Pourquoi les cas positifs Covid seront à termes majoritairement vaccinés ?

Une note émise récemment par la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) a eu pour but d’apparier les données de dépistages réalisés du 28 juin au 4 juillet avec les taux de vaccinations en cours, au sein de différentes classes d’âges à cette même date. Il ressortait à ce stade que les personnes non-vaccinés représentaient 80 % de l’ensemble des cas positifs recensés. Aussi, parmi les 20 % restants, les personnes pleinement vaccinées (soit 2 doses) représentaient un tiers à un quart de ce sous-effectif, en fonction de la considération de la déclaration de symptômes ou non. Outre le fait que cette donnée avait été mal interprétée et utilisée en tant qu’argument par Jean Castex lors du JT de TF1 du 21 juillet, puisqu’il avait fait un raccourci assez abusif en déduisant que 96 % des 18 000 cas recensés la veille étaient non vaccinés, elle est également l'occasion de revenir sur un résultat qui semblerait assez paradoxal, bien qu’inévitable au fur et à mesure de la progression de la couverture vaccinale au sein de l’ensemble de la population.

En effet, mécaniquement, la proportion d’individus vaccinés va progressivement s'accroître parmi les cas positifs quotidiens, et même tendre vers un équilibre (soit 50/50) par rapport à la population vaccinée résiduelle dès lors que le taux de vaccination approcherait de 90 à 95 %. 

Si nous reprenons les données issues de ce document de la DREES concernant la part des individus vaccinés parmi les cas positifs en fonction de la progression de la couverture vaccinale quel que soit l’âge, alors nous obtenons la corrélation et courbe suivante :

Traitement N Mazzella, données Sidep-Vacsi et DRESS Traitement N Mazzella, données Sidep-Vacsi et DRESS


En formulant l’hypothèse d’homogénéité de l’efficacité vaccinale (qui demeurerait peu affectée malgré l’émergence du variant delta, d’après ce même document) quel que soit l’âge considéré, nous pourrions dès lors, à partir de ce type de courbe, anticiper les proportions de personnes vaccinées au sein de l’ensemble cas positifs quotidiens. D’après les dernières projections, nous devrions atteindre une moyenne quotidienne voisine de 20000 cas/jour d’ici la première semaine d'août et, par ailleurs, vraisemblablement un taux de vaccination de 50-55 % pour l’ensemble de la population de plus de 12 ans. Dans ces conditions, les personnes complètement vaccinées représenteraient 10 % des cas positifs (soit environ 2000 individus sur les 20000), alors qu’ils ne constituaient que 4 % de ces mêmes cas pour la période étudiée par la DREES début juillet (la couverture vaccinale étant de 32 % à cette même période). 

Si on supposait maintenant d’une couverture vaccinale plus élevée, de l’ordre de 75 %, alors dans cette situation, les cas positifs et vaccinés s’élèveraient à près d’un quart de l’effectif dépisté. Toutefois, dans ce cas de figure, le nombre total de cas Covid ne serait alors plus que de 8000. En poursuivant selon de raisonnement et avec un taux de vaccination très important de 85 % des français (soit tous les individus de plus de 12 ans, conformément à l’objectif fixé par l’exécutif), alors il serait envisageable d’avoir autant de personnes vaccinées et non-vaccinées parmi un total d’environ 5000 individus positifs chaque jour. Ainsi, l’accroissement de la couverture vaccinale aboutirait au résultat contre-intuitif d’une augmentation des personnes vaccinées parmi l’ensemble des cas positifs, mais cela réduirait aussi potentiellement d’un facteur 2 (et 4 tout au plus) le nombre total de cas positifs, quel que soit le nombre de tests pratiqués. Ce type de phénomène correspond d’ailleurs à l’observation faite récemment en Israël avec une proportion de 40 % de personnes vaccinées parmi les cas positifs diagnostiqués sur une période donnée, sachant par ailleurs que la couverture vaccinale complète dépassait les 70 % de la population de plus de 16 ans au même moment.

Il est donc essentiel de retenir à ce stade que la principale différence et apport potentiel de la vaccination de masse résiderait essentiellement dans la diminution de moitié du nombre total de cas diagnostiqués lors d'une reprise épidémique (similaire à celle que nous observons actuellement durant été en France).

Influence de la vaccination sur la dynamique de l’épidémie en France durant l’été 2021

L’étude de la DREES portait sur une semaine seulement, fin juin/début juillet, et nous avons donc poursuivi l’étude des données épidémiologiques issues des dépistages menés durant les 3 semaines qui ont suivi. Dans la figure qui suit, nous pouvons voir que le taux d’incidence global croît progressivement, de manière hebdomadaire. Il vaut respectivement 38, puis 74 et enfin 177 (pour 100 000 individus testés) du 3 au 9, puis du 10 au 16 et enfin du 17 au 23 juillet 2021. Aussi, celui-ci n’évolue pas de manière homogène en fonction des classes d’âges et des taux de vaccination croissants. On constate en effet pour une même semaine (par ex. du 10 au 16 juillet) un maximum pour les 18-29 ans (taux d’incidence hebdomadaire de 228 pour 100 000 pour cette période), présentant par ailleurs un taux de vaccination voisin de 40 %, puis une rapide diminution dans les groupes augmentant ensuite en âges. Cette « cassure » systématique dans les séries, quelle que soit la semaine considérée, s’explique probablement par l’immunité progressivement croissante, mais aussi certainement par des contacts et une mobilité accrus, en particulier au sein des groupes d’âges les plus jeunes, en période estivale.

 

Lecture : taux d’incidence (moyennes hebdomadaires) par classes d’âges (étiquettes du haut) et en fonction du taux de vaccination. Les traits pleins horizontaux correspondent aux taux d’incidence constatés pour l’ensemble des classes d’âges sur une période donnée (par ex. le trait rose représente un taux moyen de 177 pour 100 000 pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021). Les courbes en pointillés gris indiquent la tendance de chaque série (données : covidtracker.fr). Lecture : taux d’incidence (moyennes hebdomadaires) par classes d’âges (étiquettes du haut) et en fonction du taux de vaccination. Les traits pleins horizontaux correspondent aux taux d’incidence constatés pour l’ensemble des classes d’âges sur une période donnée (par ex. le trait rose représente un taux moyen de 177 pour 100 000 pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021). Les courbes en pointillés gris indiquent la tendance de chaque série (données : covidtracker.fr).



De la même manière, nous avons reporté les taux de reproduction effectifs (R(effectif)) en fonction des taux de vaccination. Comme précédemment, on retrouve la « cassure » à partir de la classe d’âge des 18-29 ans, ainsi que pour un taux de vaccination > 40 %, notamment durant la première semaine de juillet. Cette rupture semble progressivement disparaître durant les deux semaines suivantes, alors que le taux d’incidence augmente dans le même temps, comme vu auparavant. En effet, les valeurs du R(effectif), quel que soit l’âge, tendent vers la valeur moyenne de 2,4 pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021. Ainsi, en période de remontée épidémique, il apparaîtrait que la vaccination n’agisse pas significativement sur la dynamique, soit le taux de reproduction, même s’il y a par ailleurs de fortes disparités dans les taux d’incidence initiaux. En d’autre termes, les taux d’incidence début juillet étaient très différents entre les 18-29 ans et 70-79 ans, avec par exemple 108 et 10/100 000, toutefois l’accroissement relatif, représenté par les R(effectif), demeurerait équivalent quel que soit l’âge. On pourrait interpréter cela comme étant dû à une vulnérabilité face au Covid qui serait toujours intrinsèquement plus élevée chez les plus âgés. Cette vulnérabilité, et donc le risque global, étant toutefois compensés par une exposition moindre du fait la couverture vaccinale désormais élevée (>75 %), et sans doute aussi des contacts « sociaux » plus limités durant l’été pour cette classe d’âges.

Lecture : taux de reproduction R(effectif) hebdomadaires par classes d’âges (ordre identique des étiquettes par rapport à celui de la figure précédente) et en fonction du taux de vaccination. Les traits pleins horizontaux correspondent aux R(effectif) constatés pour l’ensemble des classes d’âges sur une période donnée (par ex. le trait rose représente un R=2,4 pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021). La courbe en pointillés gris indique la tendance de la série du 3 au 9 juillet 2021 (données : Lecture : taux de reproduction R(effectif) hebdomadaires par classes d’âges (ordre identique des étiquettes par rapport à celui de la figure précédente) et en fonction du taux de vaccination. Les traits pleins horizontaux correspondent aux R(effectif) constatés pour l’ensemble des classes d’âges sur une période donnée (par ex. le trait rose représente un R=2,4 pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021). La courbe en pointillés gris indique la tendance de la série du 3 au 9 juillet 2021 (données :

Lorsqu’on s’intéresse aux taux de positivité (nombre de cas positifs au Covid sur l’ensemble des individus testés sur une durée donnée, qu’ils soient symptomatiques ou non), nous remarquons une baisse de cet indicateur avec l’augmentation de la couverture vaccinale. Ainsi, dans des groupes de moins de 30 ans, par ailleurs peu vaccinés à cet instant (taux de vaccination moyen de l’ordre de 20 %), le taux de positivité est systématiquement 2 fois plus élevé que chez les personnes de plus de 60 ans et vaccinées à plus de 75 %, durant chacune des trois premières semaines de juillet.

Lecture : taux de positivité (moyennes hebdomadaires) par classes d’âges (ordre identique des étiquettes des figures précédentes) et en fonction du taux de vaccination. Les traits pleins horizontaux correspondent aux taux de positivité constatés pour l’ensemble des classes d’âges sur une période donnée (par ex. le trait rose représente un taux de positivité de 4 % pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021). Les droites en pointillés gris indiquent la tendance de chaque série (données : covidtrack Lecture : taux de positivité (moyennes hebdomadaires) par classes d’âges (ordre identique des étiquettes des figures précédentes) et en fonction du taux de vaccination. Les traits pleins horizontaux correspondent aux taux de positivité constatés pour l’ensemble des classes d’âges sur une période donnée (par ex. le trait rose représente un taux de positivité de 4 % pour la semaine du 17 au 23 juillet 2021). Les droites en pointillés gris indiquent la tendance de chaque série (données : covidtrack

En comparant maintenant la 3ème semaine de juillet avec des périodes antérieures (2ème semaine de janvier ou 3ème semaine d’avril 2021) durant lesquelles les taux de vaccination étaient plus faibles (voire inexistant en janvier), y compris au sein des plus de 60 ans, il ressort une diminution progressive du taux de positivité lorsque la couverture vaccinale croît. Il est d’ailleurs à noter que l’on part d’un taux de positivité assez homogène, d’environ 6 %, en janvier pour atteindre une plus forte disparité au printemps. Les plus jeunes, quasiment pas vaccinés, ayant présenté des taux de positivité de l’ordre de 9-12 % en avril, contre 5-6 % pour les plus de 60 ans, par ailleurs vaccinés à 23 % en moyenne à ce moment-là. Pour ce qui est de ce mois de juillet, on aboutit à un abaissement considérable du taux de positivité, celui-ci atteignant environ 2 % désormais chez les plus âgés.

Lecture : taux de positivité (moyennes hebdomadaires) par classes d’âges (sont mentionnées uniquement les groupes des 18-29 ans et 70-79 ans pour repère, l’ordre croissant les classes d’âges étant inchangé) et en fonction du taux de vaccination pour 3 périodes différentes (janvier, avril et juillet) de 2021. Les courbes en pointillés gris indiquent la tendance de chaque série (données : covidtracker.fr). Lecture : taux de positivité (moyennes hebdomadaires) par classes d’âges (sont mentionnées uniquement les groupes des 18-29 ans et 70-79 ans pour repère, l’ordre croissant les classes d’âges étant inchangé) et en fonction du taux de vaccination pour 3 périodes différentes (janvier, avril et juillet) de 2021. Les courbes en pointillés gris indiquent la tendance de chaque série (données : covidtracker.fr).

Au vu de l’ensemble de ces résultats et l’étude récente publiée par la DREES, nous pourrions conclure à un effet déjà très significatif de la vaccination, tant en termes d’abaissement du taux d’incidence que du taux de positivité, parmi les populations âgées, actuellement vaccinées à plus de 75 %. Se pose toutefois deux interrogations majeures à la suite des ces constatations et qui seraient à considérer dans la campagne vaccinale actuellement souhaitée par les autorités :


  • La dynamique (évolution du R(effectif) et donc du taux d’incidence en période de pic épidémique) semblerait en bonne partie décorrélée de du taux de vaccination en fonction de l’âge. Les habitudes de vie et contacts sociaux étant probablement davantage explicatifs de l’augmentation de ce type d’indicateurs épidémiologiques, en dehors de la contagiosité de la souche virale (exemples de la survenue des variants alpha, puis delta, davantage transmissibles).
  • Il est probable que le taux de positivité atteigne une valeur « plancher » proche de 1 ou 2 % malgré une vaccination massive. Auquel cas, si on continuait à tester par exemple 100 000 personnes par jour, on pourrait alors toujours détecter quelques milliers de cas positifs quotidiens, bien que peu ou pas symptomatiques. Ceci est d’autant plus à envisager du fait d’un virus à ARN qui possède une forte capacité de mutations, et donc une transmissibilité qui se maintiendrait au mieux constante, même avec de nouvelles campagnes de vaccination annuelles. Dans ce cas de figure, l’eradication définitive du virus ne pourrait jamais avoir lieu, quel que soit le niveau de couverture vaccinale visé.

Par ailleurs, nous avions vu précédemment que la vaccination, rien qu’aux taux actuellement constatés en France (mais aussi ailleurs en Europe de l’Ouest) d’au moins 40 % de la population totale, puis voisins de 80 % chez les plus de 65 ans, semble désormais n’entraîner qu’une très faible hausse des hospitalisations (et passages en réanimation) malgré une forte augmentation des taux d’incidences de nouveaux cas Covid. Ainsi, on pourrait questionner de plus en plus fortement l'intérêt et finalité d’une vaccination de masse précipitée de l’ensemble des adultes et adolescents plutôt que de cibler spécifiquement les individus les plus à risques, puis de se contenter du taux de couverture vaccinale déjà atteint dans le reste de la population…








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