Prevotella : une bactérie au centre des questionnements sur le Covid-19

Une hypothèse séduisante place la bactérie Prevotella au centre d'une théorie globale de la maladie du Covid. Si cette théorie est vérifiée, elle changerait la donne concernant le traitement de la maladie [Ce billet, dont de nombreux lecteurs ont estimé qu'il véhiculait des information non avérées, n'engage pas la rédaction de Mediapart]

Publié le 22/04/2020

Révisé le 23/04/2020 et amendé à la demande de Sandeep Chkraborty

 

Introduction : deux scientifiques en marge de l’expertise médicale

Entre le silence du confinement et le déroulé continu des informations sur l’épidémie mondiale, se développe à l’ombre de l’establishment des experts médicaux une hypothèse séduisante.

Une hypothèse qui sort de nulle part, née de la collaboration collective sur Internet et impulsée par deux modestes scientifiques. Ces deux scientifiques qui n’ont pas grand-chose à voir avec la médecine ne cessent de répéter : Prevotella.

Personne ne semble les entendre. Il s’agit ici de leur donner une voix.

Deux personnes, que des milliers de kilomètres séparent, ont émis à quelques semaines d’intervalle, en ayant deux approches opposées, la même théorie globale mettant en lumière le rôle probable d’une bactérie appelée Prevotella dans les mécanismes d’action du Covid-19.

A priori, ils ont tous deux une démarche assez traditionnelle dans la recherche : observer, émettre une hypothèse, voir si leur hypothèse explique les observations en attendant de pouvoir la confronter au réel par des expériences.

Mais comment s’y sont-ils pris ? Quelles ont été leurs méthodes et quels ont été leurs raisonnements pour parvenir à ce même résultat ?

Essayons de résumer synthétiquement qui ils sont, quelles sont leur approche respective, quelle est leur thèse générale et pourquoi leur théorie est encore ignorée du monde scientifique.

 

Vue synthétique de la théorie

 Nous avons d’un côté Sandeep Chakraborty, scientifique et chercheur indien travaillant à l’Université de Californie (UC Davis), dont le domaine d’expertise est la biologie numérique ou biologie computationnelle (Computational biology).

Le travail quotidien de Chakraborty est de réunir des données publiées afin d’en tirer des éléments observationnels. Autrement dit, il scanne des études et en étudie les points communs pour émettre des hypothèses. Un peu comme un statisticien observe des corrélations statistiques avant d’interroger leur lien de causalité.

Chakraborty a donc scanné très tôt les données publiées sur ce qu’on appelait alors le Coronavirus chinois. Ces données sont alors toutes chinoises ou presque. De ces données, il observe un élément qui revient avec une certaine récurrence : la bactérie Prevotella.

Dès lors, il s’interroge sur un possible lien de causalité entre Prevotella et le Covid-19 : il en est vite sûr, Prevotella joue un grand rôle dans l’épidémie.

De l’autre côté, un professeur français de Sciences et Vie de la Terre de lycée se faisant appeler Bio Moon (par souci d’anonymat mais l’auteur est maintenant identifié) va élaborer à partir de mi-mars la même hypothèse de travail sur le rôle de la bactérie Prevotella dans le cadre du Covid-19.

En superposant les facteurs épidémiologiques et la symptomatologie du Covid-19, Bio Moon en déduit que la bactérie Prevotella joue un grand rôle dans le cadre du Coronavirus.

Tous deux, l’indien par une approche inductive (il part du résultat et cherche à l’expliquer) et le français par une approche déductive (il a des hypothèses et cherche un résultat), pensent donc que la bactérie Prevotella est au cœur de la problématique du virus.

Selon eux, le Covid-19 prépare un terrain favorable au développement de la bactérie.

Ils émettent aussi l’idée (idée qu’ils reconnaissent comme très improbable) que le Covid-19 pourrait être un virus bactériophage de la bactérie Prevotella (bactérie colonisant notamment notre intestin) et dont la particularité est de devenir un agent pathogène (cf. infra). Ce bactériophage pathogène pourrait être traité par des antibiotiques en première approche d’urgence.

Toutefois, leur théorie ne semble pas prendre corps au sein de la communauté médicale qui ne semble pas disposée à prendre sérieusement en compte la piste de Prevotella.

En effet, les bactériophages sont connus dans leur immense majorité pour être inoffensifs et non pathogènes pour l’homme.

On aborde donc un aspect obscur et encore peu connu de la médecine: le microbiote.

Un autre paradigme semble également étouffer le débat : il s’agit d’un virus et les virus ne se traitent pas avec des antibiotiques.

Par ailleurs, les autorités chinoises ont transmis via l’OMS le génome du virus et à aucun moment ce génome n’indique que le virus soit un bactériophage (présence d’ARN uniquement et absence d’ADN).

Tout laisse à penser qu’il s’agit donc d’un bien virus.

Enfin, les deux scientifiques n’ont pas un pedigree médical suffisant pour se faire entendre au sein de la recherche médicale.

Un peu comme Pasteur qui n’était pas médecin, leur voix est ignorée.

Pour autant, bien que comme eux nous ne prétendons à aucune expertise médicale, nous pensons que leur démonstration logique est robuste et qu’elle déjoue toutes les objections.

C’est pourquoi nous entendons modestement l’exposer ici pour porter le débat le plus loin possible afin qu’il soit repris par la communauté scientifique qui nous semble adopter sur ce sujet une posture assez dogmatique.

En filigrane nous posons également une question centrale dont la portée polémique sera probablement immense : est-ce que le Régime de Pékin a transmis toute l’information génétique sur ce virus ? Et si non, s’agit-il d’une manipulation ou d’une erreur d’analyse ?

Pour répondre à ces questions, entrons un peu plus dans les détails de cette thèse.

 

La thèse : le Covid-19 prépare un terrain propice à la prolifération de Prevotella

La première hypothèse est que le Covid-19 prépare un terrain propice à la prolifération de Prevotella. Nous y reviendrons.

La deuxième hypothèse, beaucoup plus audacieuse et beaucoup plus improbable, est que le Covid-19 soit un virus bactériophage de la bactérie Prevotella (bactérie commensale colonisant notre intestin) et dont la particularité est de devenir un agent pathogène.

Qu’est-ce donc qu’un bactériophage ? Il s’agit d’un virus qui infecte non pas une cellule du corps humain mais une bactérie.

Or la particularité des bactériophages est qu’ils sont connus dans leur immense majorité pour être inoffensifs et non pathogènes pour l’homme.

La littérature ne relève que quelques exceptions à cette règle.

Une étude scientifique de juin 2018 note toutefois ce nouveau paradigme médical.

 Dans ces deux hypothèses, le Covid-19 pourrait donc manifester deux formes distinctes de pathologies :

· Sous forme virale de coronavirus classique lorsqu’elle n’est pas associée à la prolifération bactérienne:

Sous cette forme, le Covid-19 agirait comme les autres Coronavirus que l’on connait tels que le rhume (qui est un autre type de coronavirus).

Il provoquerait donc les faibles symptômes que l’on connait et qui peuvent même passer inaperçus :

o Maux de tête

o Fièvre

o Douleurs musculaires, fatigues

o Toux

o Angines

o Rhino-pharyngites

· Sous forme bactérienne dans le cas de la synergie virus/bactérie ou dans le cadre de l’hypothèse improbable du bactériophage pathogène :

Sous cette forme, le Covid-19 s’associerait avec la bactérie Prevotella. Il en résulterait deux phénomènes : une aggravation du caractère pathogène de Prevotella et/ou une augmentation de la prolifération bactérienne de Prevotella dans l’organisme.

Or les symptômes liés à la prolifération de Prevotella sont connus et ont des niveaux de gravité variables :

o Diarrhées quand la bactérie prolifère dans les intestins

o Parodontites quand la bactérie prolifère dans la bouche

o Angines bactériennes quand la bactérie prolifère dans la gorge

o Maux de tête et troubles neurologiques diverses quand la bactérie prolifère dans les cervicales

o Pneumonies quand elle se loge dans les poumons

o Manifestations inflammatoires (inflammations simples ou septicémie brutale avec « tempête cytokinique »)

A l’exception de la recrudescence observée des cas thromboses (cf. infra) ou de myocardites, les symptômes observés concordent avec ceux associés à une infection bactérienne à Prevotella.

On constate donc que le tableau clinique du Covid-19 se superpose bien avec les hypothèses précédemment énoncées.

Voilà d’ailleurs ce qu’il est dit en première approche a propos de cette bactérie sur Wikipedia: « Prevotella est un genre de bactéries à Gram négatif. Les Prevotella font partie du microbiote oral, vaginal et intestinal et sont souvent retrouvées après une infection anaérobie des voies respiratoires. Ces infections incluent la pneumonie d’aspiration, l’abcès pulmonaire, l’empyème pulmonaire, l’otite moyenne chronique et la sinusite. Ils ont été isolés à partir d’abcès et de brûlures à proximité de la bouche, de morsures, de paronychies, d’infections des voies urinaires, d’abcès au cerveau, d’ostéomyélite et de bactériémies associées aux infections des voies respiratoires supérieures. Les Prevotella prédominent dans les maladies parodontales et les abcès parodontaux ».

Reste à savoir si la bactérie Prevotella est corrélée avec les profils épidémiologiques des populations touchés par le Covid-19.

 

Il existerait une corrélation entre Prevotella, le profil symptomatologique et les populations atteintes par le Covid-19

Voici la liste des observations les plus courantes concernant les populations atteintes par le coronavirus :

· Le Covid-19 peut infecter tout le monde.

· Certaines personnes sont asymptomatiques.

· Certaines personnes sont plus sévèrement atteintes que d’autres.

· Les personnes âgées sont atteintes avec plus de sévérité et avec une sévérité globalement croissante en âge.

· Les personnes atteintes de facteurs de comorbidités comme l’obésité, le diabète ou les maladies de l’intestins (MICI) semblent plus sévèrement touchées.

· Les enfants et les adolescents semblent relativement épargnés.

· Les hommes sont atteints avec plus de sévérité que les femmes.

· Il existe des exceptions aux règles précitées (certains enfants ou adolescents peuvent être mortellement touchés tandis que toutes les personnes âgées ne meurent pas).

· Il semble avoir moins touché certains pays ou certains continents et se comporterait donc comme un virus traditionnel ne s’exprimant pleinement que dans certains écosystèmes.

Or le profil épidémiologique du virus semble également se superposer au profil de la bactérie Prevotella :

· Prevotella est situé dans les intestins de tous les êtres humains.

· La colonisation bactérienne de Prevotella dépend de l’âge et les jeunes sont moins colonisés que les adultes ou les personnes âgées.

· La question de la Prevotella revient avec insistance chez les personnes obèses, les diabétiques ou les personnes atteintes de MICI.

· La Prevotella est largement présente dans le vagin des femmes qui pourraient avoir développé des anticorps plus robustes que les hommes pour combattre la colonisation de cette bactérie

· La Prevotella dépend des son écosystème et semble davantage répandue dans les territoires où dominent une alimentation riche en gras et en sucres, ce qui appauvrie la diversité du microbiote.

A l’exception des personnes atteintes d’hypertension et d’obésité, les profils de population concordent également avec le profil de Prevotella.

On constate donc que le tableau symptomatologique du Covid-19 se superpose bien avec les hypothèses précédemment énoncées.

 

Les mécanismes à l’œuvre dans la possible collaboration pathogène du Covid-19 et de Prevotella

Superposer les profils épidémiologiques et les profils symptomatologiques n’est pas suffisant pour en tirer une hypothèse suffisamment robuste.

Encore faut-il essayer de comprendre les mécanismes d’actions de la collaboration pathogène du Covid-19 et de Prevotella.

La première hypothèse est celle de la collaboration synergique entre le virus et la bactérie.

Bruno Lina, membre du Conseil Scientifique, a notamment publié sur ce sujet. Il a mit en évidence le rôle du microbiote bactérien sur les maladies virales.

https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2019/12/Revue_0161-0172_jlevir_0739.pdf?fbclid=IwAR2-wZE373HmzVNhk5QKYYGSvxAtAIiTsHqwP1DcMje_4pSgUiLfCAfC8NY

A priori le Covid-19 pénétrerait Prevotella comme un bactériophage classique.

La deuxième hypothèse plus audacieuse est celle du bactériophage pathogène mais elle expliquerait bien certaines bizarreries de la maladie. Comment?

Pendant le cycle dit « lysogenique », le Covid-19 bactériophage s’introduit dans l’ADN de la bactérie et s’y réplique silencieusement en produisant aussi des virions (ce dernier terme n’important que peu pour des non spécialistes).

Cette phase se localiserait au niveau de l’intestin, lieu de colonisation traditionnelle de Prevotella.

Ce mécanisme expliquerait donc en partie la problématique des faux négatifs qui demeure mystère encore irrésolu à ce jour. En effet les tests PCR essaient de déceler l’ARN du virus, sauf que l’ARN du bactériophage se situe à l’intérieur-même de l’ADN de la bactérie.

Prevotella serait en quelque sorte le Cheval de Troie du Covid-19 qui pourrait alors être indécelable dans le sang ou les prélèvements nasaux pendant le temps de réplication silencieuse. Cela expliquerait également des temps d’incubation parfois assez long de la maladie.

C’est aussi la raison pour laquelle Christian Drosten, le virologue star allemand, explique qu’un « moyen sûr de diagnostiquer le virus est l’analyse des selles ». A ce moment-là, le virus présent dans l’intestin n’aurait pas encore totalement pénétré les bactéries.

Par ailleurs, pour une raison encore ignorée mais décrite par la littérature, ce bactériophage pathogène pénétrerait la membrane intestinale pour se déverser dans le sang.

Ce phénomène rare est expliqué dans l’étude précitée :

Une fois dans le sang, le bactériophage pourrait alors se propager dans le reste du corps et se fixer de façon opportune sur les zones préférentielles d’infections à Prevotella et provoquer les symptômes que l’on connait.

 

Limites de la théorie:

Si l’hypothèse d’une interaction entre le Covid-19 et Prevotella est vérifiée, les obèses devraient être moins touchés que le reste de la population car leur microbiote serait moins riche en Provotella. A priori ce n’est pas le cas.

Par ailleurs, nous observons dans les services de réanimation que les thromboses (caillot appelé aussi thrombus se formant dans un vaisseau sanguin et l’obstruant) seraient en effet responsables de plus de 50% des morts observés .

Ces services de réanimation observent aussi que les patients visiblement atteints de syndrome de détresse respiratoire aiguë (formes sévères de Covid-19) ont des symptômes tout à fait étranges qui laissent à penser que ce n’est pas être pas le cas.

Dans une vidéo You Tube devenue virale, le Docteur Cameron Kyle-Sidell, médecin urgentiste dans l’unité de soins intensifs du Maimonides Medical Center de Brooklyn (New-York), a comparé ces symptômes à ceux qui peuvent survenir à cause de l’altitude, comme une lente asphyxie, les globules rouges devenant incapables de transporter assez d’oxygène.

https://youtu.be/k9GYTc53r2o

Dans tout ce tableau clinique, il reste donc plusieurs angles morts de taille inexpliqués pour le moment.

·Pourquoi les personnes obèses qui présentent en général moins de Prevotella seraient-elles plus touchées ?

·Pourquoi observe-t-on cette raréfaction de l’oxygène dans le sang ?

·Pourquoi observe-t-on des thromboses ?

 

Pistes de recherche, apport personnel et incertitudes :

Comme le dit le chercheur indien, la pièce finale de ce puzzle théorique serait donc de comprendre si Prevotella joue un rôle dans ces manifestations sanguines.

Or la question est de taille. Car la Prevotella est une bactérie anaérobie : elle se développe dans un milieu sans oxygène.

Or le sang contient de l’oxygène et on comprend donc mal comment Prevotella pourrait croître et survivre dans cet environnement .

Je me permets ici d’apporter une brique argumentative personnelle à cette théorie collective. Cela n’engage bien entendu ni Bio Moon ni Sandeep Chakraborty.

Une étude chinoise a été publiée le 10 avril 2020 et s’intitule « COVID-19: Attacks the 1-Beta Chain of Hemoglobin and Captures the Porphyrin to Inhibit Human Heme Metabolism ».

 

Dans cette étude on comprend que certaines protéines du Covid-19 auraient pour effet d’empêcher le fer de s’associer correctement avec la porphyrine, molécules impliquées dans le transport du dioxygène.

Le Covid-19 empêcherait donc l’hémoglobine de faire correctement son travail d’apport d’oxygène.

Cela expliquerait donc d’un côté les phénomènes d’asphyxie mais aussi de thromboses (les thromboses étant fréquente quand le taux d’oxygénation est faible) observés par les réanimateurs.

Mais cela expliquerait aussi que certaines bactéries anaérobies comme Prevotella puisse se multiplier quand l’hémoglobine devient incapable de transporter de l’oxygène (le milieu devient anaérobie).

Mais pourquoi le Covid-19 empêcherait-il le fer de s’associer correctement avec la porphyrine ? Il ne semble pas que les virus aient besoin de fer pour survivre.

C’est là que l’hypothèse de la présence de la bactérie repend un certain sens : le fer est en effet un élément essentiel pour la survie de bactéries. Provotella vient donc capter le fer qui n’a pas été utilisé dans le mécanisme traditionnel de l’heme, ce qui permet d’entretenir son développement.

Il y aurait dont une sorte de coopération entre le virus et la bactérie, le virus empêchant libérant du fer pour la bactérie.

On comprend bien mal comment tout ceci fonctionnerait au niveau micro-cellulaire et les lumières de spécialistes en la matière pour être bienvenues.

L’autre piste de recherche vient d’une observation de Sandeep Chakraborty.

Dans une publication de Février 2020, il évoque déjà un possible lien de causalité avec les cellules épithéliales que viseraient le Covid-19, rendant le terrain propice à une meilleure adhérence bactérienne. Cela provoqueraient d’éventuels désordres bactériens pulmonaires ou des effets inflammatoires mettant en jeu le facteur d’activation plaquettaire.

Si cela est vérifié, on pourrait en tirer deux conséquences que ne tirent pas Sandeep Chakraborty.

La première c’est que si le Covid-19 favorise la prolifération bactérienne via les cellules épithéliales, alors il n’est pas besoin d’évoquer la théorie très improbable de bactériophage pathogène pour expliquer le rôle de Prevotella.

La deuxième conséquence est que si le Covid-19 favorise les phénomène inflammatoire via les cellules épithéliales, alors nombre de symptômes et de pathologies pourraient être davantage des effets de l’inflammation que d’une prolifération bactérienne. Les conséquences thérapeutiques seraient différentes et dans ce cas on ne comprend pas pourquoi les antibiotiques semblent fonctionner.

Ces hypothèses doivent donc être testées afin de voir ce qui doit être attribué à des phénomènes inflammatoires et ce qui doit être attribué à des proliférations bactériennes.

 

Conclusion pratique :

La conclusion pratique de tout cela est qu’un traitement d’urgence pourrait rapidement être mis au point :

· Antiviraux pour ralentir la réplication du virus

· Antibiotiques visant en premier lieu Prevotella

· Anti-inflammatoires pour réduire la réaction épithéliale

· Anticoagulants pour les thromboses

· Médicaments permettant de réguler l’équilibre électrolytique du sang

· Probiotiques afin de créer une compétition bactérienne dans l’intestin et de réduire l’influence de la bactérie Prevotella

Un parti de ce traitement a d’ailleurs été mis en place par l’Université de médecine de Zhejiang.

https://www.iau-aiu.net/Zhejiang-University-Handbook-of-COVID-19-Prevention-and-Treatment

Concernant l’emploi des antibiotiques, rappelons que Sandeep Chakraborty a émis dès le 8 février 2020 que l’hypothèse selon laquelle l’Azythromycin fonctionnerait car elle tue Prevotella.

 Il existe d’ailleurs aujourd’hui de nombreux témoignages pour le confirmer.

Ce simple fait semblerait suffire pour lui accorder un minimum de crédit.

 

Toute cette théorie n’est peut-être qu’une reconstruction logique artificielle

Pour répondre à cette question, il semble devoir faire l’archéologie de nos raisonnements.

D’un côté Bio Moon est parti de la symptomatologie et du profil épidémique pour en déduire le rôle possible de Prevotella.

De l’autre Sandeep Chakraborty est parti d’une approche computationnelle qui a révélé une corrélation avec Prevotella. Il lui restait donc à voir s’il existait un lien logique à cela en procédant par induction.

Lorsque Bio Moon a voulu confronter son hypothèse il a donc cherché sur Google une personne qui évoquait l’hypothèse de Prevotella pour le Covid-19.

Les travaux de Sandeep Chakraborty ont ensuite nourri ceux de Bio Moon sur la question des mécanismes en jeu.

Quant à moi, observateur passionné de cette maladie, j’ai cherché à comprendre la diversité des symptômes. C’est alors que je suis tombé sur les travaux de Bio Moon puis par extension ceux de Sandeep Chakraborty.

Après une lecture non experte mais attentive de leurs hypothèses, il m’est apparu que l’idée d’une synergie entre le Covid-19 et Prevotella ne devait pas être écartée.

L’idée que le Covid-19 soit un bactériophage pathogène reste hautement spéculative mais expliqueraient bien certaines bizarreries comme nous l’avons vu. Sur ce point Bio Moon semble davantage convaincu que Chakraborty.

Par ailleurs, Chkraborty et Bio Moon n’apportent pas pour le moment pas d’hypothèses satisfaisantes concernant l’aspect sanguin de la maladie.

C’est en ce sens que j’ai voulu apporter une nouvelle hypothèse de travail pour conforter leur théorie.

Au final, l’hypothèse Prevotella nous semble séduisante sur le plan intellectuel.

Mais nous ne sommes personne pour valider nos hypothèses et nos moyens sont limités.

Pour en avoir parlé avec Bio Moon qui est en contact avec Sandeep Chakraborty, nous nous interrogeons même sur notre capacité à nous tromper nous-même.

Ne sommes-nous pas les acteurs et les victimes involontaires d’une mystification scientifique ?

Nous posons la question à l’ensemble de la communauté médicale.

Nous lui demandons de venir à notre secours pour nous éclairer et nous apporter la contradiction.

 

C’est l’occasion de remettre certaines hypothèses de départ sur la table

Si nos hypothèses sont farfelues et infondées, les ténors médicaux ne mettront alors pas bien longtemps avant de démonter notre argumentation et prouver que nous avons tort.

Mais même si nous nous trompons dans les grandes largeurs, nous lire pourrait être utile sur le plan scientifique. Car nous remettons en cause toutes les hypothèses de départ.

Or remettre les hypothèses de départ sur la table a toujours été une démarche salutaire lorsque la solution semble complexe.

Sur ce point, Sandeep Chakraborty apporte quelques éléments d’autant plus probants que la lecture des séquences génétiques est l’une de ses expertises.

Le 3 février 2020, Sandeep Chakraborty révèle que le Covid-19 est corrélé avec la bactérie Prevotella qui se retrouve dans de nombreux échantillons de patients.

https://twitter.com/sanchak74/status/1224348154700500995?=20

https://twitter.com/sanchak74/status/1224348761586974726?=20

Le 5 février 2020, il annonce que le Coronavirus a intégré bactérie Prevotella. Ce serait une grande 1ère à sa connaissance qu’un virus intègre à la fois une bactérie et une cellule humaine.

https://twitter.com/sanchak74/status/1224348761586974726?=20

S’agit-il d’un artefact ou non? C’est très possible.

Le 6 février, il publie dans son blog que le Chine n’a donc probablement pas publié l’intégralité du génome du Covid-19. Il pointe que cette publication ne fait aucune référence à la signature génétique du Prevotella.

Voici d’ailleurs le lien vers la publication chinoise du génome dit « complet » du Coronavirus que l’OMS a repris pour le publier pour la communauté scientifique internationale.

 Il existe peut-être une zone d’ombre sur la question des hypothèses initiales transmises par la Chine.

Compte tenu de la chronologie des faits (on peut vérifier la date de ses Tweets), les doutes que Sandeep émet sur la transmission des bonnes informations concernant le virus par les scientifiques chinois ne peut donc pas procéder de l’emballement médiatique ultérieur qui a eu lieu courant avril.

Il n’est pas de notre ressort de faire de la politique mais si les observations de Sandeep Chakraborty sont justes et si l’honnêteté des informations transmises par la Chine devaient être remises en causes, les conséquences scientifiques et politiques à en tirer pourraient être d’une portée considérable.

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