Le fonctionnement même de la science semble induire « par méthodologie » l'idée d'une « neutralité de la science » qui rendrait ses avis non discutables par la population « non éduquée ». Or la notion de « neutralité de la science » est contradictoire, puisqu'elle est à la fois une précondition a toute science véritable (à partir de l'instant ou la science se donne comme partisane, elle cesse d'exister en tant que science) mais aussi une objuration a cesser toute remise en cause de sa place dans le « processus de production » (pour parler comme un marxiste), place qui n'est elle pas du tout neutre. La science est représentée par des institutions, est partisane, est fortement dépendante de lobbies industriels et d'intérêts économiques ne prenant nullement en compte le bien commun, mais servant un modèle économique qui est aussi le modèle de société dans lequel évoluent nos sociétés.
La science n'est pas un objet, mais une dynamique incarnée par des acteurs sociaux évoluant eux-mêmes dans des institutions régulées de manière politique.
La spécialisation outrancière et la fragmentation des connaissances rend la science quasi-inaccessible pour les néophytes et les efforts de réflexion systémique sur l'activité scientifique semblent être découragés, toute remise en cause ou questionnement des buts de ces activités étant liés aux obligations et aux nécessités d'ordre économique dans un contexte de concurrence internationale.
La science ne pouvant être pensée sans la technique, qui en est le prolongement, ne peut non plus être pensée sans le cadre économique dans lequel elle se développe.
La neutralité axiologique est souvent avancée, mais sans en comprendre le contexte d'élaboration et les valeurs culturelles et politiques qui la sous tend ; En effet, on comprend habituellement la Wertfreiheit comme l'exigence qui impose de refuser les jugements de valeur dans le travail sociologique, compris ainsi : le sociologue doit s'abstenir de juger des valeurs propres à une culture donnée. Mais cette posture n'empêche pas le scientifique d'être lui-même intriqué dans des réseaux relationnels et des relations de pouvoir.
Lorsque la recherche aborde des questions scientifiques socialement vives, à la frontière
entre science et société, la dynamique de la recherche se mêle, inévitablement, aux convictions éthiques et politiques, conscientes ou inconscientes, du chercheur. Elles se mêlent également aux intérets des firmes privées (sous le régime d'une privatisation croissante de la recherche), des institutions, des organes de recherches. Les réponses à ces questions
socio-scientifiques, en général, ne peuvent pas être départagées sur la base de simples résultats scientifiques. Lorsque l'on aborde des thématiques telles que la protection/conservation de la biodiversité, l'impact écologique et social des OGM ou des bio-nano-technologies et le réchauffement climatique, c'est l'ensemble de l'univers des convictions morales et politiques du chercheur qui se trouve sollicité, parce que ces thématiques ne sont pas « exclusivement » scientifiques mais aussi économiques, politiques, éthiques et culturelles.
Vis-à-vis des questions socio-scientifiques différentes postures peuvent êtres envisagés et
mises en oeuvre. L'impartialité neutre, perspective d'origine positiviste, et néopositiviste, fondée sur la nette dichotomie entre « faits scientifiques » et « valeurs », soutient le statut non partisan et neutre du scientifique qui n'exprimera pas ses opinions sur des questions controversées. La partialité exclusive s'exprime lorsque le scientifique tout en exprimant un point de vue spécifique tend à ignorer, minorer, déformer ou caricaturer les points de vue opposés. L'impartialité engagée du scientifique est une posture que, dans les limites du possible, cherchera à poursuivre le but de l'objectivité scientifique tout en impliquant l'opportunité d'exprimer un point de vue personnel, sans contaminer avec ses convictions, éthiques et politiques, la dimension scientifique de la question controversée. Mais au final, l'imbrication des différents enjeux (scientifiques, économiques, politiques, sociétaux) devra être respectée, sans donner au « scientifique » la seule autorité pour trancher des faits qui n'obéissent pas a son seul registre de compétence.