Covid19 : étude singapourienne sur Delta

Je présente dans ce billet les résultats d'une étude rétrospective à Singapour comparant le devenir de patients infectés par différents variants (Alpha Beta et Delta) à la souche initiale de début 2020. Surtout, elle apporte des informations quant à la charge virale et donc la contagiosité de ce variant.

Cliquer ici pour lire l'étude rétrospective à Singapour en pre-print (acceptée, en cours de publication) dans Lancet.

Cette étude s'est intéressée au devenir (gravité) et à la charge virale des personnes infectées par différents variants.

Gravité

Le variant Delta (B.1.617.2) est associé à de plus fortes chances (x 4,9) de nécessité d’oxygénation, hospitalisation en soins intensifs et de mortalité (que la souche initiale). Cette (mal-)chance n’est que de x2 pour alpha (britannique B117) et beta (sud-africain).

 

Tableau comparatif de la gravité © Ong et al 2021 Lancet Tableau comparatif de la gravité © Ong et al 2021 Lancet

Charge virale

Après infection, le virus se multiplie dans nos cellules, la charge virale augmente. Quand notre système immunitaire reprend le contrôle, le virus est combattu et donc la charge virale diminue. Ainsi en ne testant une personne qu’une seule fois dans le temps, il n’est pas possible de déterminer si la personne est au début ou bien à la fin de l’infection.

Par PCR, on cherche à détecter la présence d’ARN viral (donc de virus) dans l’échantillon. Lors d’une première étape, l’ARN de l’échantillon est d’abord transformé en ADN double brin. Puis la PCR proprement dite débute : on effectue des cycles d’amplification. A chaque cycle de PCR (Ct), une enzyme synthétise la portion de génome visé (si elle est présente dans l’échantillon). Ainsi à chaque cycle de PCR, on double la quantité présente initialement dans l’échantillon. Dans le réactif de la PCR, il y a une sonde lumineuse qui émet de la lumière selon la quantité de matériel amplifié. C’est cette lumière qui est détectée par la machine et qui permet de dire à quelle valeur de Ct, l’échantillon donne un signal. Evidemment, il y a un contrôle négatif (échantillon sans virus) et un contrôle positif (échantillon dont on connaît la quantité de virus présente). Plus il y a de séquences cibles (de virus) dans l’échantillon, plus le nombre de cycles nécessaires pour avoir un signal détectable sera faible. Moins il y a de virus dans l’échantillon, plus la valeur de Ct sera élevée.

Dans cette étude, les chercheurs ont mesuré tous les jours par PCR l’évolution de la charge virale des individus infectés pour chaque variant.

Dans le cas de Delta, on observe en début d’infection que la charge virale de la personne infectée est en moyenne 3 Ct plus faible que qu’une personne infectée par Alpha ou Beta. Cela signifie que les mutations dans la séquence de Spike se traduisent biologiquement par une charge virale 10 fois plus élevée pour Delta (comparé à Alpha/Beta) et explique pourquoi Delta est si transmissible ! A chaque postillon, à chaque crachat mais surtout à chaque expiration (nuage aérosol), une personne symptomatique comme asymptomatique relargue x10 plus de virus qu’un infecté par Alpha ou Beta. L’écart de Ct est d’environ 9 comparé au virus initiale (début 2020), c’est-à-dire une charge virale environ x1000 plus élevée !

Nombre de cycles (Ct) selon le jour après apparition des symptômes © Ong et al 2021 Lancet Nombre de cycles (Ct) selon le jour après apparition des symptômes © Ong et al 2021 Lancet

 

Une autre point est important dans cette étude est l’ "élimination" de charge virale (shedding). Dans cette étude, les auteurs considèrent qu’une valeur de Ct =< 30 est indicative de la possibilité d’infection. (Valeur restreinte car une étude avait montré l'année dernière (je ne retrouve plus la référence) que 8% des échantillons de patients de Ct>35 comportaient des virus capables de reproduction. C’est-à-dire que même au-delà de 35 Ct, des personnes peuvent être infectieuses).

Les valeurs médianes entre le début des symptômes et une charge virale détectée au-delà de 30 Ct pour le virus initial et les variants Alpha et Beta sont respectivement de 13, 14 et 15 jours. Par contre, il faut 18 jours pour Delta. C’est-à-dire qu’une personne sera infectieuse 4 jours de plus avec Delta qu’avec Aplha (britannique) : durée de contagiosité augmentée d’environ 30%.

Nombre de jours après apparition des symptômes pour atteindre 30 Ct (seuil considéré comme non infectieux) © Ong et al 2021 Lancet Nombre de jours après apparition des symptômes pour atteindre 30 Ct (seuil considéré comme non infectieux) © Ong et al 2021 Lancet

 

Conclusion

Une personne infectée par ce variant Delta est infectieuse plus fortement et plus longtemps et a plus de chance de développer des formes graves que lors d’une infection par Alpha.

Bonus

Une étude publiée dans PNAS montre que la charge virale des personnes symptomatiques et asymptomatiques est similaire. La contagiosité des personnes est donc identique quels que soit les symptômes ou absence de symptome.

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