Ces années étudiantes ont réellement façonné la sensibilité de Paul Bekaert envers les questions autonomistes et indépendantistes. L’université connaît à l’époque « l’affaire de Louvain », une crise politique, née de l’exigence des nationalistes flamands de fermer de la section francophone, dans laquelle Paul Bekaert joue un rôle actif. L’université est finalement scindée en deux entités indépendantes en 1968.
Paul Bekaert obtient sa licence de droit en 1972 et rejoint le barreau de Bruges deux ans plus tard. Dans les années 1970, il adhère à la Ligue des droits de l’homme des pour laquelle il fait plusieurs voyages en Palestine et en Irlande du Nord. La petite nation du Royaume-Uni connait à l’époque un regain de tension entre les loyalistes favorables à la couronne britannique et les nationalistes partisans d’un rattachement à la république d’Irlande. Paul Bekaert y étudie notamment la situation de l’IRA.
Il se rend également régulièrement au Pays basque espagnol où il observe l’organisation séparatiste ETA. L’histoire de Paul Bekaert est étroitement liée à la cause basque. En effet, il est notamment connu pour avoir défendu plusieurs membres de l’ETA incarcérés en Belgique, comme le couple Garcia-Moreno en 1993 puis, vingt ans plus tard, Maria Natividad Jáuregui, objet de deux mandats d’arrêt européens pour assassinat et terrorisme.
En 2000, Paul Bekaert prend la défense de la militante kurde Fehriye Erdal, membre du DHKP-C, considéré comme une organisation terroriste par la Turquie. La militante d’extrême-gauche est accusée pour un triple assassinat et Ankara réclame son extradition à la Belgique où elle est arrêtée en 1999. Elle demande le statut de réfugié politique à la justice belge qui la condamne en 2006 à quatre ans de prison pour association de malfaiteurs. Elle est finalement acquittée en 2008 par la Cour d’appel d’Anvers.
Paul Bekaert, qui a occupé le rôle de président du barreau de Bruges entre 2007 et 2009, revendique « plus de 30 ans avec l’extradition et l’asile politique de basques espagnols ». C’est fort de cette expérience qu’il entame la défense de Carles Puigdemont, président catalan destitué par le gouvernement espagnol après la déclaration d’indépendance de la Province, qui s’est réfugié en Belgique. Selon Paul Bekaert, il y a peu de spécialistes en mandats d’arrêt européen, extraditions et asile politique dans le pays.
Paul Bekaert ne soutient pas l’indépendance de la Catalogne et avoue même qu’il aura du mal à obtenir le droit d’asile pour Carles Puigdemont, car la province n’est pas un exemple de minorité opprimée. Toutefois, l’avocat suivait avec intérêt le cas catalan, bien avant l’affaire Puigdemont, ainsi que ceux de l’Écosse ou du Québec. Selon son fils Simon Bekaert, l’avocat s’intéresse à ces situations car « il n’aime pas que des gens soient opprimés par un Etat très centraliste ».
Paul Pater, qui a côtoyé Paul Bekaert à la Ligue des droits de l’homme, dit de l’avocat qu’il a un fond flamingant, terme parfois utilisé péjorativement pour désigner un nationaliste flamand, mais qu’il est aussi très orienté à gauche en portant des idées progressistes. Néanmoins, Paul Bekaert n’a jamais revendiqué la sécession de la Flandre et ne s’est jamais engagé politiquement, garantissant ainsi son indépendance.