De 1959 à 1961 François Maspero assure seul la vie de la maison d'édition, du graphisme à la correction des épreuves. A l'automne 1961 entrent dans la maison d'édition, Jean Philippe Bernigaud, et Fanchita Gonzalez Batlle. Rejoints par Émile Copfermann en 1965.
Avec les directeurs de collections et quelques auteurs, ils ont construit cette formidable boîte à outils que furent les éditions : Robert Paris, Jean Pierre Vernant, Pierre Vidal Naquet, Charles Bettelheim, Yves Lacoste, Albert Memmi, Georges Haupt, Roger Gentis, Yves Benot, Maxime Rodinson, Louis Althusser, Maurice Godelier, Christian Baudelot, Régis Debray, Pierre Jalée, Taos Amrouche, Nazim Hikmet, Tahar Ben Jelloun, John Berger, Augusto Boal, Dario-Fo, une liste impressionnante d'intellectuels, d'écrivains, de poètes...
Les éditions seront le carrefour des divers courants révolutionnaires mondiaux en donnant à connaître, apprendre et juger, plutôt que prêcher l'ultime vérité. Les éditions publient les textes politiques des dirigeants des luttes anticoloniales et anti-impérialistes (Fidel Castro, Ho Chi Minh, Giap, Che Guevara, Frantz Fanon, Ben Barka, Mongo Béti, Amilcar Cabral, Mario de Andrade...). Dès 1968 dans la revue Partisans François Maspero donne la parole à l'opposition démocratique dans les pays sous domination soviétique. Ce travail prendra toute son ampleur avec la création en 1979 de la revue L'Alternative.
1959-1974 l'acharnement judiciaire
Saisies de livres, interdictions, procès, condamnations à de fortes amendes ou à la prison se succèdent dès le lancements des éditions. L'an V de la révolution algérienne de Frantz Fanon sera interdit à sa sortie en 1959.
Pendant la guerre d'Algérie , 11 livres et les 3 premiers numéros de la revue partisans seront interdits. Les ouvrages ont été saisis en vertu d'informations ouvertes et d'inculpations. Il n'y aura aucun procès, le pouvoir ne voulant pas que d'éventuels procès se transforment en dénonciation de la guerre et des méthodes de l'armée française.
Au lendemain de 1968 le pouvoir appliquera systématiquement l'article 14 de la loi sur la presse qui
« permet » les interdictions et saisies sur simple ordre du ministre de l'Intérieur. Seront interdits, la revue tricontinental ( 17 procès en trois ans), les livres de Cléophas Kamitatu, La grande mystification du Congo-Kinshasa, Jules Chomé, L'ascension de Mobutu, Mongo Béti, Main basse sur le Cameroun (livre interdit comme étant de provenance étrangère alors que Mongo Béti était professeur de l'éducation nationale avec un passeport français). En 1968 le pouvoir fera interdire Le petit livre rouge des écoliers et lycéens.
François Maspero sera également poursuivi pour diffusion de La cause du peuple, diffusion de Mundo Obrero et la publication d'un article dans le Nouvel Observateur : «Cet homme est menacé», à propos de Cléophas Kamitatu.
Une mobilisation, des auteurs, des lecteurs, d'artistes et d'écrivains viendra aider les éditions Maspero, à l'automne 1973 pour qu'elles puissent continuer dans l'indépendance. Une pétition contre l'interdiction de la revue tricontinental recueillera 50 000 signatures.
