Comment Omicron vient perturber les plans

Que sait-on du variant Omicron ?

Posons nous quelques instants pour apprendre à mieux connaitre ce variant. D'où vient-il ? Il a été identifié (sa séquence génétique) pour la première fois au Botswana fin novembre 2021. Il se développe rapidement en Afrique du Sud. C'est un variant qui a énormément évolué avec de nombreuses mutations qui modifient drastiquement la protéine spike qui permet au virus d'infecter les cellules.

Une origine animale. Une étude de chercheurs chinois [1] laisse penser que le variant Omicron se serait développé dans un réservoir animal, en particulier chez les souris. Ils ont démontré que la protéine spike était très adaptée aux récepteurs présents à la surface des cellules de souris bien plus que les précédents variants. Si cette découverte se confirme, elle irait dans le sens que le Sars-Cov-2 serait présent dans de nombreux réservoirs animaux. Cela avait déjà été identifié par les équipes de l'IHU Méditerranée pour un variant qui proviendrait d'élevages de visons [2]. La conséquence ? Le virus ne circule pas que dans les populations humaines, les animaux offrent donc un réservoir qui n'est pas prêt de se tarir. De plus, cette circulation dans d'autres espèces va favoriser l'émergence de nouveaux variants qui n'auraient pas nécessairement émergés chez l'homme, et d'ailleurs potentiellement des variants moins sévères car moins adaptés à l'homme.

Une fâcheuse tendance à échapper à la protection des vaccins. Les premiers chiffres venus du Danemark [3] début décembre montraient que les vaccinés représentaient 83,1 % des cas du variant Omicron (pour 77% de la population complètement vaccinée à cette date). Une étude plus récente également réalisée au Danemark [4] indique que le variant Omicron est 2,7 à 3,7 fois plus contagieux que le Delta chez les personnes complètement vaccinées (pas d'augmentation significative chez les non-vaccinés). Une autre étude Danoise [5] montre une perte très rapide d'efficacité des vaccins contre Omicron. Ces données sont confirmées par l'Imperial College de Londres [6] qui ne trouve plus aucune efficacité 2 semaines après une vaccination 2 doses Pfizer ou Astra Zeneca. Des premiers résultats montreraient une efficacité de la troisième dose, mais ils sont à prendre avec beaucoup de prudence à cause du faible nombre de cas disponibles pour arriver à cette conclusion. Des résultats similaires ont été trouvés par la UK Health Security Agency [7]. On retrouve également les mêmes constatations dans le dernier rapport de Public Health England [8].

Mais, et c'est loin d'être négligeable, une bien moindre sévérité. Les dernières études réalisées en Afrique du Sud, pays ou la l'épidémie d'Omicron est en train de se terminer, montrent que le variant Omicron est bien moins virulent que le variant Delta. En particulier une étude [9] sur plus de 29 000 cas d'Omicron montre que le risque d'être hospitalisé est divisé par 5 par rapport au variant Delta. 

Quelles conséquences ?

Une explosion du nombre de cas. Malgré une politique vaccinale musclée, la plus-part des états européens sont submergés par le nombre de cas détectés à cause du variant Omicron. A ce jour, ce variant représente environ 50% des contaminations détectées en France. En parallèle, le nombre de cas détectés explose (145 000 par jour en moyenne ces 7 derniers jours contre 48 000 au pire moment de la deuxième vague, soit 3 fois plus de cas).

De nombreux vaccinés contaminés. De plus son arrivée change la donne, les vaccinés sont beaucoup moins épargnés qu'avant et sont nombreux à être contaminés. Il suffit de faire le tour dans son entourage pour le constater. Les derniers chiffre de la DREES disponibles (datant d'il y a deux semaines) montrent, en France, une baisse rapide du nombre de non vaccinés avec un test positif. Ils ne représentent plus que 29% des cas positifs alors (21% de la population n'est pas du tout vaccinées).

Mais un impact faible sur la mortalité. Si on regarde les chiffres de l'Afrique du Sud et du Danemark, on constate que le niveau des décès ne suit pas la tendance du nombre de cas. Ce qui est clairement une très bonne nouvelle et confirme les résultats des études sur la sévérité de ce variant.

Pour conclure

Comme pressenti par certains épidémiologistes et microbiologistes, le virus continue à évoluer rapidement en se diffusant à la fois chez l'homme mais également dans des réservoirs animaux. Tout en devenant plus contagieux, il perd progressivement en sévérité comme l'ont certainement fait les autres coronavirus  qui sont endémiques chez l'homme (ceux qui causent des rhumes).

Cela doit également nous amener à réfléchir sur notre stratégie de santé publique. A la vue de ces éléments, il est claire que le choix du tout vaccinal est une impasse. Mais également, si on parle de vaccination, le choix que nous avons fait de technologies qui ne visent qu'une protéine (la spike), qui plus est, la protéine qui est sujette au plus grand nombre de mutations donc d'évolution, est un non sens total. La conférence du Professeur Jacques Fantini sur l'évolution des caractéristiques de la protéine spike au fil des variants donnée au mois de novembre est très éclairante à ce sujet.

Ces éléments questionnent également sur l'acceptabilité de la vaccination à marche forcée. Quid du sentiment des nombreux vaccinés qui ont été ou vont être contaminés alors qu'ils ont suivi à la lettres les invectives du gouvernement ?

Enfin, et c'est certainement la bonne nouvelle, ce variant peu dangereux va permettre au large pan de la population qui est déjà ou va être infecté, d'acquérir une immunité robuste contre le Sars-Cov-2.