbard qui a toujours les semences les plus fraîches possibles. Les stocks du Svalbard sont donc régulièrement renouvelés, en moyenne au bout de quelques dizaines d'années[Sv 1].
Le Svalbard Global Seed Vault est ouvert officiellement depuis le 26 février 2008. Il est financé par diverses fondations dont la Fondation Rockefeller, la Fondation Bill-et-Melinda-Gates (Bill & Melinda Gates Foundation) et la Fondation Syngenta mais aussi le gouvernement de Norvège, l'Australie, le Brésil, le Canada, la Colombie, l'Égypte, l'Éthiopie, l'Allemagne, l'Inde, l'Irlande, l'Italie, la Nouvelle-Zélande, l'Espagne, la Suède, la Suisse, le Royaume-Uni et les États-Unis, ainsi que divers organismes privés. On estime qu'environ 1,5 million de variétés différentes de graines de culture agricole existent encore de par le monde. La diversité et le nombre de graines stockées au Spitzberg dépendront du nombre de pays qui participeront au projet. Mais les infrastructures ont une capacité de conserver 4,5 millions de graines. Les premières graines sont parties du port de Lagos (Nigeria). 7 000 variétés de semences de niébé, maïs, soja et pois de terre, soit 330 kilos répartis dans 21 caisses, qui sont les premières stockées dans la chambre forte au jour de l'inauguration, le 26 février 2008[9]. En 2015, quelque 4 000 espèces sont représentées par plus de 840 000 échantillons[10],[11].