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Billet de blog 27 oct. 2021

Interpréter la crise du Coronavirus

Sommes nous face au Covid comme Fabrice Del Dongo face aux campagnes d'Italie ?

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En Avril 2020, John P. A. Loannidis écrivait dans l'European Journal of clinic investigation1 : 

“If COVID-19 is not as grave as it is depicted, high evidence standards are equally relevant. Exaggeration and overreaction may seriously damage the reputation of science, public health, media and policymakers. It may foster disbelief that will jeopardize the prospects of an appropriately strong response if and when a more major pandemic strikes in the future”.

La réputation de la science ainsi que sa relation avec le politique sont donc en jeu.

De fait la pandémie a généré divers défis :

Défi d'analyse des faits et d'accès aux données2. Celles-ci ne sont pas accessibles, la recherche est entravée par un mauvais partage des données. Selon Plesnila N. : “Overall, in view of the speed of action required to fight the current pandemic, we strongly believe that it is time that sharing clinical trial and other patient-relevant data among the medical research community needs to become a flexible and realistic default option. Open science principles may become a great asset in the fight against COVID-19 and beyond”.

- Défi d'élaboration d'un vaccin sûr3. Ce malgré un passé d'échec sur les coronavirus. Tsatsakis A. nous le répète : "This optimistic outlook for early vaccine dissemination to the public contradicts vaccine development history, especially for coronavirus vaccines. Vaccine development, including limited safety testing, has taken an average of 12–15 years. Vaccines for the coronaviruses most closely associated with the SARS pandemic/outbreak of 2002 and the MERS pandemic/outbreak of 2012 have yet to be developed successfully, even after one-two decades of research".

Schéma des procédures de validation d'un vaccin © Kostoff R. N.

R. N. Kostoff3

Il est patent pour les auteurs, dès octobre 2020, que la rapidité d'élaboration d'un vaccin (de surcroit sur un terrain d'échec précédent) contrevient à la plus élémentaire des règles du développement industriel. On voit bien que les effets secondaires ne sont pas observables à l'échelle où on les a évalués.

 - Défi d'évaluation de la réalité de l'épidémie. Doit on compter à partir des tests RT-PCR de Drosen ? Doit on compter sur la base d'examens cliniques ? Doit on compter sur la base de mise en culture du virus ? Il s'avère que le mode de comptage transforme radicalement la représentation qu'on aura de l'épidémie ainsi que la stratégie politique qui s'ensuivra. Or le comptage n'est pas simple.

D'abord parce que le Corona se diffuse et s'incarne bien différemment selon les milieux. Chun-Han Lo5 le montre en Angleterre et aux États Unis par rapports aux spécificités raciales et ethniques, puis Cristina Menni, Ruth C E Bowyer et Tim Spector6 l'observent derechef en Angleterre à partir de critères géo-sociaux.

Ensuite parce que les tests ont une fiabilité relative (faux positifs ou négatifs, selon la sensibilité du test, usage général ou non), enfin parce qu'un test ne constitue pas une attribution. John Loannidis a extrêmement bien montré, et dans de nombreux articles depuis 2020 jusqu'à très récemment ce que sont ces écueils du comptage7“The ratio of COVID-19-attributable deaths versus “true” COVID-19 deaths depends on the synchronicity of the epidemic wave with population mortality; duration of test positivity, diagnostic time window, and testing practices close to and at death; infection prevalence; the extent of diagnosing without testing documentation; and the ratio of overall (all-cause) population mortality rate and infection fatality rate. Death attribution in a syndemic like COVID-19 needs great caution”.

“Finally, excess death estimates are subject to substantial annual variability and include also indirect effects of the pandemic and the effects of measures taken”. 

 - Défi d'élaboration d'une politique juste, respectueuse des droits et libertés et efficace néanmoins

Il s'agit ici de déterminer quelle restriction de liberté et pour qui. A nouveau, les chercheurs aboutissent à des résultats mitigés au sujet des interventions non pharmaceutiques (NPIs), à l'instar de Loannidis J4"Conclusions: While small benefits cannot be excluded, we do not find significant benefits on case growth of more restrictive NPIs. Similar reductions in case growth may be achievable with less-restrictive interventions".

Nombreux sont les citoyens qui souffrent de mesures qui tour à tour détruisent leurs perspectives professionnelles ou économiques, puis fracturent le pays au point de briser les relations sociales.

Or ces défis soulèvent principalement des incertitudes, ce qui est normal. La science n'est pas prescriptive, elle consiste comme disait Jean Rostand, à "acquérir chaque jour des ignorances solidement fondées". Ce qui n'est pas normal ce sont les certitudes du monde politique et des médias mainstream. D'où le grand désarroi dans lequel sont plongés les scientifiques dans cette crise. Désarroi devant la certitude qu'un test PCR serait un malade, devant la certitude qu'il faudrait confiner le pays, devant la certitude qu'on serait face à une pandémie terriblement mortelle, devant la certitude qu'il faudrait vacciner la population mondiale.

A tout prendre, si on s'appuie sur les travaux des chercheurs,

- On relativisera la gravité de l'épidémie dont l'IFR (Infection Fatality Rate) a été calculé à 0,15 par Loannidis8. « Conclusions :  All systematic evaluations of seroprevalence data converge that SARS- CoV- 2 infection is widely spread globally. Acknowledging residual uncertainties, the available evidence suggests average global IFR of ~0.15% and ~1.5- 2.0 billion infections by February 2021 with substantial differences in IFR and in infection spread across continents, countries and locations ».

 - On ne comptera pas sur une vaccination généralisée pour stopper la propagation de l'épidémie9 car les zoonoses ne sont pas éradicables par vaccination. L'analyse a posteriori de l'effet de la vaccination sur la propagation virale montre qu'il n'ya pas de corrélation entre les deux : V. Subramanian10  "Le taux de propagation de Covid-19 dans une population donnée est sans rapport avec son taux de vaccination. La vaccination protège les individus contre les hospitalisations sévères et la mort, même si le CDC rapporte une augmentation de 0,01 à 9% et de 0 à 15,1% de janvier à mai 2021 dans le taux d’hospitalisation et de morts chez les totalement vaccinés" (traduction). 

 - On vaccinera les fragiles dont on connait parfaitement le profil depuis l'été 2020

 - On ne vaccinera pas les enfants, pour éviter de faire plus de mal que de bien 11, 12.

 - On agira en amont sur la santé globale de nos populations13

 - On limitera la transmission aéroportée par le filtrage et renouvellement obligatoire de l'air dans les lieux publics14

1 -  Coronavirus disease 2019: The harms of exaggerated information and non‐evidence‐based measures. John P. A. Loannidis. Eur J Clin Invest. 2020 Apr; 50(4): e13222. Published online 2020 Apr 9. doi: 10.1111/eci.13222. PMCID: PMC7163529. PMID: 32191341

2 - Access to data from clinical trials in the COVID-19 crisis: open, flexible, and time-sensitive. Michael Ewersa, John P.A. Ioannidis, Nikolaus Plesnila. Journal of clinical epidemiology 130 (2021), 143-146. Accepted 10 October 2020; Published online 14 October 2020

 3 - Vaccine- and natural infection-induced mechanisms that could modulate vaccine safety . Ronald N. Kostoff, Darja Kandu, Alan L. Porter, Yehuda Shoenfelde, Daniela Calina, Michael B. Briggs, Demetrios A. Spandidosi, Aristidis Tsatsakis. Toxicology Reports 7 (2020) 1448–1458. Received 14 October 2020; Accepted 17 October 2020 ; Available online 22 October 2020. https://doi.org/10.1016/j.toxrep.2020.10.016

 4 - Assessing mandatory stay-at-home and business closure effects on the spread of COVID-19. Eran Bendavid, Christopher Oh, John P. A. Ioannidis. Eur J Clin Invest. 2021;00:e13484. Received: 11 December 2020 | Revised: 21 December 2020 | Accepted: 24 December 2020 DOI: 10.1111/eci.13484. https://doi.org/10.1111/eci.13484

5 - Race, ethnicity, community-level socioeconomic factors, and risk of COVID-19 in the United States and the United Kingdom. Chun-Han Lo and coll. EClinicalMedicine 38 (2021) 101029. 2589-5370/© 2021. https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2021.101029

6 - Geo-social gradients in predicted COVID-19 prevalence in Great Britain: results from 1 960 242 users of the COVID-19 Symptoms Study app. Ruth C E Bowyer and Coll. 

7 - Over- and under-estimation of COVID-19 deaths. John P. A. Loannidis. Eur J Epidemiol. 2021; 36(6): 581–588. Published online 2021 Jul 28. doi: 10.1007/s10654-021-00787-9. PMCID: PMC8318048. PMID: 34322831

8 - Reconciling estimates of global spread and infection fatality rates of COVID- 19: An overview of systematic evaluations. John P. A.Loannidis. Eur J Clin Invest. 2021;51 : e13554. Received : 19 January 2021. Revised : 21 February 2021. Accepted : 14 March 2021. DOI : 10.1111/eci.13554.  https://doi.org/10.1111/eci.13554wileyonlinelibrary.com/journal/eci

9 - L’éradication du SARS-CoV-2 est impossible...comme pour toutes les zoonoses infectieuses. Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-De-Grâce (le 30 juin 2021). Journal International de Médecine, 03/07/2021.

10 - Increases in COVID‑19 are unrelated to levels of vaccination across 68 countries and 2947 counties in the United States. V. Subramanian, Akhil Kumar. European Journal of Epidemiology. Received : 17 August 2021 / Accepted: 9 September 2021. © Springer Nature B.V. 2021

 11 - Why are we vaccinating children against COVID-19 ? Ronald N. Kostoff, Daniela Calina, Darja Kanduc, Michael B. Briggs, Panayiotis Vlachoyiannopoulos, Andrey A. Svistunov, Aristidis Tsatsakis. Toxicology Reports 8 (2021) 1665–1684

 12 - SARS-CoV-2 mRNA Vaccination-Associated Myocarditis in Children Ages 12-17: A Stratified National Database Analysis. Tracy Beth Høeg, Allison Krug, Josh Stevenson, John Mandrola. doi: https://doi.org/10.1101/2021.08.30.21262866. Préprint.

13 - Common contributing factors to COVID-19 and inflammatory bowel disease. Ronald Neil Kostoff, Michael Brandon Briggs, Darja Kanduc, Darla Roye Shores, Leda Kovatsi, Alexander I. Vardavas, Alan L. Porter. Toxicology Reports 8 (2021) 1616–1637. Received 12 July 2021; Received in revised form 17 August 2021; Accepted 28 August 2021. Available online 31 August 2021. https://doi.org/10.1016/j.toxrep.2021.08.007

14 - https://blogs.mediapart.fr/kalmogorov/blog/190721/tirer-les-consequences-politiques-de-la-transmission-aeroportee-du-covid

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