Covid 19 : Dans les Bouches du Rhône, une baisse masquée du taux de positivité

La méthode de calcul du taux de positivité au Covid-19, tel qu'il est communiqué chaque jour par Santé Publique France, présente un biais, qui conduit à sa surestimation. Et cette surestimation elle-même augmente avec le temps. Cela a par exemple pour effet de rendre invisible la baisse du taux de positivité dans les Bouches du Rhône.

Comme on l'a expliqué dans un précédent billet, le calcul du taux de positivité effectué chaque jour à partir de la base de données SI-DEP ignore les tests négatifs concernant des patients qui ont déjà eu un test négatif enregistré dans le passé. En effet le "nombre de personnes testées" un jour donné comptabilise en réalité les personnes pour qui ce jour-là correspond au premier test, ou à la première fois que le résultat du test est positif.

Ce biais de calcul conduit à une surestimation du taux de positivité ; et cette surestimation est elle-même amenée à augmenter dans le temps.

Toutefois, Santé Publique France fournit une autre donnée, département par département, sans préciser la répartition par âge ni par sexe : le "nombre de tests réalisés", qui permet de rectifier le calcul du taux de positivité, pour obtenir un indicateur qui a davantage de sens : la proportion de personnes découvertes positives parmi les tests effectués un jour donné.

Si l'on compare l'évolution du taux de positivité "officiel" et du taux de positivité rectifié, on peut faire quelques observations : au niveau national, les deux courbes (Fig.1) s'écartent progressivement — au 1er octobre, le taux officiel est surestimé d'environ 30% par rapport au taux réel — mais elles ont pour l'instant la même dynamique : elles augmentent depuis la mi-juillet. Naturellement, elles ne franchissent pas aux mêmes dates les différents seuils (de vigilance, d'alerte, etc.)

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Fig.1 (Enzo Lolo d'après les données de Santé Publique France)

Cela étant, si l'on regarde en détail ce qui se passe dans certains départements, la distorsion du taux de positivité a des effets plus problématiques. Ainsi, pour les Bouches du Rhône, la surestimation est de l'ordre de 60%, et sa croissance masque la tendance à la baisse observée depuis le 9 septembre sur le taux de positivité réel (ou du moins sur le taux "rectifié", qu'il est possible de calculer.) Le taux réel baisse, mais le taux publié par Santé Publique France ne baisse pas (Fig.2).

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Fig.2 (Enzo Lolo d'après les données de Santé Publique France)

Ainsi, lorsque le Ministre de la Santé Olivier Véran a imposé la fermeture des bars et des restaurants à Marseille à partir du 29 septembre, cela faisait près de trois semaines que la circulation du virus ralentissait dans les Bouches du Rhône, ce qui d'ailleurs semblait commencer à se traduire par une (peu spectaculaire) tendance à la baisse du nombre d'entrées en réanimation depuis le 14/09 (Fig.3).

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Fig.3 (Enzo Lolo d'après les données de Santé Publique France)

 

Ainsi, si l'amélioration de la situation amorcée depuis près d'un mois dans les Bouches du Rhône se poursuit et se traduit par des résultats visibles, tels que la baisse du nombre de personnes en réanimation dans le département (Fig.4), ou le nombre quotidien de décès (Fig.5), M. Véran pourra toujours en attribuer le mérite à sa politique de restrictions des libertés.

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Fig.4 (Géodes - Santé Publique France)

 

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Fig.5 (Enzo Lolo d'après les données de Santé Publique France)

 

Si le taux de positivité "officiel" et sa valeur rectifiée sont divergents dans les Bouches du Rhône au point d'avoir des répercussions politiques bien concrètes, d'autres départements ont des situations moins spectaculaires, mais qu'il conviendrait de suivre de près. Ainsi, la Gironde (Fig.6) offre une situation moins lisible, mais dont les deux courbes de taux de positivité donnent des impressions sensiblement différentes dans leur partie récente.

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Fig.6 (Enzo Lolo d'après les données de Santé Publique France)

Enfin, il convient de replacer dans leur contexte toutes les augmentations (de taux, de nombre d'entrées en réanimation, de décès) que l'on observe depuis la mi-juillet et qui ont été évoquées ci-dessus. L'épisode épidémique que l'on traverse n'est pas de même force, ni probablement de même nature que ce qui s'est passé au printemps (Fig.7). 
Et si les services de réanimation sont saturés, on le doit bien davantage à la politique de suppression de lits menée depuis des années qu'à la situation sanitaire actuelle, qui ne devrait pas faire vaciller notre système de santé, et encore moins conduire à des restrictions de libertés publiques, à un état d'urgence prolongé ou à la mise en péril de secteurs entiers de l'activité économique, sociale et culturelle.

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Fig.7 (Enzo Lolo, d'après Wikipédia et les données de Santé Publique France. Les chiffres des décès du 16/09 et du 18/09 ont été modifiés pour tenir compte de deux anomalies manifestes dans les données : 76 décès ont été retranchés du 18/09 parce que datant d'avant le 27 juillet, comme signalé par Santé Publique France ; et 19 décès retranchés du 16/09 pour une raison semblable, même si elle n'a pas été officialisée par SPF.)

Il convient encore de s'interroger sur le sens des données représentées par le graphique de la Figure 7. En effet, depuis la fin du confinement, les hôpitaux ont progressivement repris leurs activités normales, à une nuance près : depuis le 14 mai, la Haute Autorité de Santé préconise qu'un test PCR de dépistage du Covid-19 soit proposé à tout patient devant être hospitalisé. Or, si l'on consulte les recommandations des Agences Régionales de Santé, par exemple l'ARS d'Ile de France, on peut lire "Les patients hospitalisés initialement pour une/des autre(s) pathologie(s), avec un diagnostic de COVID-19 confirmé biologiquement ou une TDM thoracique évocatrice de diagnostic COVID-19 doivent être saisis dans SI-VIC"
Ainsi, un malade hospitalisé pour une autre affection ou pour une opération chirurgicale, et qui y succombe, figure dans les chiffres fournis par SI-VIC et représentés ci-dessus dès lors qu'il a eu un résultat positif au test de dépistage, y compris si l'état de santé général du patient était dégradé pour d'autres raisons que le Covid-19, et même si le Covid-19 n'a pas eu d'impact sur sa santé.
Les chiffres d'hospitalisation, d'admissions en réanimation et de décès fournis par SI-VIC ne concernent pas les malades du Covid-19, mais les malades positifs au Covid-19, qu'ils en souffrent ou non.
Pour reprendre une expression que l'on entend parfois, le graphique de la Figure 7 n'indique donc pas le nombre de morts du Covid-19 mais, depuis quelques semaines, le nombre de patients morts avec le Covid-19. Parmi eux, certains sont morts du Covid-19, mais les données fournies ne permettent pas de les distinguer.

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