Les tests génétiques de dépistage de l'autisme, expliqués

Des mutations dans plus de 100 gènes sont à l'origine de l'autisme. Il existe quatre types de tests permettant de détecter ces mutations, ainsi que des variations structurelles pouvant mener à l'autisme.

spectrumnews.org Traduction de "Genetic testing for autism, explained"

par Jessica Wright / 10 avril 2019

L'autisme est avant tout une maladie génétique : La plus grande partie du risque d'autisme provient des gènes1. On sait que des mutations dans plus de 100 gènes sont à l'origine de cette condition.

Il existe quatre types de tests permettant de détecter ces mutations, ainsi que des variations structurelles pouvant mener à l'autisme. À mesure que les chercheurs en apprennent davantage sur la génétique de l'autisme, les tests sont devenus plus informatifs : Un plus grand nombre des mutations qu'ils découvrent sont liées à l'autisme et à des conséquences connues sur la santé.

Voici un abécédaire sur le fonctionnement des tests génétiques, leur valeur pour l'autisme et à quoi s'attendre avec les résultats.

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Existe-t-il un test génétique pour l'autisme ?

Non. Un test génétique ne peut pas diagnostiquer ou détecter l'autisme. C'est parce que des myriades de gènes ainsi que des facteurs environnementaux peuvent être à l'origine de la maladie. Environ 100 gènes ont des liens évidents avec l'autisme, mais aucun gène n'entraîne l'autisme chaque fois qu'il subit une mutation.

Par exemple, seule une personne sur quatre à laquelle manque une partie du chromosome 16 appelée 16p11.2 est autiste. Cette mutation et d'autres mutations sont également associées à d'autres affections, comme l'épilepsie ou la déficience intellectuelle.

Pourquoi une personne autiste subirait-elle un test génétique ?

Si un test révèle une mutation nocive ayant des liens connus avec l'autisme, le résultat pourrait donner à la personne autiste et à sa famille une explication de la condition. Certaines familles trouvent également un soutien émotionnel et pratique auprès d'autres familles aux prises avec la même mutation.

Il n'existe pas de médicaments adaptés aux mutations particulières de l'autisme. Mais les mutations sont souvent liées à d'autres problèmes de santé, comme l'épilepsie, les problèmes rénaux ou l'obésité, de sorte que l'information pourrait aider à prévenir ou traiter ces problèmes.

Quels types de tests génétiques sont disponibles ?

Il existe quatre principaux types de tests. Le plus ancien est le caryotype, l'inspection des chromosomes au microscope. Ce test détecte de manière fiable les changements de segments de plus de 10 000 paires de bases.

Un test appelé analyse des microréseaux chromosomiques identifie les duplications ou les délétions d'ADN trop petites pour apparaître sur un caryotype. Néanmoins, un caryotype est nécessaire pour identifier les cas où les chromosomes échangent de façon égale un morceau de matériel génétique.

Pour détecter des duplications ou des délétions encore plus petites, ainsi que des échanges de paires de bases individuelles, les cliniciens doivent séquencer ou analyser les mutations entre les gènes individuels. Certains cliniciens utilisent des tests d'autisme commercialisés [aux USA] qui séquencent un ensemble prédéterminé de gènes, mais ces panels ne comprennent souvent pas le top des gènes d'autisme 2.

Une alternative consiste à séquencer tout l'ADN codant pour les protéines d'une personne, ou l'exome. Les cliniciens peuvent séquencer les exomes des deux parents ainsi que de l'enfant pour trouver les mutations présentes uniquement chez l'enfant. Ces mutations spontanées sont plus susceptibles de contribuer à l'autisme que les mutations héréditaires. Le séquençage de l'exome est coûteux, cependant, et souvent non couvert par l'assurance [privée, USA toujours].

Le séquençage de l'ensemble du génome est la méthode la plus complète. Elle révèle des mutations dans n'importe quelle partie du génome d'une personne, pas seulement le 1 % qui inclut les gènes. Ce n'est encore qu'un outil de recherche, mais à mesure que son prix baisse et qu'il devient plus largement disponible, il pourrait remplacer les autres tests.

Pour l'instant, les académies de médecine américaines ne recommandent que le caryotype ou l'analyse chromosomique par microarray pour l'autisme. Ils conseillent également de rechercher des mutations ponctuelles dans les FMR1, MECP2 ou PTEN, mais seulement lorsqu'un enfant présente d'autres signes des syndromes associés aux mutations dans ces gènes.

Quelle proportion de personnes autistes trouvent des réponses dans les tests génétiques ?

Relativement peu. Le caryotype révèle une mutation pertinente chez 3 % des personnes autistes, et l'analyse des microréseaux chez 10 %3. Le séquençage des trois gènes associés aux syndromes pourrait identifier une mutation de l'autisme chez 14 % des personnes autistes.

La combinaison de ces méthodes avec le séquençage de l'exome pourrait donner des résultats chez jusqu'à 40 % des personnes autistes.

Dans une étude réalisée en 2015, des microréseaux ont révélé des mutations qui pourraient expliquer l'autisme chez 9 % des enfants atteints de cette maladie. Le séquençage des exomes a révélé des mutations dans 8 % des cas4.

La probabilité de trouver une variante génétique connue augmente si la personne autiste a également une déficience intellectuelle, des crises ou des caractéristiques faciales inhabituelles.

Et si un test génétique ne donne rien ?

Un résultat négatif ne signifie pas que la personne n'a pas une mutation qui peut causer l'autisme. Le test en question pourrait ne pas détecter cette mutation particulière, ou peut-être que la mutation n'a pas encore de lien connu avec l'autisme.

Bon nombre des gènes liés à l'autisme aujourd'hui n'étaient pas associés à cette maladie il y a cinq ans. La plupart des centres de tests génétiques réanalysent les résultats une fois par an sur la base des dernières découvertes.

References:

  1. Sullivan P.F. and D.H. Geschwind Cell 177, 162-183 (2019) PubMed
  2. Hoang N. et al. NPJ Genom. Med. 3, 27 (2018) PubMed
  3. Schaefer G.B. et al. Genet. Med. 15, 399-407 (2013) PubMed
  4. Tammimies K. et al. JAMA 314, 895-903 (2015) PubMed

Précisions : en France, les tests génétiques sont remboursés s'ils sont prescrits par un neuropédiatre ou un généticien. Les CRA font généralement un test génétique. Ce test n'est pas obligatoire pour le diagnostic.

 

 

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