Un nouveau système de classement signale les "gènes de l'autisme" pertinents

INSAR 2021. Un évaluateur de gènes : Dans l'approche EAGLE, une équipe d'experts recueille et évalue les preuves liant un gène donné à l'autisme.

spectrumnews.org Traduction de "New ranking system flags clinically relevant ‘autism genes’"par Grace Huckins / 5 mai 2021

Un nouveau système de classement signale les "gènes de l'autisme" cliniquement pertinents 

Reflet de l'écran d'ordinateur dans les lunettes du profil ADN, gros plan du visage. © Andrew Brookes / Getty Images Reflet de l'écran d'ordinateur dans les lunettes du profil ADN, gros plan du visage. © Andrew Brookes / Getty Images
Une nouvelle méthode d'évaluation des gènes liés à l'autisme pourrait révéler lesquels sont les plus utiles à dépister. Les chercheurs ont présenté virtuellement ces résultats inédits hier lors de la réunion annuelle 2021 de l'International Society for Autism Research. (Les liens vers les résumés ne fonctionnent que pour les participants inscrits à la conférence).

La méthode, appelée Evaluation of Autism Gene Link Evidence (EAGLE), évalue et note systématiquement les preuves liant les gènes à l'autisme. Les chercheurs l'ont utilisée pour analyser une liste de 53 gènes considérés par diverses sources comme étant fortement associés à l'autisme.

Parmi les 53 gènes évalués, EAGLE en a identifié 22 comme ayant un lien "définitif" avec l'autisme. Sur les 42 gènes étiquetés "haute confiance" dans une base de données génétiques appelée SFARI Gene, seuls 20 sont apparus comme définitifs. (SFARI Gene est financée par la Fondation Simons, l'organisation mère de Spectrum).

S'il est largement accepté, EAGLE pourrait aider les scientifiques à atteindre un consensus sur la mesure dans laquelle différents gènes sont liés à l'autisme, a déclaré le chercheur principal Jacob Vorstman, professeur associé de psychiatrie à l'Université de Toronto au Canada, lors d'une conférence de presse lundi. Et cela pourrait également contribuer à rendre les tests génétiques de l'autisme plus uniformes et plus utiles.

"Ce n'est pas purement académique", a déclaré Vorstman. "C'est loin d'être anodin, car les informations figurant sur ces listes [comme la SFARI] alimentent directement les panels de séquençage utilisés pour l'autisme."

Cartes de pointage

De manière générale, EAGLE adopte la même approche que ClinGen, une ressource gérée par les National Institutes of Health des États-Unis qui évalue la force des preuves reliant les gènes à diverses maladies et affections. Dans le cadre de ClinGen, une équipe d'experts recueille toutes les preuves soutenant le lien entre un gène et une maladie, note chaque élément de preuve individuellement, puis additionne ces notes pour déterminer une évaluation finale.

ClinGen est complet et transparent, une caractéristique que EAGLE partagera, déclare le chercheur de l'étude, Christian Schaaf, professeur de génétique humaine à l'université de Heidelberg en Allemagne. Par exemple, les cartes de score dans ClinGen révèlent exactement pourquoi un gène individuel a reçu sa note.

"Je pense que c'est en partie ce qui fait la beauté de ClinGen : la version la plus récente des [protocoles] est toujours en ligne et accessible à tous", explique Christian Schaaf. "C'est un processus assez transparent, et vous pouvez comprendre comment la note est obtenue".

Mais EAGLE ajoute également au cadre de ClinGen en incorporant des données phénotypiques. Les personnes autistes étant identifiées différemment selon les études, le cadre EAGLE donne un score plus élevé aux cas pour lesquels un expert a confirmé le diagnostic et un score plus faible à ceux pour lesquels l'autisme ou les traits autistiques sont mentionnés sans explication.

EAGLE pénalise également le score d'un gène si les mutations observées chez les personnes autistes apparaissent également chez les non-autistes. En conséquence, EAGLE donne des scores faibles à certains gènes que SFARI Gene étiquette comme hautement fiables. Six de ces gènes n'ont que des preuves limitées d'un lien avec l'autisme, selon EAGLE. Vorstman a annoncé lors de la conférence de presse de lundi que la Fondation Simons prévoit d'inclure les scores EAGLE dans la base de données SFARI Gene.

"[EAGLE est] une approche plus stricte", dit Schaaf. Et cette rigueur, dit-il, fait partie de ce qui rend EAGLE cliniquement utile. "Si un médecin signale un changement génétique à la famille, celle-ci estime que cela doit être significatif. Et peut-être que cela [devrait] l'être".

Lisez d'autres rapports de la réunion annuelle de la Société internationale pour la recherche sur l'autisme de 2021.

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