Quand Moussa Faki Mahamat prendra officiellement la tête de la Commission de l'Union Africaine, en avril 2017, commencera pour lui un défi de taille ; transmettre à tous les rouages de l'organisation les impulsions données par Idriss Déby Itno, qui achève tout juste son année de présidence tournante de l'UA.
Même s'il rendra régulièrement compte au nouveau Président de l'Union et à son Conseil exécutif, Moussa Faki Mahamat n'en sera pas moins doté d'un pouvoir d'initiative très important comme Président de la Commission de l'Union Africaine (CUA). Il devrait s'en servir en particulier dans le domaine Paix et Sécurité. Le continent connaît encore plusieurs crises importantes, notamment au Sud-Soudan et en Centrafrique, deux théâtres sur lesquels Idriss Déby Itno essaye avec persévérance d'aboutir à une solution politique durable et sur lesquels Moussa Faki Mahamat a beaucoup travaillé comme ministre.
Un des grands enjeux continenteux sur lesquels Faki Mahamat sera également attendu est bien sûr la lutte contre la menace du terrorisme islamiste, qu'elle émane de Boko Haram, des factions jihadistes de Libye, ou des Shababs somaliens. Sur ce sujet, le Tchad est devenu un acteur incontournable, le Président Déby Itno coordonnant les efforts régionaux pour repousser la menace. C'est en particulier son action qui a permis de mettre sur pied la Force Multinationale Mixte (FMM), qui coordonne les efforts militaires des quatre Etats riverains du lac Tchad et du Bénin contre Boko Haram. Ce n'est pas un hasard si le quartier général de la FMM est basé à N'djamena... tout comme l'état-major de la force Barkhane, l'opération militaire française lancée en juillet 2014 pour lutter contre les groupes jihadistes qui sévissent à travers tout le Sahel. Le président Déby a su mobiliser la sous-région. Reste maintenant à son ancien ministre de mettre la CUA en ordre de marche pour que l'ensemble du continent participe à ce combat.