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Billet de blog 5 sept. 2020

COVID : le rapport Castex fragilisé par les données estivales

Depuis la mi-juillet, l’incompréhension populaire grandit devant les messages alarmistes émis par les autorités, alors que la mortalité demeure très faible. L’article analyse les dernières données sur l’épidémie, qui conduisent à réinterroger le modèle de l’Institut Pasteur, et donc toute la stratégie post-confinement du pays.

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1. Le faible niveau de mortalité concomitant au fort niveau de cas positifs démontre que le taux de mortalité est faible

Nous nous intéressons à quelques indicateurs sur la période allant du 15 juillet au 15 août pour les cas détectés, et du 1er août au 31 août pour la mortalité (en prenant ainsi un délai moyen de 15 jours entre la détection et la mort) :

  • Entre le 1er et le 31 août, il y a eu 341 morts porteurs de la COVID[1], pour une population française de 67 063 703 habitants au 1er janvier[2], et environ 50 000 morts sur la période.
  • Entre le 15 juillet et le 15 août, il y a eu 54 991 cas positifs nouveaux détectés[3] en France (soit une estimation de la mortalité des cas détectés de 0,62%).
  • Entre le 14 juillet et le 16 août, il y a eu 2 460 888 tests effectués en France[4] (soit un taux de positivité des tests de 2,2%).
  • Entre le 14 juillet et le 31 août, le taux d’asymptomatiques parmi les tests positifs s’établit à environ 50% dans les bulletins hebdomadaires[5].

 En observant la situation dans d’autres pays, on se rend compte que les taux d’incidence peuvent être bien supérieurs à la France (par exemples à Singapour, Bahreïn, en Islande ou au Luxembourg), avec des taux de positivité des tests également supérieurs, mais une mortalité des cas détectés inférieure.

Comparaison de la détection des cas et de la mortalité © Ourworldindata

 Le suivi du nombre de cas et de la positivité des tests ne semblent pas pertinents pour piloter la gravité de circulation du virus :

  • D’une part le taux de cas positifs est faiblement prédictif de la mortalité réelle.
  • D’autre part, plus on teste, plus on identifie des personnes ayant été en contact avec le virus même si elles ne développent aucun symptôme.

 Pour comprendre le taux réel de mortalité de la maladie, il faudrait avoir une vision exhaustive de la population. Les Emirats Arabes Unis, Bahreïn et le Luxembourg sont parmi les pays qui ont le plus testé au monde (l’équivalent d’environ 60% à 75% de leurs populations), suivis du Danemark, Malte, Israël, l’Islande, la Russie, les Etats-Unis ou l’Australie (25% à 50% de leurs populations). En analysant les données de ces pays, on constate que certains ont une mortalité des cas détectés inférieure à 0,5% (voire de 0,3%) à la date du 4 septembre 2020.

Zoom sur certains pays au 4 septembre 2020 © Ourworldindata

Le taux de mortalité en France peut être considéré plus proche de 0,3% que de 0,62%. La moitié des cas réels auraient ainsi échappé à une détection cet été ; cette estimation semblerait crédible au regard du fort niveau d’asymptomatiques.

2. La vulnérabilité de la population est surestimée

La représentation véhiculée par les médias est celle d’une population française encore extrêmement vulnérable au virus.

D’une part, il n’est quasiment jamais fait état de l’immunité spontanée des individus (en dehors d’un article du 13 août dans Le Figaro[6]), qui s’élève cependant dans différentes études jusqu’à 50% de la population[7]. Ainsi, une part importante de la population ne risquerait jamais de tomber malade même lorsqu’elle est exposée à la COVID.

Ce point avait été abordé dès le début de l’épidémie par Beda M Stadler (ancien directeur de l’Institut d’immunologie de l’Université de Berne)[8] lorsqu’il indiquait « Un article avec 30 auteurs, dont le virologiste Christian Drosten a montré que chez 34 % des Berlinois qui n’avaient jamais été en contact avec le virus Sars-CoV-2, les cellules T étaient néanmoins immunisées contre celui-ci. Cela signifie que nos cellules T, c’est-à-dire les globules blancs, détectent les structures communes apparaissant sur le Sars-CoV-2 et les virus du rhume ordinaire et les combattent donc toutes les deux. »

D’autre part, le nombre de personnes ayant déjà été contaminées semble largement sous-estimé, dans le modèle de l’Institut Pasteur. Il faut préciser que ce modèle est central dans la définition de la politique sanitaire du pays, puisque publiée début avril, il a inspiré la mission interministérielle sur le déconfinement pilotée par Jean Castex[9].

Le modèle de Pasteur[10] concluait que seulement 5,7% de la population aurait été contaminé début mai (pour une fourchette de 3,3% à 9,3%). Ce taux monte dans leur simulation sur l’Ile-de-France à 12,3% (pour une fourchette entre 7,9% et 21,3%).

Ce modèle est aujourd’hui invalidé par les données constatées cet été en France. Le modèle estimait la mortalité liée à la COVID à partir du nombre de morts constatés sur le Diamond Princess (ce bateau consigné à quai entre le 3 février et le 20 février au Japon), soit 14 morts pour 719 infections. Donc un taux de mortalité de… 1,96% !

La modélisation prend certes en compte les effets d’âge ou de vulnérabilité des populations, mais dans des niveaux qui ne corrigent pas l’erreur initiale. Le fondement de leur modélisation surestime la mortalité liée à la maladie d’au moins 5 fois, et donc sous-estime le niveau de contaminations de la population dans des proportions similaires.

Ainsi, au moins 50% de la population aurait déjà été contaminée avec le virus en Ile-de-France à début mai, et au moins 30% au niveau national (soit 20 millions de personnes).

 3. Seconde vague ou queue de première vague ?

 Du point de vue de la mortalité, il semble clair que l’épidémie s’est quasiment arrêtée puisque le nombre de personnes mortes en étant porteurs du virus oscille entre 10 et 30 cas quotidiens. Cet étiage semble incompressible (personnes en fin de vie ou atteintes de multiples comorbidités). La France est d’ailleurs en sous-mortalité toutes causes confondues cet été. Les passages aux urgences pour pathologies respiratoires sont également au plus bas.

Mortalité en France © Ourworldindata

 Afin d’éviter une submersion du système de santé en cas de reprise épidémique, l’Etat avait mis en place un dispositif de pilotage au centre duquel on trouve les tests et l’évolution du nombre de cas détectés. Cette politique permet en effet de rapidement détecter, isoler puis tracer les contacts afin d’éviter une perte de contrôle de l’épidémie. Du point de vue des cas détectés, l’épidémie semble clairement repartie.

Courbe cumulée des cas en France © Ourworldindata
Détection quotidienne des cas en France © Ourworldindata

 Ces courbes des cas détectés sont cependant trompeuses, car… on n’y représente moins de 2% des cas réels de COVID en France (soit 300 000 cas sur les 20 millions probables).

 A noter par ailleurs que la politique de tests influe fortement sur le taux de cas détectés :

  • D’une part, vue la circulation élevée du virus, il existe une corrélation quasiment proportionnelle entre le nombre de tests et le nombre de cas positifs.
  • D’autre part, en ciblant les personnes en contact avec un cas identifié (pour identifier les clusters), cela conduit mécaniquement à augmenter le taux d’incidence des tests positifs sans corrélation avec le niveau de circulation du virus (faussant ainsi l’indicateur R0).

 Peut-on dès lors déduire de ces courbes une quelconque reprise épidémique ? Surement pas. La courbe des cas détectée devrait être mise au regard de ce qui constitue plus probablement la courbe réelle des cas au sein de la population. Ce que l’on détecte aujourd’hui peut tout à fait être compatible avec une queue de première vague. 

Simulation de queue de première vague © Shmuel Carasso

 4. 

Revoir le modèle de Pasteur est indispensable pour améliorer la compréhension de la dynamique épidémique

 L’Institut Pasteur est au centre du dispositif coordonnant notre politique sanitaire :

  • Annonce dès le 31 janvier 2020[11] de la production d’un vaccin, suivie par la signature le 26 mai 2020[12] d’un partenariat avec la CEPI, Thémis et MSD pour le développer.
  • Non labellisation de certains tests PCR[13] conduisant à la pénurie jusqu’en mai en France (hors IHU Marseille).
  • Forte présence directe (ou indirecte au travers de projets récurrents) au sein du conseil scientifique et dans les médias.
  • Sensibilité très stricte des tests sérologiques (qui semblent sous-estimer les contaminations réelles).
  • Médiatisation du modèle épidémiologique évoqué précédemment (dont les hypothèses ne peuvent plus être considérées comme crédibles).

Une réévaluation de ce modèle pourrait conduire à une amélioration de la compréhension de l’épidémie en France, ainsi qu’à un ajustement de la doctrine Castex post-confinement.

Le rapport Castex[14] du 6 mai 2020 débutait en effet ainsi « En France, les éléments de modélisation montrent que la séroprévalence de l’infection par le virus SARS-CoV-2 est actuellement faible dans l’ensemble de la population, y compris, selon les premières analyses, dans les territoires où le virus a fortement circulé15. A la date du 11 mai, il est ainsi projeté que 3,5 % à 10,3 % de la population aurait été infectée depuis le début de l’épidémie. Cette projection signifie que le seuil habituellement admis pour une immunité de groupe (entre 60 % et 70 %17) ne semble pas atteignable à court terme. En l’absence, à brève échéance, de vaccin ou de solution curative, la population française demeure donc vulnérable à une reprise de l’épidémie ».

Il faut maintenant corriger cette erreur, ainsi que les conséquences qui en découlent : le rapport Castex de mai 2020 sert en effet de matrice aux orientations sanitaires du gouvernement en septembre 2020.

[1]https://ourworldindata.org/coronavirus-data-explorer?zoomToSelection=true&year=latest&time=2020-03-01..latest&country=~FRA&region=World&deathsMetric=true&interval=total&smoothing=0&pickerMetric=total_deaths&pickerSort=desc

[2] https://www.insee.fr/fr/statistiques/1892086?sommaire=1912926

[3]https://ourworldindata.org/coronavirus-data-explorer?zoomToSelection=true&year=latest&time=2020-03-01..latest&country=~FRA&region=World&casesMetric=true&interval=total&smoothing=0&pickerMetric=total_deaths&pickerSort=desc

[4] https://geodes.santepubliquefrance.fr/index.php#c=indicator&i=sp_capa_quot.t&s=2020-08-31&t=a01&view=map2

[5]  https://www.santepubliquefrance.fr/recherche/#search=&publications=donn%C3%A9es&regions=National&sort=date

[6] https://www.lefigaro.fr/sciences/covid-19-le-systeme-immunitaire-a-la-memoire-longue-20200811

[7] https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02914300/document

[8] https://www.mondialisation.ca/coronavirus-pourquoi-tout-le-monde-sest-trompe-il-ne-sagit-pas-dun-nouveau-virus-le-conte-de-fee-de-labsence-dimmunite/5647271

[9] https://www.vie-publique.fr/sites/default/files/rapport/pdf/274289.pdf

[10] https://science.sciencemag.org/content/369/6500/208

[11] https://www.lefigaro.fr/sciences/coronavirus-l-institut-pasteur-promet-un-vaccin-dans-20-mois-20200131

[12] https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/candidat-vaccin-mv-sars-cov-2-nouveau-partenariat-entre-institut-pasteur-cepi-themis-msd

[13] https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/tests-diagnostic-infections-sars-cov-2

[14] https://www.vie-publique.fr/sites/default/files/rapport/pdf/274289.pdf

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