Une étude révèle des différences de microbiome chez les enfants autistes

Contrôle de l'intestin : L'échantillonnage répété dans les études de microbiome intestinal peut aider à contrôler les variables pouvant prêter à confusion.

spectrumnews.org Traduction  de "Study hints at microbiome differences in children with autism" par Sarah DeWeerdt / 14 janvier 2021

SEM de bactéries fécales. © Steve Gschmeissner / Photothèque scientifique SEM de bactéries fécales. © Steve Gschmeissner / Photothèque scientifique
Les enfants autistes peuvent avoir dans leur intestin un ensemble de bactéries subtilement différent de celui de leurs frères et sœurs non autistes, selon des données non publiées présentées virtuellement mardi lors du Global Connectome 2021 de la Society for Neuroscience.

La perspective que la manipulation du microbiome puisse soulager les problèmes gastro-intestinaux et d'autres traits de l'autisme a mis en appétit de nombreuses familles d'enfants autistes. Mais les études sur le microbiome intestinal chez les personnes autistes sont rares et ont donné des résultats contradictoires, et les études sur les souris peuvent être difficiles à interpréter.

Pour ce nouveau travail, les chercheurs ont recruté 111 familles qui ont chacune deux enfants - un autiste et un non autiste - nés à moins de deux ans l'un de l'autre et âgés de 2 à 7 ans.

"Nous avons essayé d'être aussi prudents que possible en utilisant une cohorte témoin qui était composée de frères et sœurs", explique la responsable de l'étude, Maude David, professeure adjointe de microbiologie à l'université d'État de l'Oregon à Corvallis. Cette étude a permis de contrôler des variables telles que l'environnement domestique, les animaux domestiques et d'autres facteurs qui peuvent influencer le microbiome, dit-elle.

Les chercheurs ont prélevé des échantillons de selles des enfants à trois moments différents, à deux semaines d'intervalle. L'échantillonnage répété a réduit la probabilité que les variations à court terme du microbiome intestinal des enfants - dues à des influences environnementales transitoires, telles que les changements alimentaires quotidiens - faussent les résultats.

Les familles ont également partagé des informations sur les comportements de leurs enfants autistes, leurs habitudes alimentaires, leur consommation de vitamines, de suppléments et d'antibiotiques, ainsi que sur leur santé gastro-intestinale et générale. Ces informations ont donné lieu à un riche écosystème de métadonnées que les chercheurs ont pu utiliser pour trier les variables potentiellement sources de confusion lorsqu'ils ont recherché les différences entre les groupes d'organismes ou les taxons.

"Quand on examine tout cela, on trouve encore des taxons un peu différents chez les enfants autistes", explique David.

A la selle

David et son équipe ont analysé du matériel génétique microbien dans 432 échantillons de selles provenant de 72 familles. Ils ont trouvé huit séquences génétiques bactériennes qui étaient plus susceptibles d'être présentes dans les intestins des enfants autistes que dans ceux de leurs frères et sœurs non autistes, et trois séquences qui étaient moins probables.

On ne sait pas encore exactement quelles espèces de bactéries elles représentent ni quelles sont leurs conséquences fonctionnelles, explique David. Les chercheurs procèdent actuellement à un séquençage plus détaillé du matériel génétique microbien de certains des échantillons.

L'équipe a également procédé à une analyse statistique afin d'étudier les liens entre le microbiome des enfants et divers facteurs liés au mode de vie et à l'alimentation. Ils ont trouvé certaines variables qui influencent le microbiome et qui sont également associées à l'autisme.

Par exemple, les enfants autistes sont plus susceptibles d'être intolérants au lactose et d'éviter les produits laitiers, et ils ont également tendance à manger moins de fruits que les enfants non autistes. Ces deux habitudes alimentaires peuvent avoir un impact important sur le microbiome.

Ces données fournissent un contexte pour l'interprétation des différences entre les deux groupes, explique David.

Pour vérifier leurs résultats, les chercheurs ont utilisé un algorithme d'apprentissage automatique pour prédire si les enfants étaient autistes ou non, en se basant sur diverses combinaisons de métadonnées qu'ils avaient recueillies. La précision de l'algorithme s'est légèrement améliorée lorsqu'ils ont également ajouté des informations sur le microbiome intestinal, ce qui, selon les chercheurs, constitue une preuve supplémentaire des différences microbiologiques, faibles mais réelles, chez les enfants autistes.

Les chercheurs prévoient d'analyser l'expression des gènes, les marqueurs inflammatoires et les métabolites dans les échantillons. Ils testent également six composés plus répandus dans les selles des participants non autistes afin de voir s'ils ont un effet sur les comportements rappelant l'autisme chez les souris dépourvues du gène lié à l'autisme CNTNAP2.

Pour en savoir plus, consultez les rapports de la conférence 2021 de la Society for Neuroscience Global Connectome.


Autisme - Une étude sur le microbiome déclenche une réaction rapide de contestation

28 juil. 2019 - Pas si vite : L'affirmation selon laquelle les composés microbiens peuvent soulager les comportements autistiques est prématurée, selon plusieurs critiques.

Autisme - Compléments alimentaires, vers et selles : l'intestin pour cible

27 juil. 2019 - Les traitements basés sur le microbiome prolifèrent à l'initiative des familles : greffes fécales, vers, compléments alimentaires. Les chercheurs sont en retard, les preuves manquent...

Le Club est l'espace de libre expression des abonnés de Mediapart. Ses contenus n'engagent pas la rédaction.