L'instruction en famille peut être autorisée en cas de handicap.
Certains rectorats ont considéré que l'autorisation ne pouvait être donnée que si la scolarisation en milieu ordinaire était impossible.

Le Conseil d’État établit, dans une décision du 13 décembre 2022, qu'il suffit que ce soit conforme à l’intérêt de l'enfant, compte tenu de son handicap.
Au départ, l'inspectrice d'académie de la Côte d'Or avait refusé la demande d'autorisation d'instruction en famille pour un élève ayant des troubles neurodéveloppementaux. La commission académique du rectorat de Dijon a ensuite rejeté son recours préalable contre la décision de l'inspectrice d'académie. Les parents ont engagé un référé au tribunal administratif : le juge des référés a suspendu la décision de refus - ce qui revient à autoriser provisoirement l'instruction en famille.
Le Ministère a fait appel devant le Conseil d’État de cette décision. Le Conseil d’État a donc maintenu la décision de suspension du refus prise par le juge des référés du tribunal administratif.
Le Conseil d’État a considéré :
- "5. Il résulte de ces dispositions qu'il appartient à l'autorité administrative, régulièrement saisie d'une demande en ce sens, d'autoriser l'instruction d'un enfant dans sa famille lorsqu'il est établi que son état de santé rend impossible sa scolarisation dans un établissement d'enseignement public ou privé ou lorsque l'instruction dans sa famille est, en raison de cet état de santé, la plus conforme à son intérêt."
Le rapporteur public explique :
- "Saisie d’une demande fondée sur le motif médical, l’administration doit examiner si ce motif justifie d’y faire droit, dans l’intérêt de l’enfant, ce qui implique de comparer les avantages et les inconvénients, pour l’enfant, de la scolarisation ou de l’instruction en famille. C’est bien sûr toujours le cas lorsque l’état de santé « fait obstacle » à la scolarisation, mais il ne s’agit pas du seul cas dans lequel l’autorisation doit être accordée.
- Le cas d’espèce l’illustre bien : l’enfant était déjà scolarisé ; il n’y avait donc pas d’impossibilité de scolarisation. Toutefois, le dossier présenté par les époux H... était nourri d’éléments circonstanciés qui mettaient en lumière les difficultés que l’enfant rencontrait dans le cadre de sa scolarité malgré les aides qui avaient pu être mises en œuvre. L’administration ne pouvait donc se borner à affirmer que la mise en place de certaines mesures d’aide était de nature à rendre possible sa scolarisation."