Des vaches infectées par la grippe aviaire, ça paraît improbable non ? Et pourtant voilà près de deux mois qu’un nombre croissant d’élevages laitiers états-uniens présente des cas de vaches testées positives au virus H5N1. Plus inquiétant trois cas d’infections humaines à partir d’une vache ont également été rapportés à ce jour. Pour le moment aucun cas de transmission interhumaine n’aurait eu lieu et les symptômes se sont avérés bénins pour ces trois travailleurs comme pour la plupart des vaches. L'OMS a déclaré que le risque était encore faible pour les humains tout en qualifiant l’événement de très préoccupant. Comment des vaches en viennent-elles à être infectées par un virus touchant normalement les oiseaux ? À quel point est-ce inquiétant ? Et quels facteurs accroissent le risque d’une mutation du virus impactant les humains ? Cet événement permet de revenir sur le risque représenté par le H5N1 mais aussi tous les facteurs aggravant dans lesquels ce risque évolue : l’élevage industriel, les formes que prennent le travail au sein de cette industrie mais aussi la défiance croissance vis-à-vis des autorités sanitaires et la médecine. J'ai prévu de traiter de ces derniers aspects dans de prochains articles. Dans celui-ci, je reviens plus spécifiquement sur le passage de la grippe aviaire à des vaches et sur ce que cela a de préoccupant.
Disclaimer : je n’ai pas de formation scientifique et n’ai pas d’expertise sur le sujet. Tout ce qui suit est une synthèse de lectures (surtout d'articles de presses anglophone et de communiqués d'autorités sanitaires). Il n’est pas improbable que cet article contienne des approximations et erreurs de mon fait. J'ai listé une partie de mes sources en fin d'article pour les personnes qui souhaiteraient aller les lire directement.
Les faits
Fin mars 2024, les autorités sanitaires états-uniennes déclarent la découverte de cas de grippe aviaire dans des exploitations laitières au Texas, au Kansas et au Nouveau Mexique. Depuis le décompte des fermes touchées ne cesse d’augmenter, on en compte 67 au 29 mai, réparties dans neuf États allant du Texas au Michigan. Des tests réalisés sur le lait commercialisé dans les supermarchés environnant ces fermes (dont l’immense majorité est pasteurisé et donc a priori sain) ont montré qu’un cinquième des échantillons contenait des traces du virus. Pour assombrir encore un peu le tableau, trois cas de transmission depuis une vache vers un travailleur agricole ont été confirmés. Heureusement ces travailleurs n’ont eu comme symptôme qu’une conjonctivite pour deux d'entre eux et une conjonctivite et une toux pour le troisième. De même on peut se réjouir de ce que les vaches infectées ne soient apparemment pour leur majorité pas sévèrement impactées par le virus. Pour autant la confirmation d’une transmission vers un humain non depuis un oiseau mais depuis un mammifère non humain est significative. Si l’affaire inquiète c’est que le virus de la grippe aviaire est depuis des années considéré comme susceptible de donner lieu à une pandémie. Dans quel contexte s’insère ce passage du virus aux vaches laitières ? Comment certaines d’entre elles en sont venu à contracter le virus ? À quel point la situation est-elle jugée préoccupante par les expert·es et autorités sanitaires ?
La prochaine pandémie ? « Les [autres] animaux la vivent déjà »
Notons d’abord qu’il existe de multiples grippes affectant les oiseaux sauvages, la plupart sont qualifiées de faiblement pathogènes. Depuis 1997 un variant dit « hautement pathogène » circule cependant, le virus H5N1, caractérisé par un taux de létalité à 52 % chez les humains infectés et impactant massivement les élevages d’oiseaux. En effet, depuis 2020, une souche particulièrement virulente de ce variant s’est développée affectant massivement la faune sauvage et les oiseaux élevés. La biologiste Diana Bell, dans un article paru dans The conversation, rappelle ainsi que la grippe aviaire n’a pas attendu d’impacter des animaux d’élevage pour être caractérisée par un fort taux de létalité chez un nombre important d’espèces d’oiseaux mais aussi de mammifères sauvages. Depuis 2020, des cas de grippe aviaire on été recensés dans des individus appartenant à 48 espèces différentes de mammifères. La transmission peut s’effectuer via des fientes (le virus affecte le système digestif des oiseaux) mais aussi lorsque des oiseaux morts ou affaiblis sont consommés par d’autres animaux. À titre d’exemple, le service national des aires protégées péruviennes faisait ainsi état en février 2023 plus de quinze mille oiseaux mais aussi de 585 lions de mer morts de la grippe aviaire. L’infection de vaches laitières s’inscrit donc dans la continuité d’une tendance à l’infection d’un nombre croissant de mammifères par le virus de la grippe aviaire.
De même, les animaux d’élevage sont déjà touchés, à commencer par les volailles. En France, on peut ainsi lire dans un rapport parlementaire d’information sur la grippe aviaire et son impact sur les élevages que « Durant l'épisode 2021-2022 d'influenza aviaire, 22 millions de volailles ont été abattues dont 30% préventivement. » (Rappelons au passage que si le chiffre est impressionnant il ne représente qu'une fraction des oiseaux tués pour la consommation humaine chaque année en France.)
Comment le virus a rejoint le plancher des vaches
C’est dans ce contexte qu’il faut lire la transmission de la grippe aviaire aux vaches laitières dans différents élevages états-uniens. La principale hypothèse est que des vaches auraient contracté le virus suite à une exposition à des fientes d’oiseaux infectés.
Une autre voie de transmission potentielle évoquée est le recours, interdit dans l’Union Européenne, à de la « litière de volaille » pour nourrir le bétail. Cette litière, constituée d’excréments, plumes et restes de nourriture tombée au sol, ramassés puis broyés est en effet particulièrement riche d’un point de vue nutritif. Si un certain nombre d’experts juge cette hypothèse plausible, l’Agence états-unienne des produits alimentaire et médicamenteux (FDA) estime que cette pratique est sans risque, et l'hypothèse n'est à ce jour confirmée.
Quant à la diffusion du virus dans un nombre croissant de fermes, elle est due au fait que les oiseaux… volent et ne sont pas tous sédentaires. À noter que le transport d’animaux de vaches d’un élevage à un autre sur de longues distances serait également responsable de la propagation du virus dans un élevage du Michigan. C'est pourquoi les autorités sanitaires ont imposé de tester le bétail avant tout transport entre État (les transport au sein des États étant encore autorisés).
Il n'est pas encore clair si le virus se propage directement entre vaches. Chez les vaches infectées, le virus est présent au niveau des glandes mammaires et est présent dans le lait. Le virus pourrait ainsi passer d'une vache à l'autre au niveau de la trayeuse.
Ce qui inquiète ici, comme je vais le développer plus bas, c’est que plus le virus circule, plus il évolue et plus il est susceptible de sauter les barrières entre espèces. Avec une circulation accrue chez des hôtes mammifères on se rapproche d’un risque de transmissibilité aux et entre humains. En ce sens le passage du virus chez des mammifères élevés est significatif.
Une situation préoccupante, mais à quel point ?
Le virus de la grippe aviaire est perçu par la communauté scientifique et les autorités sanitaires internationales comme l’un des principaux candidats à une prochaine pandémie et ce depuis bien avant le Covid-19. Le virus inquiète d’autant plus qu’il est connu pour son fort taux de létalité chez les animaux humains dès qu’il parvient à impacter les voies respiratoires : sur les 873 cas recensés entre 1997 et 2023 de transmission d'un oiseau à un humain, 52 % se sont révélés mortels. À ce jour aucune transmission interhumaine n’a cependant été relevée. Par ailleurs comme le rappelle le biologiste et journaliste scientifique Kai Kupferschmidt dans un article de la revue Science, le virus H5N1 est encore loin d’être adapté aux récepteurs des animaux humains. Une telle adaptation supposerait des combinaisons de mutations ou des mutations uniques statistiquement peu probable. Pour autant, comme il le concède dans une série de toots sur le réseau social Mastodon, si tomber sur une de ces mutations serait pour le virus l’équivalent de gagner au loto, il faut avoir à l’esprit que ce type de virus peut acheter des millions de billets à la loterie du fait des nombreuses mutations qui ont lieu lorsqu’il se réplique. Et c’est précisément pour cela que le passage du virus aux élevages laitiers inquiète. S’y conjugue un contexte propice aux mutations des virus (forte densité) et contact répétés avec des animaux humains dont les conditions de travail sont souvent sous optimales, notamment sur le plan de la santé.
De mal en pie ?
Pour comprendre la teneur de ce risque il peut être intéressant de revenir sur des manières dont les virus évoluent. Avant toute chose, les virus ont besoin pour se répliquer de se brancher à des cellules. Mais ce branchement suppose une compatibilité. Une métaphore couramment employée est celle de la clé et de la serrure : le virus doit trouver cellule à sa sa clé. Un organisme doit ainsi comprendre un type de cellule qui offre le bon type de récepteur pour que le virus puisse s’en servir pour se répliquer. Une fois le bon récepteur trouvé, le virus peut se faire répliquer par la cellule. Dans le cas qui nous intéresse, une infection de bovins n’était sur les radars d’à peu près personne.
Le virus de la grippe aviaire est un virus à ARN. Une fois que ce type de virus trouve des cellules compatibles, les réplications opérés par le celllules contiennent souvent des erreurs qui sont autant de mutations plus ou moins viables occasionnant une évolution et adaptation permanente du virus. Ainsi plus le virus circule, plus il a de chance de s’adapter, notamment à de nouveaux hôtes. De fait, le 24 mai, le CDC (Cendre de contrôle et prévention des maladies), la principale agence états-unienne de protection de la santé publique, a publié les résultats de l’analyse du second cas humain recensé. Dans les deux premiers cas le virus reste majoritairement adapté aux oiseaux et s’avère donc peu susceptible d’infecter les humains et d’occasionner des transmissions interhumaines. Pour autant, l’agence note une évolution du virus entre les deux cas qui va dans le sens d’une adaptation du virus aux mammifères1. En d’autres termes, le virus est encore loin d’être adapté aux humains mais le risque augmente. Selon un article du Telegraph, les experts planchent sur de nouveaux cas humains dans les prochains jours, 350 personnes étant actuellement surveillées par les autorités états-unienne suite à une exposition à du bétail infecté. C'est ce que confirme le troisième cas, rendu public le 30 mai. Le travailleur concerné présente non seulement une conjonctivite mais des symptômes respiratoires (une toux) sans fièvre, des symptômes à nouveau et heureusement bénins. Le CDC rappelle que ce genre de cas est attendu chez des personnes étant en contact avec des animaux infectés et que pour le moment aucun signe de transmission interhumaine n'a émergé.
Il existe une autre forme de mutation du virus qui, si elle ne concerne a priori pas les vaches, n’inquiète pas moins. Si un hôte possède des récepteurs compatibles avec deux types de certains virus un échange de pans entiers de leur code génétique peut avoir lieu, accélérant ainsi grandement l’adaptation à une autre espèce. Le cas des porcs en particulier inquiète, ces derniers pouvant être touché aussi bien par les grippes affectant les humains que les oiseaux. Pour le dire avec Nitish Boodooh, chercheur en pathobiologie à l’université de Guelphe, « Un échange de matériel génétique à la suite d’une co-infection avec un virus de la grippe aviaire et un virus de l’influenza humaine pourrait donner lieu à une recombinaison chez les porcs. » D’où qu’une infection d’élevages porcins par la grippe aviaire est particulièrement redoutée. C’est un tel phénomène qui est à l’origine de l’épidémie d’H1N1 en 2009.
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Pour conclure cet article, je rappelle que je n’ai pas d’expertise sur le sujet. Je me garderais donc bien de statuer sur le risque à plus ou moins court terme d’une pandémie liée au virus H5N1. Les autorités sanitaires se veulent globalement rassurantes jugeant le risque encore limité mais se disent préoccupées et mettent en avant la nécessité de mettre en place de la prévention au sein des exploitations laitières et de suivre de près l’évolution du virus. Abdul El-Sayad, épidémiologiste états-unien et hôte du podcast America dissected propose comme cadre d’analyse la « triade épdiémiologique ». Je me permets de reprendre son propos ici dans la mesure où je le trouve éclairant. La triade en question renvoie à trois éléments cruciaux pour évaluer un risque d’épidémie : l’agent, l’hôte et enfin l’environnement. L’agent ici est le virus H5N1. On a vu qu’il n’avait pas encore évolué de manière à atteindre des transmissions interhumaines mais que sa forte circulation accroissait ce risque. L’hôte ici renvoie d’abord aux oiseaux. Ces derniers se déplaçant en volant, pour certains sur de très longue distances, permettent une large diffusion du virus. Quant aux vaches elles sont moins mobiles (à condition de n’être pas déplacées par les humains). Pour autant elles évoluent dans un environnement, et c’est là le troisième élément de la triade, qui d’une part est favorable aux mutations du virus (forte densité dans les élevages industriels états-uniens) et d’autre part qui les met en contact avec des animaux humains.
Dans cet article j’ai essentiellement traité des hôtes et de l’agent, j’aimerais aborder les facteurs de risques lié à l’environnement dans lequel évolue le virus dans d’autres articles : facteurs de risques liées aux tensions entre santé publique et profits, aux réflexes de défiance vis-à-vis des médecins et des autorités sanitaires (avec l'exemple du lait en particulier). J'aimerais aussi aborder le sujet d'un point de vue antispéciste tant il me semble que cet angle, pourtant central, est très majoritairement absent. Le risque de zoonose est indissociable du caractère spéciste de nos sociétés et de nos économies et sans que ce soit une surprise je regrette que le sujet ne soit pas davantage pris en compte. L'élevage industriel ne doit pas être critiqué uniquement en termes de risques de santé publique pour les humains mais aussi pour les conditions de vie horrible auxquelles il soumet les animaux d'élevage.
1 CDC, « Technical Update: Summary Analysis of the Genetic Sequence of a Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Virus Identified in a Human in Michigan », mis à jour le 24/05/2024 « These data indicate viruses detected in both cows and the two human cases maintain primarily avian genetic characteristics and lack changes that would make them better adapted to infect or transmit between humans. The genome of the human virus from Michigan did not have the PB2 E627K change detected in the virus from the Texas case, but had one notable change (PB2 M631L) compared to the Texas case that is known to be associated with viral adaptation to mammalian hosts, and which has been detected in 99% of dairy cow sequences but only sporadically in birds[i]. This change has been identified as resulting in enhancement of virus replication and disease severity in mice during studies with avian influenza A(H10N7) viruses[ii]. » https://www.cdc.gov/flu/avianflu/spotlights/2023-2024/h5n1-technical-update-may-24-2024.html
Voici quelques une des références dans lesquelles j'ai puisé :
Les pages des sites des autorités sanitaires états-uniennes consacrées à ce sujet :
Recensement des fermes et États impactés par la FDA (food and drugs administration) : https://www.aphis.usda.gov/livestock-poultry-disease/avian/avian-influenza/hpai-detections/livestock
Page actualisée du CDC sur le sujet : https://www.cdc.gov/flu/avianflu/mammals.htm
Le site The conversation contient de bons articles de vulgarisation sur le sujet. Je recommande notamment ce de Frédéric Keck, comme celui-ci :
Frédéric Keck, « Poulets soldats et éleveurs sentinelles, alliés dans la vaccination contre la grippe aviaire », The Conversation, 28/06/2023. https://theconversation.com/poulets-soldats-et-eleveurs-sentinelles-allies-dans-la-vaccination-contre-la-grippe-aviaire-207861
Mais aussi ces articles :
Nitish Boodooh, Grippe aviaire et bétail, le nouveau virus de la grippe bovine H5N1 soulève des inquiétudes, The Conversation, https://theconversation.com/grippe-aviaire-et-betail-le-nouveau-virus-de-la-grippe-bovine-h5n1-souleve-des-inquietudes-228339
Diana Bell, « La prochaine pandémie ? Les animaux la vivent déjà. La grippe aviaire décime de nombreuses espèces », The Conversation, 15/03/2024. https://theconversation.com/la-prochaine-pandemie-les-animaux-la-vivent-deja-la-grippe-aviaire-decime-de-nombreuses-especes-225744
Autres références :
Kai Kupferschmidt, « From bad to worse », Science, 6 avril 2023 https://www.science.org/content/article/bad-worse-avian-flu-must-change-trigger-human-pandemic
Abdul El-Sayad, « An Epidemiologist and a Veterinarian Talk Bird Flu in Cows », America dissected, 14 mai 2024, https://www.youtube.com/watch?v=nQjSxhnV5ho&ab_channel=AbdulEl-Sayed Épisode éclairant d'un très bon podcast sur les questions de santé publique aux États-Unis d'Amérique.
Carol Clarck, « US dairy cows are tip of the iceberg as bird flu spreads in mammals globally, says ecologist », phys.org, 27 mai 2024, https://phys.org/news/2024-05-dairy-cows-iceberg-bird-flu.html
Philippe Bolo et Charles Fournier, Rapport d’information n°1069, Assemblée Nationale, Commission des Affaires économiques, 5 avril 2023 https://www.vie-publique.fr/rapport/290267-la-grippe-aviaire-et-son-impact-sur-les-elevages
Jason Lombard, « Bird flu detected in Colorado dairy cattle − a vet explains the risks of the highly pathogenic avian influenza virus », The Conversation, 10/05/2024 https://theconversation.com/bird-flu-detected-in-colorado-dairy-cattle-a-vet-explains-the-risks-of-the-highly-pathogenic-avian-influenza-virus-229079
Sur le rapport entre élevage et risque pandémique :
https://reporterre.net/L-elevage-industriel-est-un-reservoir-a-pandemies-humaines
https://www.ciwf.org.uk/media/7454789/191565_ciwf-avian-flu-report_2023_a4_aw_low-res_pages.pdf