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Billet de blog 29 mai 2021

Covid19 : variants B1617.2 et P.1, évasion immunitaire et réinfections

Le variant indien B1617.2 se propage à grande vitesse au Royaume-Uni, menaçant son plan de déconfinement. Je reviens ici notamment sur deux articles scientifiques traitant du B1617.2 et du P.1

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Variant B1617.2 et B1351

Hier, l’institut Pasteur a mis en ligne une pré-publication concernant la neutralisation du B1617.2 et sud-africain B1351.

Autant la presse générale s’enthousiasme, autant la lecture de l’article scientifique devrait en réalité freiner les ardeurs.

L’étude montre que le variant B1617.2 résiste à des anticorps monoclonaux autorisés comme traitement contre la Covid19, tel que le LY-CoV555 de Lilly.

Les séra de patients convalescents ou de personnes vaccinés avec le vaccin Pfizer ont une activité de neutralisation 3-6 fois plus faibles contre le variant B1617.2 que contre le variant B117 (le B117 ayant été auparavant démontré pour nécessiter 2-3 fois plus d’anticorps pour une activité neutralisante équivalente au virus souche). Le vaccin Astrazeneca n’est pas efficace. Les vaccinés Pfizer ont une activité neutralisante diminuée de 16 fois contre B1351.

Tests de neutralisation des variants avec des séra de patients convalescents © Planas et al 2021 BioRxiv
Tests de neutralisation des variants avec des séra de patients vaccinés Pfizer ou Astrazeneca © Planas et al 2021 BioRxiv

Une autre manière de regarder les choses :

  • 1/4 des personnes infectées 6 mois auparavant n’ont PAS d’activité neutralisante détectable contre le variant B1351, 16% contre le B1617.2.
  • 12 mois après infection, plus de la moitié (!!) des personnes n’avait PAS d’activité neutralisante contre le B1617.2 (B1351 non testé).

A noter qu’une absence d’activité neutralisante en laboratoire signifie 0 protection dans la vraie vie. Par contre, on ne sait pas à l’heure actuelle à partir de quelle valeur pour la ED50 (concentration d’anticorps nécessaire pour obtenir une neutralisation de 50% en laboratoire) une protection en condition réelle (explication sur l’ED50 et test de neutralisation dans ce billet). Cette valeur est bien évidemment supérieure au simple seuil de détection en laboratoire.

Il y a une bonne nouvelle : les personnes infectées puis vaccinées sont protégées. La conclusion heureuse serait-elle qu’il nous faille tous être contaminés, survivre sans séquelles et se faire vacciner ?

Variant brésilien P.1

La ville de Manaus au Brésil croule sous les cas et les morts. A date d’octobre 2020, 3/4 de la population avait été infecté par le SARS-Cov2. Une prépublication du 12 mai 2021 indique que durant l’année 2021 (entre janvier et mars 2021), 17% des infections par le variant brésilien P.1 sont des cas de RE-infections. Les auteurs estiment que cette valeur est sous-estimée car il n’y a pas assez d’échantillonnage effectué au Brésil.

N’oublions pas que la semaine dernière, le patron de BioNTech estimait l’efficacité de son vaccin (Pfizer) à 70-75% contre les variants indiens sur la base de résultats au Qatar (où 94% de l’échantillon avait moins de 49 ans donc pas vraiment représentatif de la population occidentale).

Il y en a qui disent que 70%, c’est mieux que rien. Cependant, moins d’efficacité (évasion immunitaire) contre un variant en pleine expansion (50-60% plus transmissible que le britannique B117, x3 plus transmissible que la souche initiale), cela signifie mathématiquement plus de gens infectés et donc hospitalisés, covid long, décès…

Plusieurs variants inquiétants dans une même région augmentent les probabilités qu’un individu se fasse contaminer par deux variants, conduisant à une recombinaison des deux virus et donc l’apparition d’un nouveau variant. Ca n’a pas loupé, le Vietnam a annoncé aujourd’hui la circulation sur son territoire d’un tel variant (recombinaison entre le B1617.2 et B117). Selon le ministre de la santé vietnamien, ce nouveau variant se réplique beaucoup plus vite.

Pendant ce temps, que fait-on en Europe ? On ouvre tout et on fait l’autruche ou la cigale.

Bonus Pass sanitaire : Toute personne vaccinée (tout vaccin autorisé par l’EMA) ou précédemment infectée est considérée comme immune et non transmetteuse. Ca tient toujours avec ces données ?


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