COVID 19 : il est temps de revenir à la raison !

Il est grand temps de revenir à la raison, de regarder en face les faits, de s’imprégner des connaissances que nous apporte la science sans dogmes ni œillères.

Je vous propose au travers de cet article, d'éclaircir la problématique liée au COVID et d’envisager les pistes de sortie de cette crise en essayant d’avoir une approche la plus nuancée possible.

Ce que nous ont appris les premières vagues épidémiques

Les personnes qui meurent sont essentiellement des personnes fragiles, soit âgées, soit avec des problèmes de santé préexistants, soit cumulant les deux. Si l’on regarde la létalité par tranche d’âge (nombre de décès hospitaliers au regard du nombre de personnes positives) on confirme que la probabilité de décéder si l’on est positif, reste faible en dessous de 60 ans.

Létalité par tranche d'âge Létalité par tranche d'âge

Note : Les décès pris en compte sont les décès de patients testés positifs au Covid qui ont pu mourir d’une autre cause, ce qui veut dire que les taux de létalité sont globalement surestimés. Les données pour la tranche au-delà de 60 ans sont sous-estimées car elles n’intègrent pas les décès au domicile ni en établissement spécialisé. Pour la première vague, elles ne peuvent être déterminées du fait du manque de tests de diagnostic.

Sur les 3 vagues, les plus de 60 ans ont représenté environ 95% des décès hospitaliers. On estime également que 65% des personnes décédées et testées positives souffraient d’une ou plusieurs pathologies préexistantes.

Premier constat : en dessous de 60 ans et sans co-morbidités, la Covid est une maladie avec une faible létalité. Au-delà de de 60 ans et/ou avec des co-morbidités, le risque devient substantiel. Les enfants et adolescents sont épargnés [16] par ce virus (15 décès au total pour la tranche 0-19 ans sur l’ensemble des trois vagues).

Recul sur la vaccination

Un sujet sensible tellement il divise. Malheureusement la connaissance sur le sujet se construit au fil des jours et, est sans cesse remise en cause. Ce qui est décrit ici correspond à la connaissance disponible début août et sera certainement amené à évoluer.

Les Technologies utilisées.

Pour résumer, les vaccins disponibles en France sont de deux types : ARN messager et Vecteur Adénovirus, les deux utilisent nos cellules et leur machinerie biochimique pour produire des antigènes (la protéine Spike du virus Sars-Cov-2 identifié à Wuhan) qui vont stimuler nos défenses immunitaires. C’est une première. Jusqu’à ce jour, les vaccins contenaient directement des antigènes produits en laboratoire et des adjuvants qui stimulaient directement notre système immunitaire. D’ailleurs les produits disponibles sur le marché Français sont toujours en phase 3 d'essai clinique et donc sont sous AMM conditionnelle. D'autre produits basés sur des technologies plus classiques (virus inactivé, protéines recombinantes...) existent [1], mais ils ne sont pas autorisés en France.

Innocuité et effets long terme

Il s’agit de nouvelles technologies basées sur des vecteurs génétiques (ARN messager dans un cas, ADN dans l’autre), utilisées pour la première fois dans le but de vacciner les populations, qui n’ont jamais été éprouvées jusqu’à ce jour à grande échelle. Il y a donc encore de nombreuses zones d’ombre sur leurs effets moyens et long terme.

Concernant les effets secondaires à court terme, on commence à avoir des retours via la pharmacovigilance avec des risques qui se confirment (troubles vasculaires, hypertension, thromboses, myocardites, péricardites…) et d’autres qui apparaissent et sont mis sous surveillance (zona, pancréatites, Guillain-Barré, troubles menstruels…) [2][22]. Le problème avec les effets long terme, c’est qu’on ne les voit pas tout de suite (d’où leur nom) et que ce n’est pas quelque chose de rare d'en découvrir tard après la mise sur le marché [3]

Certains disent que ce sont des technologies que nous maitrisons depuis les années 60. La réalité est un peu différente. Les premières tentatives de thérapie à base de vecteurs géniques datent de 1989 pour arriver à des premières mises en œuvre dans les années 2000, sur des déficits immunitaires. Ces approches n'ont été testées et utilisées que sur des maladies rares et graves. Dans ce cas, le niveau de risque acceptable par le patient est très élevé. Ce qui n'a rien à voir avec le fait de vacciner des personnes en parfaite santé. 

Risques génétiques

Cela dépend du type de vaccin. Petit retour sur le fonctionnement de la machine à produire des protéines présente dans nos cellules :

  • Dans le noyau, notre ADN est la base de données qui contient notre patrimoine génétique, en particulier les gènes qui codent les protéines indispensables à la vie.
  • Certains gènes vont être exprimés et vont être lus (transcription) pour produire de l'ARN messager.
  • Cet ARN messager va sortir du noyau pour être lu par les ribosomes (traduction) qui vont construire les protéines.

Dans le cas de l'infection par le virus du Sars-Cov-2, le virus va utiliser la machinerie biochimique de nos cellules pour répliquer son patrimoine génétique (ARN Viral) et produire ses éléments de structure pour se multiplier.

Infection par Sars-Cov-2 © Mathieu. C Infection par Sars-Cov-2 © Mathieu. C

Dans le cas du vaccin à ARN messager, l'ARN est intégré dans une enveloppe qui va permettre son absorption par la cellule. Il va se diriger vers les ribosomes pour produire la protéine Spike qui va ensuite sortir de la cellule pour stimuler le système immunitaire. Petite particularité sur les vaccins à ARN messager, certains acides nucléiques qui le composent ont été modifiés chimiquement (donc sont différents de ceux présents dans la nature) pour éviter qu'ils soient dégradés trop vite par les mécanismes de régulation de notre organisme.

Vaccin à ARN messager Vaccin à ARN messager

Dans le cas du vaccin à vecteur Adénovirus, on utilise un virus inoffensif pour l'homme qui va transporter un brin d'ADN qui va coder la protéine Spike. Le virus infecte la cellule et introduit l'ADN codant la protéine Spike dans la cellule. L'ADN va passer dans le noyau pour y être transcrit en ARN messager. ARN messager qui va ensuite se diriger vers les ribosomes et être traduit en protéine Spike.

Vaccin Adénovirus © Mathieu C. Vaccin Adénovirus © Mathieu C.

Dans le cas de vaccins à ARN messager, on pourrait penser qu'il n'y a aucun risque, ce que d'ailleurs de nombreuses personnes affirment sans réel fondement scientifique. Cependant l'histoire récente de la biologie moléculaire nous a appris que l'on retrouvait des fragments de virus à ARN intégrés dans le génome humain [4].  Les conditions pour que de l'ARN messager soit rétro-transcrit en ADN puis inséré dans notre génome sont peu probables mais elles ne sont pas non plus impossibles. Ce risque existe également en cas d'infection par le Sars-Cov-2. Dans le cas de vaccins à Vecteur Adénovirus, une étape en moins est nécessaire (on utilise de l'ADN directement). De plus l'ADN du vecteur se retrouve à proximité de notre ADN dans le noyau. Donc la probabilité est plus importante.

En l'état de nos connaissances, ce risque n'est pas impossible d'autant plus que nous vaccinons à grande échelle. 

Efficacité contre l'infection

Les vaccins autorisés en France l’ont été avec la promesse de cette protection pour les vaccinés. Et clairement on le voit sur les populations âgées déjà vaccinées. On observe une forte diminution des hospitalisations et des décès. La protection conférée contre l'infection symptomatique est annoncée entre 80 et 95% de réduction relative du risque [5][6].

Cependant cette protection ne semble pas définitivement acquise, en particulier en cas d’apparition de variants avec une protéine Spike différente de celle utilisée pour concevoir le vaccin. Les dernières données venant d’Israël et de Pfizer indiquent clairement une baisse très significative de la protection après quelques mois [19].

Ce que l'on constate début août 2021:

  • Niveau d’anticorps divisé par 3 à 10 en fonction du variant 8 mois après la deuxième dose [7].
  • En Israël sur période couvrant du 20 juin 2021 au 17 juillet 2021, la protection contre l’infection n’est plus que de 39% du fait de la prévalence du variant delta sur la période. Par contre, on peut noter que la protection contre les formes sévères reste bonne à 91.4% [8].
  • Aux Etats-Unis, une étude de cohorte montre une baisse très significative de la protection des vaccins ARN messager contre l'infection [25] sur le mois de juillet comparé aux résultats précédents.

Efficacité contre la propagation du virus

C'est un point sur lequel la connaissance a beaucoup évolué. Plusieurs études confirment que les vaccinés, quand ils sont infectés, vont être porteurs du virus avec des concentrations aussi élevées que les non-vaccinés. Donc qu'ils sont tout aussi à même de propager le virus. D'autant plus que leur propension à se faire tester et respecter les gestes barrière est plus faible.

  • Le CDC (Center for Disease Control and Prevention) américain documente un cas survenu dans le Massachusetts [8] dans un cluster où 74% des contaminés étaient totalement vaccinés. De plus, le niveau de virus trouvé dans leurs prélèvements nasopharyngés étaient similaires à ceux des non-vaccinés.
  • Une étude conduite à Singapour [9] montre la même chose et note une décroissance plus rapide de la charge virale chez les vaccinés. Elle  confirme également que la protection contre les formes sévère reste bonne.

Deuxième constat : les vaccins apportent une réelle protection contre le risque de faire des formes sévères même si il reste des incertitudes sur la durée de cette protection.

Troisième constat : il reste encore des inconnues sur les effets secondaires à court, moyen et long terme (d'où d'ailleurs le fait que les vaccins n'aient qu'une AMM conditionnelle) en particulier sur les technologies disponibles en France.

Quatrième constat : l'effet supposé des vaccins pour limiter la circulation du virus est fortement remis en question.

Cinquième constat : le calendrier vaccinal optimal n'est pas encore connu. Les premiers éléments indiquent la nécessité d'un rappel à 6 mois, voir des vaccins adaptés aux nouveaux variants pour maintenir la protection. A ce jour, aucun élément ne permet de juger le rapport bénéfices / risques de ces doses additionnelles [15].

Le SARS-Cov-2, un véritable caméléon

Le virus auquel nous sommes confronté est un véritable caméléon, armé pour passer outre les différents pièges que nous mettons en œuvre, y compris la vaccination. 

Il s'agit d'un virus à ARN. La particularité des virus à ARN c'est que lors de leur réplication, les mécanismes en charge de dupliquer l'ARN font de très nombreuses erreurs générant des mutations. Habituellement c'est un handicap pour les virus à ARN car cela limite la taille de leur génome donc la complexité de leur mécanisme d'infection (avec un génome trop long, le nombre d'erreurs lors de la recopie serait vite délétère). Les virus de la famille du SARS ont trouvé une approche pour limiter ces erreurs et permettre d'avoir un génome plus long [10][11] tout en maintenant suffisamment de mutations pour créer de la diversité et s'adapter.

C'est là que la lutte entre l'homme et ce virus se complique. D'un côté nous essayons de trouver des parades, comme la vaccination. De l'autre, le virus va s'adapter. Comment fait-il ? Il mute. Ce rythme de mutation est déterminé par sa vitesse de circulation chez l'homme mais également chez les animaux. Plus la fréquence à laquelle le virus va se répliquer, plus il contamine d'hôtes, plus de nouveaux variants ont des chances d'émerger. Mais cela n'est qu'une partie de l'adaptation. Ces variants vont se confronter à une pression de sélection (système immunitaire de l'hôte, traitements...) et seuls ceux qui ont un avantage concurrentiel vont émerger (car capacité à infecter plus importante, résistance aux anticorps, aux traitements...) [23]

Les variants que l'on voit émerger comme le variant Delta [20] ne sont pas là par hasard. La part qui n'est pas due au hasard est celle apportée par la pression de sélection. C'est elle qui oriente l'évolution du virus [18]. Dans le cas qui nous intéresse, le choix de vaccins spécifiques sur la protéine Spike a créé une situation idéale pour l'évolution du virus. Des vaccins offrant une immunité plus globale (virus complets inactivés par exemple) sont indispensables pour éviter l'échappement immunitaire du virus [24]

Chaque fois que nous allons mettre en place des mesures contre le virus, elles vont agir comme pression de sélection et potentiellement permettre l'émergence de nouveaux variants qui les contournent.

Sixième constat : quand nous mettons en place des mesures, nous devons réfléchir aux conséquences qu'elles peuvent avoir sur l'évolution du virus.

Le soin et les traitements

Autre sujet tabou, et qui ne devrait pas l'être car c'est une des lignes importantes de lutte contre les conséquences de la circulation du virus. Comment est-ce que l'on prend en charge une personne infectée ? Quels protocoles de soin ? Quels traitements aux différents stade la maladie. Je ne vais pas rentrer dans les détails car le sujet est abondamment traité. 

Septième constat : les protocoles de soin se sont affinés, des traitements efficaces identifiés en fonction du stade de la maladie. 

Conclusion

Avant tout, nous devons sortir de l'hystérie qui est en train de se développer. Nous devons mettre en place des mesures capables de nous permettre de vivre au mieux avec ce virus dans la durée et de mobiliser les moyens de lutte appropriés. 

  • Se poser la question de supprimer les mesures qui contraignent et rendent la vie de nos concitoyens impossible (confinement, couvre feu, passe sanitaire...). A ce sujet, l'avis du défenseur des droits est très éclairant sur l'extension du passe sanitaire [12]. Ce serait l'occasion pour nos concitoyens de revenir à une bonne hygiène de vie (alimentation, sport, activités en plein air...) pour éviter de développer des facteurs de risques.
  • Adopter une approche plus raisonnable et mesurée sur la vaccination en favorisant la vaccination des personnes à risque de formes graves mais aussi en ouvrant la porte à des technologies de vaccins plus acceptables par les populations. L'OMS et d'autres sont relativement précautionneux sur le sujet de l'obligation vaccinale effective ou indirecte au travers de mesures restrictives ciblées sur les non vaccinés [13], [14], [17]. Nous devons éviter à tout prix ces approches qui ne pourront qu'augmenter la défiance des populations vis à vis de la vaccination en générale.
  • Traiter et soigner au mieux les patients symptomatiques.
  • Enfin, ne pas oublier la prévention, être en bonne santé (physique et mentale) est notre première ligne de défense.

Notre Conseil Scientifique proposait déjà cela en Février 2021 en faisant le constat que la vaccination ne serait pas une solution miracle [21].

Le Club est l'espace de libre expression des abonnés de Mediapart. Ses contenus n'engagent pas la rédaction.