INSAR 2021. Une analyse massive évalue la sensibilité des gènes aux mutations

Une nouvelle ressource compilant les délétions et les duplications liées à 30 traits neurodéveloppementaux pourrait aider les chercheurs et les cliniciens à interpréter les résultats génétiques.

spectrumnews.org Traduction de "Massive analysis scores genes’ sensitivity to mutations" par Laura Dattaro / 5 mai 2021

20210505-dosagesensitivity-844
Les chercheurs ont classé plus de 17 000 gènes selon leur sensibilité aux mutations qui les suppriment ou les dupliquent, sur la base d'une analyse inédite des données génétiques de plus de 750 000 personnes. L'analyse a également permis d'identifier 49 zones du génome où des mutations sont associées à des troubles du neurodéveloppement, dont l'autisme.

Les chercheurs ont présenté ces résultats hier, de manière virtuelle, lors de la  réunion annuelle 2021 de l'International Society for Autism Research. (Les liens vers les résumés ne fonctionnent que pour les participants inscrits à la conférence).

Les mutations connues sous le nom de variations du nombre de copies (CNV) se produisent lorsqu'une portion d'ADN se répète dans un chromosome ou en est absente. Les CNV sont l'une des causes génétiques les plus courantes de l'autisme, mais comme elles peuvent englober des centaines de milliers de paires de bases, il est souvent difficile de savoir quels gènes contribuent le plus aux caractéristiques d'une personne.

Les scores obtenus dans le cadre de cette nouvelle étude indiquent dans quelle mesure une délétion ou une duplication affecterait la fonction des gènes individuels et quelle serait la gravité des conséquences sur le développement neurologique, ce qui pourrait être utile à la fois aux chercheurs et aux cliniciens, explique le chercheur Ryan Collins, étudiant diplômé du laboratoire de Michael Talkowski à l'université Harvard.

D'autres chercheurs ont déjà manifesté leur intérêt pour l'intégration de ces scores dans leurs propres analyses afin de faciliter l'interprétation des résultats génétiques, précise M. Collins.

"Ces scores sont réellement utiles pour interpréter les variations génétiques dans le contexte de la génétique médicale et même, à l'avenir, pour les diagnostics cliniques", ajoute-t-il.

20210505-dosagesensitivity-inside

Un ensemble massif de données

Collins et ses collègues ont compilé des données génétiques provenant de 13 sources couvrant 30 traits neurodéveloppementaux et neuropsychiatriques, y compris des traits d'autisme, des symptômes de schizophrénie et des crises d'épilepsie. L'échantillon comprenait 753 994 personnes, dont 293 235 présentaient au moins un des traits.

L'équipe a trouvé 49 segments du génome, chacun d'une longueur d'au moins 200 000 paires de bases, dans lesquels des CNV sont associés à des troubles du développement neurologique. Certains segments contenaient des gènes nouvellement associés à ces troubles, notamment CBLN2, qui code pour une protéine exprimée dans les synapses.

Ils ont également identifié de nouvelles fonctions pour certains gènes précédemment connus pour leur implication dans le neurodéveloppement. Une mutation d'une seule paire de bases dans le gène SMARCA2, par exemple, est connue pour provoquer une forme de déficience intellectuelle appelée syndrome de Nicolaides-Baraitser, mais les nouveaux travaux ont révélé que des délétions dans ce gène sont également associées à d'autres troubles du développement neurologique.

"Regarder la génétique sous différents angles peut vous conduire aux mêmes gènes, mais ce qu'ils vous disent sur ces gènes est plus important que de considérer simplement un type de variante génétique ou l'autre", explique Collins.

Les chercheurs ont utilisé l'apprentissage automatique pour créer des scores de sensibilité pour 17 263 des quelque 20 000 gènes du génome humain. Près de 3 300 d'entre eux sont sensibles aux délétions et aux duplications qui peuvent entraîner un trouble du développement neurologique.

L'équipe continue d'accumuler de nouvelles données et dispose des résultats préliminaires d'une analyse portant sur plus d'un million de personnes, précise M. Collins.

Lire d'autres comptes rendus de la réunion annuelle de l'International Society for Autism Research de 2021.

Le Club est l'espace de libre expression des abonnés de Mediapart. Ses contenus n'engagent pas la rédaction.