Des événements auront lieu cette année, notamment sous la houlette de Thierry Lefebvre
Des événements auront lieu cette année, notamment sous la houlette de Thierry Lefebvre (http://thierry-lefebvre.blogspot.com), autour de l’œuvre de Jean Comandon. Jean Comandon, vous connaissez. Si vous avez déjà vu des films N&B de croissances de plantes en accéléré, où l’on voit s’ouvrir des marguerites, croître des tournesols etc., c’est lui.
Né en 1877 et mort pratiquement centenaire, Jean Comandon a une œuvre immense de microcinématographie des organismes marins, des pathologies cardiaques, de la croissance des plantes etc. (on peut voir un film sur le site http://www.universcience.tv/media/533/jean-comandon--des-microbes-sous-les-sunlights.html ). Le titre de sa thèse de médecine était :De l'usage clinique de l'ultra-microscope en particulier pour la recherche et l'étude des spirochètes. Après sa thèse, et dès 1909, il aménage grâce à Charles Pathé un laboratoire de microcinématographie scientifique. On lui doit les premiers films de chronocinématographie (Time-Lapse) en microscopie haute résolution.
J’essaierai d’honorer Jean Comandon le 16 février, à la Bibliothèque Nationale de France, à l’occasion d’une après-midi en son honneur organisée par Thierry Lefebvre. Si je peux, j’essaierai de présenter de la micro-cinématographie réalisée au smartphone, histoire de tendre un fil entre l’archéologie de la chrono-cinématographie, et l’avenir (ou plutôt, le présent).
En attendant, voici un petit exercice de microchronocinématographie (base de temps réelle de 1 minute, le fichier original est 4 fois plus résolutif, j'ai monstrueusement réduit le film pour que "ça rentre" sur Mediapart).
Voici un film des premiers stades de formation des embryons, il s’agit de quatre heures de croissance, au cours du premier jour de développement. A partir de ce genre de film, on essaie de comprendre le « champ de vecteur », c’est-à-dire la nature du mouvement qui « lance » la formation d’un embryon (de vertébré en l’occurrence), ce par quoi tout commence.
Les outils actuels consistent à sélectionner sur l’objet filmé une grille virtuelle de points (ici des croix bleues) de départ, et à les suivre au cours du temps en analysant point par point les voisinages des croix bleues, d’image à image. Le calcul de corrélation reconstitue les trajectoires issues des points bleus, numériquement. Si vous partez des données brutes, voilà ce que ça donne :
Autant dire qu’on n’y comprend rien. J’ai dit dans un précédent billet que la chronophotographie, en particulier scientifique requiert une initiation. Bref, c’est un peu une affaire de spécialistes, je vous passe en général les détails. Le travail à faire consiste d’abord à recaler les images pour éliminer les dérives. Ce qui donne le film suivant :
Puis, on extrait un intervalle de temps très court, et on construit le « champ de vecteur instantané ». Ce qu’on appelle en jargon de physiciens, le champ de vitesse eulérien. Et ça donne ceci (en toute rigueur, c'est le vecteur renormalisé).
On voit donc le champ de vecteur instantané, représenté par les petits bâtons verts, tangents au mouvement des tissus, tels que suivi sur une "matrice" régulière de points (le -futur- anus est à gauche, la -future- tête à droite). Il s'agit de la vitesse que verrait un observateur assis sur une petit balise fixe, et qui verrait s'écouler la masse autour de lui : comme pour Héraclite, on ne voit pas le même petit bout de matière à chaque instant : panta rei (je ne sais pas mettre des caractères grecs, donc c'est pas facile de faire mon snob). Si l'on suit le mouvement pendant un temps long, on forme ce qu'on appelle les lignes d'émission, c'est-à-dire le mouvement qu'aurait une bouée flottante emportée par l'écoulement, ce qui n'est pas la même chose.
Entre l’image de départ inutilisable, et l’image d’arrivée, les ordinateurs ont un peu tourné (ça peut prendre jusqu’à un quart d’heure d’extraire un champ de vitesse). Sur l’image d’arrivée, on voit de façon formidable ce qu’est le champ de vitesse d’enroulement des tissus embryonnaires, autour d'un point de vitesse nulle, où sera finalement situé le nombril.
Sur mon site académique, je fournis la plupart des films produits dans les expériences, puis utilisés pour rédiger des articles (ils sont ici : http://www.msc.univ-paris-diderot.fr/~vfleury/portailembryons0.html ). Peut-être réduis-je les films en taille ou en stroboscopie, pour ne pas saturer mon site avec des films énormes ; les films originaux sont donnés à quiconque les demande. Et je fournis un cours pour faire tout ça (c'est là http://www.msc.univ-paris-diderot.fr/~vfleury/portailPIV.html). Dans le domaine scientifique, il est de plus en plus fréquent de rencontrer des personnages qui attaquent les chercheurs. Récemment, dans le domaine du réchauffement climatique, une campagne sordide a été organisée contre un collègue. Il avait dit dans un mail qu'il avait utilisé "un truc" pour traiter les données. A "trick" en anglais. Il a utilisé un truc : Ah Ah, les données sont truquées!! Je viens de vous montrer le genre de trucs qu'on utilise constamment.
La formation des embryons n’est pas aussi médiatisée, mais malgré tous les efforts de mise à disposition des données et des recettes de cuisine, on trouve des gens peu compétents, c’est le moins qu’on puisse dire, pour encore s’emparer des films gracieusement offerts, produire sans aucun contrôle par les pairs des petites analyses foireuses (ici : http://www.youtube.com/watch?v=YLyA0t0kjcA ), et plastronner sur leurs sites internets fiéleux (là par exemple: http://coffeeandsci.wordpress.com/2011/03/21/clarifying-tetrapod-embryogenesis-accurately/ ) que tout ce travail est faux ou bidon.
Bref, le sentiment est qu’on exigera de plus en plus de transparence des chercheurs, ce qui est sans doute très bien, mais que ça ne changera pas grand-chose aux polémiques ; la guerre naît dans le cœur des hommes.