La version familière de la science ce sont des dispositifs bien balisés, réalisés dans la neutralité bienveillante du laboratoire, dispositifs qu’on peut recréer à loisir selon des modalités rigoureuses pour aboutir à une vérité indiscutable ayant statut de preuve. L’effet de vérité est une conséquence du fait que les expériences ainsi réalisées ne laissent que peu de place à la subjectivité humaine. C’est ainsi que la nature peut parler, sans prendre le risque (pourtant toujours présent) d’une science « ventriloque » où le chercheur parle par l’entremise de l’objet qu’il est censé faire.
Pourtant dans une série de disciplines (en général marquées par les pesanteurs et les contraintes de l’histoire, singulièrement quand celle-ci est du genre « non écrite » ) cette méthodologie est remplacée par les incertitudes de la trace et de l’indice.
Que l’on songe aux vastes domaines de la paléontologie, de certaines sciences de la terre, de l’archéologie, ou l’insufisance des matériaux disponibles oblige à « exploiter » des traces disponibles oblige à une gymnastique conceptuelle qui fait grand cas du paradigme indiciel. Toutes ces sciences, en particulier lors de leur origine « tiennent » plus de l’exploration judicieuse de marques dont la rareté fait tout le prix sur le mode du chasseur ou du détective anglais à la Sherlock Holmes que d’expériences soigneusement calibrées. Carlo Ginsburg, le grand historien italien s’est beaucoup intéressé au « paradigme indiciel » et à signalé son origine dans les méandres de la clinique moderne. C’est en effet une méthode de « médecine scientifique » attentive aux symptômes qui a mis cette méthodologie a l’honneur, et elle fut reprise par une série de disciplines et de scientifiques en rapport direct avec le monde de la médecine.
Un des principaux problèmes de la méthode indiciaire est qu’un indice, même en droit, ne constitue pas à lui seul une preuve. Pour qu’il y ait preuve, encore faut il un ensemble concordant d’indices, et une théorie qui permettent de les relier entre eux. Il suffit alors d’un indice supplémentaire qui entre en contradiction avec ceux précédemment collectés pour remettre en question l’édifice péniblement construit.