Un projet de grande envergure double la liste des gènes liés à l'autisme

La plus grande analyse des séquences génétiques de personnes autistes implique 184 gènes dans l'autisme, soit près du double de l'estimation de l'an dernier. Un nouveau gène candidat à l'autisme est affecté uniquement par des variantes aux effets imprévisibles.

spectrumnews.org Traduction de "Massive project doubles list of genes tied to autism" par Nicholette Zeliadt / 17 octobre 2019

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 La plus grande analyse des séquences génétiques de personnes autistes implique 184 gènes dans l'autisme, soit près du double de l'estimation de l'an dernier.

Les chercheurs ont présenté les résultats non publiés aujourd'hui à la réunion de l'American Society of Human Genetics de 2019 à Houston, au Texas.

Les chercheurs ont analysé des séquences d'exomes - les portions du génome codant pour les protéines - regroupées à partir de multiples ensembles de données. Ils ont construit leur analyse inédite de près de 35 000 séquences. Cette analyse, que l'équipe a présentée lors d'une conférence l'an dernier, a relié 99 gènes à l'autisme.

Le nouveau travail incorpore 27 000 séquences supplémentaires et augmente la proportion de personnes autistes dont l'état peut être lié à une cause génétique à environ 20 %

Les résultats reflètent l'augmentation rapide du nombre de séquences et l'évolution rapide des stratégies d'analyse des données, explique Kyle Satterstrom, biologiste informaticien au laboratoire de Mark Daly au Broad Institute de Cambridge, Massachusetts, qui a présenté les résultats. "C'est un travail en cours."

Grosse prime

Satterstrom et ses collègues ont analysé les séquences de près de 62 000 personnes. L'échantillon comprend 14 473 personnes autistes et 32 000 de leurs parents et frères et sœurs, ainsi que 5 556 autres personnes autistes et 8 800 témoins.

Près de la moitié des séquences ont été publiées en septembre par le projet ÉCLATS, qui vise à recueillir des données auprès de 50 000 familles. (Le programme ÉCLATS est financé par la Simons Foundation, l'organisation mère de Spectrum.)

Les chercheurs ont passé au peigne fin les séquences pour déceler les changements rares - et peut-être spontanés - qui surviennent plus souvent que prévu chez les personnes autistes. Ils se sont d'abord concentrés sur deux types de mutations : les variations à une lettre de l'ADN et les " indels ", ou les petites insertions ou délétions.

Ils ont trouvé 39 gènes avec des mutations spontanées qui, selon eux, sont presque certains d'être impliqués dans l'autisme - 11 de plus que ce qui figurait sur leur liste restreinte de candidats les plus forts en 2018.

L'équipe a ensuite envisagé un troisième type de modification génétique appelé variation du nombre de copies (CNV), qui implique de grandes insertions ou délétions dans l'ADN. Ils ont utilisé un outil statistique appelé TADA pour déterminer lesquels des gènes affectés par l'un des trois types de modifications génétiques sont susceptibles d'être impliqués dans l'autisme.

L'analyse a établi un lien entre 184 gènes et l'autisme avec au moins 90 % de certitude. Les gènes qui régulent l'expression des gènes et la communication entre les neurones - deux voies longtemps considérées comme contribuant à l'autisme - apparaissent fréquemment dans cette liste.

L'un des nouveaux candidats, le DEAF1, n'est affecté que par des variantes " erronées ", c'est-à-dire des modifications de l'ADN en une seule lettre dont les effets sont difficiles à prévoir pour les chercheurs.

M. Satterstrom indique que l'équipe assure le suivi de ce dossier et d'autres nouveaux candidats prometteurs. Ils analysent également les séquences de génomes entiers d'un sous-ensemble des participants.

Pour d'autres rapports de la réunion annuelle 2019 de l'American Society of Human Genetics, veuillez cliquer ici.

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