Les rapports entre science et histoire sont problématiques, probablement parce que l’histoire est une discipline fondamentalement marquée par la contingence. Or les sciences exactes n’admettent qu’avec difficulté des phénomènes contingents comme objets de leurs recherches. Un des domaines où cette difficulté apparait le plus nettement, c’est la théorie de l’évolution (darwinienne) et la recherche (inaboutie à ce jour) d’une « loi » qui « fixe » l’évolution. L’impossibilité d’une telle résolution n’est pas uniquement le fait de scientifiques plus ou moins croyants, et n’est de toute façon pas limitée à ce domaine (« Dieu ne joue pas aux dés » est une phrase attestée dans le domaine de la physique la plus fondamentale) C’est au contraire une difficulté prise en compte par l’ensemble des disciplines des sciences « humaines » (dont la dénomination officielle de « sciences sociales et historiques » dit assez l’importance de l’histoire dans la genèse de leur élaboration)
L’histoire des sciences en montre à loisir le coté problématique : les scientifiques n’aiment l’histoire de leur discipline que sous la forme de l’hagiographie. Or les conceptions modernes de l’histoire tentent à développer une histoire plus critique, qui ne sert pas de justification à priori aux données du présent, mais qui présentent « le passé au moment d’un devenir ». De ce point de vue, peut être que la conception si particulière de Walter Benjamin sur « l’ange de l’histoire » est-elle la plus utile pour comprendre les sciences par une approche historique ?
L'histoire des sciences n'est pas la chronique d'une série de découvertes scientifiques. C'est l'histoire de l'évolution d'une pensée, mais aussi d'institutions qui offrent à cette pensée les moyens de se déployer, et de traditions qui viennent l'enrichir. Cette pensée n’a rien de linéaire : les progrès (considérables) sont souvent suivis d’oubli, des sources vives sont oubliées. Contre une vision positiviste du monde promue comme seule façon de « faire des mondes » parfaits (et scientifiques), peut être faut il conjuguer « le présent à l’instant du péril » comme nous le proposait avec tant d’acuité le penseur berlinois.
« Il existe un tableau de Klee qui s'intitule Angelus Novus. Il représente un ange qui semble avoir dessein de s'éloigner de ce à quoi son regard semble rivé. Ses yeux sont écarquillés, sa bouche ouverte, ses ailes déployées. Tel est l'aspect que doit avoir nécessairement l'ange de l'histoire. Il a le visage tourné vers le passé. Où paraît devant nous une suite d'événements, il ne voit qu'une seule et unique catastrophe, qui ne cesse d'amonceler ruines sur ruines et les jette à ses pieds. Il voudrait bien s'attarder, réveiller les morts et rassembler les vaincus. Mais du paradis souffle une tempête qui s'est prise dans ses ailes, si forte que l'ange ne peut plus les refermer. Cette tempête le pousse incessamment vers l'avenir auquel il tourne le dos, cependant que jusqu'au ciel devant lui s'accumulent les ruines. Cette tempête est ce que nous appelons le progrès. »