Le projet de loi de finances 2026 est en cours d’examen, les économies sont au centre du débat. Le gouvernement et les parlementaires affichent leur volonté de contenir la dépense publique et de ramener les comptes à l’équilibre. Mais dans cette quête de rigueur, la recherche et l'innovation sont sacrifiées sur l'autel du court-termisme, perpétuant une ancienne logique démagogique : "après nous, le déluge".
Les résultats de l’enquête Innovation 2025, présentés cette semaine au MEDEF, confirment une inquiétude diffuse mais croissante du côté des entreprises. Elles dénoncent un environnement de plus en plus illisible. L'instabilité des règles, l'opacité des critères, l'imprévisibilité des contrôles, l'allongement des délais. À cela s’ajoute un sentiment de défiance vis-à-vis des dispositifs publics, perçus comme complexes, changeants, parfois dissuasifs. Alors que les dispositifs Crédit Impôt Recherche (CIR) et Crédit Impôt Innovation (CII) sont perçus comme très importants voire indispensables par 93% des entreprises innovantes, ils font l'objet de coupes hasardeuses plutôt que de réparations. Peut-on encore innover durablement en France, dans un climat d’incertitude permanente ? Ce doute est d’autant plus préoccupant qu’il surgit au moment où l’État appelle à la réindustrialisation, à la relance de l’investissement, et à une accélération de la transition écologique. Couper dans l’innovation au nom de l’ajustement budgétaire, c’est afficher des objectifs mais saboter les moyens de les atteindre. Une telle politique de rigueur ne peut que décourager l’innovation et retarder les transformations qu’elle est censée rendre possibles. Faut-il pour autant sanctuariser tous les dispositifs existants ? Non. Mais réformer l’écosystème de l’innovation demande de la méthode, de la clarté, et du discernement. Ce n’est pas une affaire de coupes brutales, mais d’investissement stratégique et ciblé, à la hauteur des enjeux économiques et climatiques à venir.
Le diagnostic posé par l’enquête Innovation 2025 est sans appel. Les entreprises dénoncent un système devenu trop complexe, instable et opaque. Ce constat n’est pas nouveau, il est même remarquablement stable d’année en année. Ce qui évolue en revanche, c’est la montée d’une instabilité règlementaire ressentie comme un frein majeur à l’engagement dans l’innovation. Le moindre changement de règle ou de périmètre fiscal suscite désormais méfiance, anticipation défensive, voire désengagement. À cela s’ajoute un climat de défiance vis-à-vis des contrôles, de plus en plus souvent perçus comme arbitraires ou imprévisibles. 64 % des entreprises interrogées déclarent avoir subi un contrôle, souvent long et peu lisible. Bien qu'indispensable, le temps passé à documenter, se justifier, attendre un remboursement contribue à détourner l’énergie des entreprises de leur cœur de mission, l'innovation, la création, la prise de risques. Dans ce contexte, la lisibilité et la prévisibilité du système sont devenues l’exception plutôt que la norme. Même les dispositifs les plus plébiscités, comme le Crédit Impôt Recherche (CIR) ou le Crédit Impôt Innovation (CII), sont fragilisés. Les critiques s'accumulent, notamment sur les effets d’aubaine dans le CIR général, dont le coût annuel dépasse 7,6 milliards d’euros, pour un rendement souvent qualifié de flou, voire négatif dans les évaluations publiques (France Stratégie, Cour des comptes). Mais il nous faut regarder plus loin. Ces critiques ne remettent pas en cause l’existence même des dispositifs, ni leur rôle structurant pour l’économie de l’innovation. Elles concernent leur mise en œuvre, leur gouvernance, leur usage, pas leur légitimité. Confondre un système mal exécuté avec un système inutile est une erreur de diagnostic. Une erreur de diagnostic qui mène toujours à une erreur de traitement coûteuse. Ce qui est attendu aujourd’hui n’est pas une politique de coupes aveugles, mais un renforcement lucide. Les dispositifs doivent être mieux calibrés, mieux contrôlés, mieux pilotés. Réparer ce qui est réparable. Et sanctuariser ce qui fonctionne.
Dans l’architecture actuelle des dispositifs d’innovation, tout ne se vaut pas. Certains outils ont démontré leur efficacité économique, leur pertinence sociale et leur impact stratégique. Il serait irresponsable de les fragiliser au nom d’une logique comptable indifférenciée. Le dispositif Jeune Docteur, aujourd’hui menacé, en est un exemple emblématique. Il conditionne un avantage fiscal à l’embauche en CDI d’un docteur, c’est-à-dire d’un professionnel formé à la recherche, à la résolution de problèmes complexes, à l’exploration de l’incertitude. Non seulement chaque euro investi dans ce dispositif génère 1,5 euro de PIB, mais ce mécanisme joue aussi un rôle structurant. Il valorise une formation longue financée par la puissance publique. Il renforce les liens entre science et industrie. Il stabilise les carrières dans des secteurs d’avenir. En amont, le dispositif CIFRE permet à une entreprise ou une collectivité de cofinancer un·e doctorant·e en contrat de travail. C’est un outil souple, fortement plébiscité par les PME et les territoires. Il permet d’amener la recherche là où elle ne va pas spontanément, dans les filières émergentes, les structures modestes, les régions éloignées des grandes métropoles scientifiques. Il joue un rôle actif contre la concentration des ressources, pour la territorialisation de l’innovation. Ce dispositif ne demande pas une réforme, mais un accompagnement, une simplification administrative, une meilleure communication, un appui plus lisible des acteurs publics. En somme, les économies peuvent, et doivent, être ciblées. Ciblées sur les dispositifs à faible effet levier, comme le CIR non conditionné, qui capte des volumes massifs sans toujours mobiliser les compétences les plus avancées. A l’inverse, les outils à fort rendement, à fort impact et à forte valeur sociale ajoutée doivent être consolidés. Ce n’est pas une politique d’austérité qui est attendue, c’est une politique d’investissement intelligent.
Il est nécessaire d’engager une réforme lisible, exigeante, et surtout durable. Les entreprises le rappellent sans détour : l’innovation a besoin de stabilité. Les changements constants de règles, de critères, de périmètres fiscaux désorganisent les stratégies, affaiblissent la confiance et pénalisent l’investissement. Une stabilisation pluriannuelle du cadre fiscal est une priorité. À l’image de ce qui existe pour certains programmes d’investissement public, il est urgent de garantir une visibilité à cinq ans sur les règles du jeu, les taux d’aide, les critères d’éligibilité. Cette visibilité est indispensable pour innover sans retournement à chaque loi de finances. Mais la stabilité ne suffit pas. Il faut aussi conditionner mieux. C’est une exigence d’efficacité autant que de justice. Une réforme ambitieuse devrait intégrer, par exemple, un ratio minimal de docteurs dans les équipes R&D, afin d’assurer que les soutiens publics bénéficient à des structures investissant réellement dans les compétences avancées. De même, un bonus pourrait être accordé aux entreprises qui embauchent des doctorant·es ou de jeunes docteur·es en CDI, facteurs d'innovation à long terme. Enfin, il est légitime d’exiger une absence de délocalisation des fonctions de recherche à moyen terme, afin d’éviter que l’argent public finance indirectement des transferts hors du territoire. Ce cadre renouvelé doit aussi gagner en lisibilité. Il faut distinguer clairement les dispositifs à haut rendement des mécanismes trop généraux. Il faut faciliter l’accès des PME et des jeunes entreprises à la commande publique innovante, encore trop fermée. Il faut surtout proposer un pacte innovation à cinq ans, associant l’État, les filières, les acteurs publics et privés. L'innovation exige un engagement réciproque : stabilité, ciblage et simplification contre investissement, emploi et montée en compétences. L’heure n’est pas à la coupe budgétaire et au sous-investissement. Elle est à la clarification, au pilotage et à la restauration d’un climat de confiance entre l’État et les acteurs de l'innovation. C’est à cette condition que l’innovation pourra pleinement jouer son rôle, pour la réindustrialisation et la transformation de la société.
La rigueur budgétaire n’est pas un horizon. C’est un outil, au service d’une transformation économique durable. Mais, seulement à condition de ne pas se tromper de cible. Tailler dans l’innovation, ce n’est pas réduire les dépenses, c’est réduire les recettes. L’innovation n’est pas une récompense qu’on accorde les bonnes années. C’est une politique de souveraineté. Elle conditionne notre capacité à produire, à nous adapter, à anticiper les ruptures technologiques et écologiques. L’enjeu n’est pas de tout réduire ou tout augmenter, mais de choisir avec discernement, en s’appuyant sur des critères d’efficacité économique, de justice territoriale et de soutenabilité à long terme.
Trois piliers doivent être consolidés. Les compétences, à travers une meilleure reconnaissance du doctorat et l’intégration des chercheurs dans le tissu économique. Les territoires, par le soutien aux dispositifs de recherche décentralisée comme les CIFRE. La stabilité, par un engagement clair de l’État sur un cadre fiscal prévisible et lisible.
On ne sauve pas une économie en l’empêchant d’inventer. On ne prépare pas l’avenir en renonçant aux moyens de le construire.