En léger différé par rapport au Parti socialiste, qui en est déjà au congrès, et avant le Parti communiste (congrès du 11 au 14 décembre) et le Nouveau Parti anticapitaliste (congrès fondateur fin janvier 2009), les Verts renouvellent eux aussi leurs instances nationales.
Les adhérents du mouvement sont appelés à des «assemblée générales ordinaires décentralisées» dans leur région, dimanche 16 novembre. Ces rassemblements ont lieu tous les trois ans et permettent de renouveller l'appareil du parti.
Les adhérents devront se prononcer sur des «motions d'orientation stratégiques» (rassemblées par Thierry Ternisien), soutenues par les 6 listes de candidats au Collège exécutif. Ils éliront aussi les 500 délégués de l'Assemblée fédérales (des «grands électeurs») et 90 membres (soit les 3/4) du Conseil national interrégional (CNIR, le Parlement des Verts). Ils voteront également pour des «motions ponctuelles», comme l'organisation d'une «fête du tournesol» ou l'adoption des décisions qui ont recueillis plus de 50% des suffrages exprimés (actuellement, il faut plus de 50% des votants et plus de 60% des exprimés).
Dimanche 6 décembre, les quelques 500 délégués de l'Assemblée fédérale se réuniront à Lille, débattront et voteront les textes d'orientation du mouvement, éliront les 30 derniers membres du CNIR (le «quart national»), et désigneront les 11 membres du collège exécutif: la direction permanente des Verts.
A l'issue de cette séquence, les Verts disposeront donc d'un nouveau Conseil national interrégional (4 ou 5 réunions par an), qui choisira 24 des 35 membres du Conseil politique (les 11 autres sont les membres du collège exécutif). Ce dernier, chargé d'animer la vie politique du mouvement se réunit une fois par mois.
Ils auront également un nouveau Collège exécutif (le gouvernement du parti), composé notamment d'un secrétaire national (aujourd'hui Cécile Duflot), de son adjoint, d'un trésorier et d'un porte-parole de chaque sexe.
Lors du dépôt des motions, celle présentée par la secrétaire nationale sortante, Cécile Duflot, avec le président du groupe Verts au conseil régional d'Ile-de-France, Jean-Vincent Placé (motion E, L'espoir en actes) a recueilli 640 signataires.
Elle est suivie de la motion F, Ouverture, audace, imagination (600 signataires), conduite le porte-parole du mouvement, Jean-Louis Roumégas et soutenue par Dominique Voynet, qui ne se présente pas.
Viennent ensuite aux pointages, la tendance environnementaliste de Jean-Marc Brûlé (motion C, urgence écolo, urgence sociale) avec 350 signataires, puis la liste de l'adjoint au maire de Paris Denis Baupin (motion D, Unir les écologistes) soutenue par Yves Cochet ave 280 signataires, l'aile gauche du parti (motion A, Altermondialisme, décroissance et écologie populaire) où l'on retrouvera les noms d'Yves Contassot, de Sergio Coronado ou de Francine Bavay (240), et pour finir, un courant souvent qualifié de mamériste, bien que Noël Mamère n'y figure pas, Rassembler les écologistes, changer les Verts (motion B), menée par Bernard Jomier (210).