Covid19 : efficacité vaccinale, gravité des infections et comparaison

Dans ce billet, j'explique : (1) pourquoi les différents vaccins ne sont pas comparables entre eux sur la base des essais cliniques (2) pourquoi l'efficacité vaccinale annoncée lors des essais cliniques n'est pas pertinente pour "vendre" le vaccin (3) les derniers résultats "vie réelle", leur pertinence et pourquoi il faut faire attention à ceux-ci

Nous avons tous en tête les chiffres incroyables d'efficacité de plus de 90% pour la prévention des cas symptomatiques avec les vaccins Pfizer, Moderna, Gamaleya (russe) et des efficacités plus faibles (environ 70%) pour Astrazeneca et maintenant pour Johnson & Johnson (J&J).

(Pour chacun, j'ai mis en lien les articles scientifiques publiés concernant les résultats intermédiaires des études de phase 3 ayant servi pour les autorisation de mise sur le marché en urgence. Pour J&J, il s'agit du rapport de la FDA et non pas de l'article scientifique car celui-ci n'est pas encore publié)

Tableau récapitulatif des cas de Covid total selon les essais cliniques de phase 3 à ce jour © Alan Emrey Tableau récapitulatif des cas de Covid total selon les essais cliniques de phase 3 à ce jour © Alan Emrey

  • Pourquoi ne faut-il pas comparer les différents vaccins entre eux sur la base des essais cliniques ?

La comparaison directe n'est pas pertinente pour plusieurs raisons.

  • Les études ont été réalisées à des moments différents. Grossièrement, juillet-novembre 2020 (pour Pfizer et Moderna). Avril-novembre 2020 (Astrazeneca). Septembre-novembre 2020 (pour Gamaleya). Septembre 2020-janvier 2021 (pour J&J).
  • Les études ont été réalisées dans des régions géographiques différentes. L'essai Pfizer a eu lieu presque exclusivement aux USA. Moderna uniquement aux USA. Astrazeneca au Royaume-Uni et au Brésil. Gamaleya uniquement dans la ville de Moscou. J&J aux USA, en Afrique du Sud, au Brésil et dans 5 autres pays d'Amérique latine.

Des localisations et des périodes différentes impliquent une circulation virale différente selon les études mais surtout la circulation de variants (résistants) dans des proportions différentes.

Quand on parle de variants résistants (brésilien et sud-africain), le lieu et le moment de l'étude sont très importants car tous ces vaccins ont été élaboré pour viser la protéine Spike de la souche initiale. Ainsi, le vaccin Astrazeneca n'affiche qu'une efficacité de 22% contre les formes légères consécutives à une infection par le variant sud-africain, induisant une méfiance contre celui-ci (ou campagne de désinformation ?). En attendant, les vaccins Moderna et Pfizer n'ont pas été testés contre ces variants en dehors d'expériences en laboratoire et ce n'est pas bien fameux (tests de neutralisation, voir plus bas). Seuls Novavax et J&J ont montré des résultats contre ce variant.

Pour les vaccins chinois SinoVac et SinoPharm, il n'y a pas d'études publiées, seulement des chiffres partiels (ici et ici). Des essais en Turquie ont annoncé une efficacité de 91,25% sur la Covid légère alors qu'au Brésil, on a communiqué 63% ou 78%. Pourquoi ces différences ? Un faible échantillonnage ? Probablement en raison de la région géographique avec un Brésil emporté par le variant brésilien alors qu'il était encore peu circulant en Turquie au moment des essais. Ceci explique peut-être pourquoi les chinois rechignent à publier une étude où les résultats sont inférieurs aux firmes occidentales ?

On peut donc questionner la pertinence d'un 95% annoncé contre la covid légère avec des essais réalisés probablement qu'en présence de la souche D614G, majoritaire depuis mars 2020.

 

  • Pourquoi l'utilisation de l'efficacité vaccinale annoncée lors des essais cliniques n'est-elle pas pertinente pour "vendre" le vaccin ?

J'avais déjà critiqué les faibles échantillons et la "jeunesse" des groupes pour évaluer l'efficacité des vaccins dans des billets précédents. J'avais également indiqué que les essais ont été pensé pour évaluer l'efficacité des vaccins contre la covid légère, c'est l'objectif principal. La prévention de la covid sévère/mortalité est un objectif secondaire des essais, d'où une puissance statistique faible.

C'est pourquoi, l'âge des participants est si faible. Si l'on cherchait à évaluer directement l'impact sur les populations à risque, c'est-à-dire celles fortement hospitalisées ou qui décèdent de la Covid, on aurait privilégié l'étude sur des populations âgées. L'objectif de ces entreprises est d'annoncer une efficacité élevée et ceci est plus délicat chez les personnes âgées, la réponse immunitaire étant moins bonne avec l'âge.

Comme je l'avais déjà noté dans mes billets précédents, il y a un problème du nombre de cas. Si l'on regarde le tableau ci-dessus, on constate que la Covid sévère ne représente que 45 cas sur 497 de Covid pour Moderna+Pfizer+Astra (pour 76375 participants), soit moins de 10% des cas étudiés (0,058% des participants). On parle d'essais cliniques où au final il n'y a que 45 personnes sévèrement malades ! En incluant J&J et Galameya, on est également à 10% des cas de Covid analysés avec 139 cas (ou plutôt 104, si on reste à 28 jours après injection pour J&J). En poussant encore, on peut trouver des cas supplémentaires dans l'essai Astrazeneca en regardant à des temps plus précoces.

Ce nombre de cas est-il pertinent pour baser une campagne de vaccination massive dans le but de sauver des vies, principalement des personnes âgées ?

Au final, les gens (et les politiciens) retiennent le chiffre 95% en pensant que cela correspond à 95% de protection contre une hospitalisation en réanimation/décès pas et non pas à prévenir une banale toux et/ou courbatures... Par conséquent, psychologiquement, si les autres vaccins doivent s'aligner sous crainte d'être considérés comme peu efficace.

 

  • Alors que reste-il ? Les données de la vaccination massive des populations

La vaccination de masse est en cours, les premiers résultats arrivent.

  • Qu'en est-il en Israël, pays massivement vacciné avec le vaccin Pfizer ?

La vaccination a débuté en Israël le 18 décembre 2020 (2e dose à partir du 9 janvier 2021). Confinement strict (mais pas autant qu'au Royaume-Uni) à partir du 8 janvier 2021. Israël a amorcé une sortie du confinement le 18 février 2021. Au 6 février 2021, 60% des plus de 16 ans avaient reçu une dose de vaccin, 40% les deux doses. Aujourd'hui on est est à plus de 70% de vaccinés pour les personnes de confession juive selon les données du Docteur Eran Segal qui tweete tous les jours pratiquement le suivi des vaccinations en Israël.

 © Dr Eran Segal © Dr Eran Segal
 

Une étude dans le NEJM s'est intéressée aux 1.503.216 vaccinées à date du 1er février 2021. Il y est décrit qu'une semaine après la 2e dose, les infections, hospitalisations et cas de Covid sévères ont baissé de plus de 90% ! C'est notamment pour cela qu'Israël a commencé son déconfinement à partir du 18 février 2021. S'agissant d'une étude rétrospective et non pas avec des groupes placebo, seuls 596.618 personnes vaccinées ont été gardées pour l'analyse. Résultat dans cette cohorte de plus d'un million de personnes (vaccinés+non-vaccinés), seules 32 non-vaccinées étaient décédées et 9 dans les vaccinés Pfizer. Pourtant au cours de la période de l'étude (20 décembre 2020 au 1er février 2021), il y a eu entre 30 et 90 décès /jour en raison d'une Covid TOUS les jours (environ 1700 décès). Ceci montre les problèmes statistiques que peuvent engendrer une étude sans groupe placebo (échantillonnage conduisant à 32+9 = 41 décès versus 1700 dans la vie réelle. Plus exactement 1 million de personne sur 9 millions d'habitants, âge médian environ 30 ans et il n'y a pratiquement aucun mort (ni de vaccinés à cette date) chez les moins de 30 ans : le million de l'étude concerne les plus de 30 ans donc à rapporter plutôt à 4,5 million  --> 1700/4,5 = 377 décès potentiels à inclure versus 41 dans l'étude). Alors est-ce une étude "fiable" ou véritablement représentative de la situation "vie réelle" ? Et surtout n'oublie-t-on pas l'effet du confinement ?

Voici les chiffres disponibles au 8 mars 2021. J'ai indiqué les début/fin du confinement, 1e et 2e dose de vaccin. Depuis le déconfinement, le nombre de nouveaux cas ne diminue plus alors qu'il devrait chuter grâce à la vaccination de la quasi-totalité de la population. Le nombre de décès quotidien a chuté depuis la mi-janvier mais commence à stagner. Nous verrons d'ici un mois ce qu'il en est (le temps que les nouveaux infectés soient hospitalisés ou pas puis éventuellement décèdent).

Nouveaux cas journaliers moyenne à 7 jours) et décès journaliers en Israël © Alan Emrey avec données de Our World in Data Nouveaux cas journaliers moyenne à 7 jours) et décès journaliers en Israël © Alan Emrey avec données de Our World in Data

Alors cette chute dans les nouveaux cas, hospitalisations et décès en Israël serait-elle due plutôt au confinement ou au super vaccin Pfizer ?

Regardons la France (couvre-feu), l'Allemagne, le Portugal et le Royaume-Uni (confinement plus ou moins fort depuis le 8/15 janvier 2021). Le graphique ci-dessous rapporte les nouveaux cas/million (moyenne à 7 jours pour atténuer les fluctuations).

Nouveaux cas journaliers moyenne à 7 jours dans des pays européens © Alan Emrey avec données de Our World in Data Nouveaux cas journaliers moyenne à 7 jours dans des pays européens © Alan Emrey avec données de Our World in Data

Les pays ayant confiné ont stoppé leur vague. En Allemagne ou au Portugal, la vaccination n'est pas vraiment meilleure qu'en France (moins de 10% de la population). Israël a déconfiné vite (pour raisons électorales ?), les cas repartent et un 4e reconfinement est possible selon le Monsieur Coronavirus israélien. En France, demi-mesure avec le couvre-feu, les cas sont à la hausse. On a laissé le variant britannique circuler, nous allons donc bientôt voir ce qui va se passer pour les hospitalisations. En Ile-de-France, on a déjà commencé à déprogrammer des opérations pour libérer des lits de réanimation.

 

  • Une étude sur les hospitalisations en Ecosse. Les auteurs ont comparé le statut vaccinal des patients hospitalisés et rapporté à la population vaccinée. Ils ont observé qu'entre 28 et 34 jours après la 1e dose de vaccin (Astrazeneca ou Pfizer), la vaccination avait 84% d'efficacité sur les hospitalisations. Par vaccin, l'efficacité était de 95% pour Astrazeneca et "seulement" 84% pour Pfizer. Si on regarde plus en détail, 42 jours après la 1e injection par le vaccin Pfizer, l'efficacité tombe même à 64% (tableau 2 de l'étude en lien). Il n'y a pas de données à ces temps pour le vaccin Astrazeneca car la vaccination avec le vaccin Astrazeneca a commencé plus tardivement. Ainsi, la protection est-elle durable dans le temps ? Pfizer peut rétorquer que leur protocole était de 2 doses espacées de 21 jours et non pas d'une seule dose mais on est loin des 100% d'efficacité contre la Covid sévère. Néanmoins, en 15 jours, est-ce une réelle raison pour une perte d'efficacité ?
  • Des résultats du même ordre sur les infections/hospitalisations/décès ont été obtenus chez les plus de 70 ans en Angleterre.

 

Que retenir des situations en Israël et Royaume-Uni ?

Les vaccins Pfizer et Astrazeneca ont une efficacité sur le variant britannique, c'est rassurant. En même temps, on n'est pas loin de 100% d'efficacité.

Cependant, au final, c'est un confinement strict qui permet de faire baisser les infections et donc les hospitalisations/décès, bien plus que la vaccination. Le Royaume-Uni compte aujourd'hui 62 nouveaux cas/100.00 habitants / semaine. (69 en Allemagne, 53 au Portugal)

Je suis pro-vaccin et me vaccinerai contre le SARS-Cov2. Cependant, la vaccination n'est qu'un outil de prévention, elle ne va pas empêcher la circulation du virus. C'est pour cela qu'il faut d'abord avoir une circulation virale faible pour que la vaccination puisse avoir un effet et appliquer un traçage/isolement. A cause des demi-mesures des 12 derniers mois et des paroles politiques contradictoires, les gens en ont assez et respectent pas/peu les consignes. Avec des demi-mesures, on traîne en longueur et les morts évitables s'accumulent. Et la probabilité de voir émerger des variants peu sympathiques augmente.

 

Variants brésilien et sud-africain

Ils se propagent et représentent dorénavant environ 5% des cas en Europe.

Malheureusement, de plus en plus de publications montrent que la réponse immunitaire induite par les vaccins Moderna, Pfizer et Astrazeneca contre ces variants est 5 à 10 fois inférieure à celle contre la souche initiale (ou le variant D614G). C'est ainsi qu'au Brésil, des populations fortement infectées au printemps dernier sont actuellement décimées par le variant B1128. J'en cite deux ici dans Lancet et Nature Medicine qui s'ajoutent aux autres cités dans des billets précédents et il y en a plein d'autres tous les jours sur Biorxiv.org. De même pour les personnes guéries d'une première Covid. 

 

Conclusion

Il faut que la circulation virale soit faible pour un retour à la normale. Une réouverture des restaurants/bars/cinémas... avec un passeport sanitaire (vaccinal) est uniquement de la poudre aux yeux. Le vaccin prévient la gravité de la Covid. Un vacciné peut-être toujours être porteur du virus, il peut contaminer d'autres personnes qui vont le transmettre sans savoir à des personnes fragiles ou non-immunisées. Un passeport vaccinal peut faire sens si le vaccin a une efficacité sur la transmission et surtout s'il procure 100% de protection.

Avec une efficacité d'environ 66%, c'est-à-dire qu'une personne vaccinée sur 3 n'est pas protégée (sans le savoir). Est-il judicieux d'aller dans un lieu clos (transport/restaurant/cinémas..) ? La réponse est non si la circulation du virus est élevée.  La réponse peut-être oui si la circulation du virus est extrêmement réduite

D'autre part, qu'en est-il des enfants ?  Les vaccins ne sont pas autorisés pour les moins de 18 ans (16 en Israël). Pourtant, nous savons depuis le printemps dernier qu'ils peuvent s'infecter et transmettre le virus même si la part de cas grave est très faible.

 

Nouveaux cas journaliers (moyenne à 7 jours) en France vs Pays à stratégie Zero Covid © Alan Emrey avec données de Our World in Data Nouveaux cas journaliers (moyenne à 7 jours) en France vs Pays à stratégie Zero Covid © Alan Emrey avec données de Our World in Data

Mortalité journalière par million d'habitants (moyenne sur 7 jours) © Alan Emrey avec données de Our World in Data Mortalité journalière par million d'habitants (moyenne sur 7 jours) © Alan Emrey avec données de Our World in Data

Il y a des endroits dans le monde où les restaurants et lieux culturels sont ouverts et n'ont même jamais fermés (ou seulement un temps très réduit ou des horaires modifiés) : l'Asie (Corée du Sud, Taïwan, Japon, Singapour...). On y applique une stratégie zero covid avec quarantaine obligatoire, tests PCR dans tous les sens, traçage/isolement et du sens civique. En Corée du Sud depuis quelques semaines, ils enregistrent environ 400 nouveaux cas/jour, ce qui revient aujourd'hui (8 mars 2021) à environ 5 nouveaux cas /100.000 habitants / semaine (comme le Japon) et ils trouvent cela trop élevé ! En France, on est à 221/100000/semaine ! Israël à 264/100000/semaine.

Ne serait-ce pas aux restaurateurs et hôteliers d'être en première ligne pour un zéro covid permettant la réouverture de leur commerce en sécurité ?

Malheureusement, la stratégie européenne et américaine n'est pas au zero covid (comme l'ont dit Boris Johnson. le ministre suisse de la santé, ce que comprennent les conseillers de Merkel de la par les objectifs annoncés) mais au business à tout prix. L'objectif est seulement d'éviter la surcharge des hôpitaux et donc au cycle de contaminations/semi-confinement et espérer un dieu vaccin. Il faut s'habituer à vivre avec le virus (et donc aux morts et aux Covid long). Et puis bon, faut bien relancer le tourisme en vacances comme l'été dernier avec zéro traçage et du je m'en foutisme généralisé.

Autant, on peut accepter que la 1e vague n'était pas évitable (pas de masque, tests...). Autant celle de l'automne et de cet hiver (et de l'automne prochain ?) sont des choix politiques et non scientifiques.

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