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Billet de blog 4 avr. 2022

Covid19 : Que signifie vivre avec ?

Si Omicron était une simple grippette, est-ce que le gouvernement chinois fermerait Shanghai, son centre économique ? La croyance actuelle veut qu'avoir été infecté est une bonne chose de faite. C'est absurde et dangereux. La problématique actuelle n'est pas de savoir si la covid tue ou non. C'est de savoir avec quelles séquelles la société accepte qu'une bonne partie de la population (sur)vive.

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Depuis le 1er décembre 2021, la France est passée de 119000 à plus de 143000 morts. C’est-à-dire que plus de 15% des décès ont eu lieu lors des 4 derniers mois des 2 années de la pandémie alors que l’on possède des vaccins et que nombre de concitoyens ont déjà été plusieurs fois contaminés. Est-ce que cela semble terminé ?

© OurWorldInData

En novembre 2020, déjà, j’expliquais qu’une stratégie reposant uniquement sur la vaccination impliquait l’utilisation de vaccins prévenant l’infection/transmission en plus de la maladie.

Aujourd’hui, on est bien loin. Que l’immunité soit acquise par infection (stratégie infection de masse) ou par la vaccination ou les deux, on n’a jamais été capable de contrôler la circulation du virus et la levée de toutes mesures n'est pas ce qui risque d'améliorer les choses.

1- Un coup d’œil sur la biologie des coronavirus humains.

> En octobre 2020, j’avais parlé d’un article dans Nature Medicine https://www.nature.com/articles/s41591-020-1083-1qui montrait que l’immunité acquise par infection ne durait pas longtemps. Je vous invite à le relire.

> Une nouvelle étude s'est intéressé à la rapidité de l’évolution du coronavirus humain 229E (un des 4 saisonniers) lui permettant d’échapper à l’immunité acquise.

Des séra de personnes infectées par 229E dans les années 1980 ou 1990 ont été testés contre les souches (variants) de 229E ayant circulés ultérieurement.

Capacité de neutralisation des séra de personnes infectée une année donnée en fonction de l'année de circulation du variant © Eguia et al, Plos Pathogens 2021

Les anticorps neutralisant présents dans ces séra ne sont efficaces que pour la souche circulant à l’époque de l’infection et pas ultérieurement !

© Eguia et al., Plos Pathogens 2021

La perte de l’efficacité de neutralisation est due aux mutations sur le Spike du virus et plus particulièrement dans le RBD (région de Spike permettant sa fixation sur nos cellules)

Donc il ne faut pas s’étonner :

. des multiples réinfections successives delta, omicron Ba1, omicron Ba2... et futures

. de la perte d’efficacité des vaccins face aux nouveaux variants

Les vaccins administrés ont été élaborés sur la séquence du Spike de la souche de Wuhan. Depuis, de nombreuses mutations ont eu lieu et le Spike (et surtout son RBD) sont différents et donc une partie des anticorps générés lors de la vaccination ne reconnait pas le RBD des souches circulant actuellement.

2- Rat, souris, réservoir animaux

Jusqu’à omicron, le sars-cov2 n’était pas capable d’infecter les rats ni les souris. Omicron possède des mutations qui lui permettent dorénavant d’infecter ces espèces. Comme il y a autant d’humains que de rats et de souris dans les villes, c'est un problème. Ce sont des espèces désormais dites réservoirs pour sars-cov2 et donc source de nouveaux variants.

Ainsi, de nombreuses séquences de sars-cov2 non-répertoriés dans la base de données de référence (gisaid) ont été découvertes dans les eaux des égouts de New-York. Ces séquences contiennent de nombreuses mutations dont certaines sont connues pour être problématiques et/ou observées dans Omicron. Ces variants sont capables d’infecter des cellules humaines mais aussi de rat et souris et résiste à l’action de plusieurs anticorps bloquants. Ainsi rat et souris sont probablement la source de ces variants qui peuvent un jour passer à l’homme.

3- Les enfants

> Efficacité du vaccin (liens pour l'étude 1, étude 2)

  • chez les 5-11 ans, durant la 1ère vague omicron, l’efficacité de 68% contre l’hospitalisation (temps médian après vaccination 34 jours.)
  • chez les 12-18 ans, durant la vague delta, l’efficacité de 92-93% contre l’hospitalisation, jusqu’à 44 semaines après vaccination.
  • chez les 12-18 ans, durant la 1e vague omicron, l’efficacité de 40% contre l’hospitalisation (temps médian après vaccination 162 jours (soit environ 23 semaines) donc la perte d’efficacité n’est pas attribuable à une baisse d’immunité au cours du temps).
  •  durant omicron à New-York, l’efficacité contre l’infection est estimée à 12% chez les 5-11 ans. Chez les 12-17 ans, l’efficacité contre l’infection est estimée à 51%.

Pourquoi une telle différence ? Peut-être le moindre dosage de la vaccination chez les 5-11 ans.

Le vaccin protège contre les formes graves. Cependant, elle n'a aucun effet contre l'infection. Il n'est donc pas étonnant que cela flamble de partout dans les écoles.

> Données en France sur les moins de 19 ans

Infection, Réanimation et Décès chez les moins de 19 ans © Données CovidTracker.fr

Vous connaissez beaucoup de grippette qui tue et envoie autant d'enfants à l'hôpital ? 70% des infections, 50% des passage en réanimation et 60% des décès dans les 3 derniers mois.

Et ces graphiques ne montrent pas les covid long ou autres séquelles. On estime à 5-20% les covid long.

Il faut garder les écoles ouvertes mais à quand une aération des classes ? filtration de l'air ? port du masque (de vrais masques) ? tests hebdomadaires pour tous ? Concrètement, le protocole des écoles a seulement était : on garde les écoles ouvertes. C'est pas un protocole sanitaire. C'est un protocole de garderie en mode covid party.

4- Séquelles et conséquences hors décès dans les 30 jours.

Liste non exhaustive :

> Hospitalisation/décès

Dans les 12 mois suivant une hospitalisation pour covid, le risque d’être ré-hospitalisé ou de décéder est augmenté 2x.

> Cerveau

  • ça fait bientôt 2 ans qu’il a été démontré que le sars-cov2 infecte les neurones situés dans les muqueuses olfactives, lui permettant d’accéder au cerveau.
  • sars-cov2 est détecté dans de nombreux organes dans le corps, y compris dans le cerveau même 7 mois après infection.
  • chez la souris, la protéine Spike traverse la barrière hémoto-encéphalique (passer du sang au cerveau) et induit des déficits cognitifs et un état anxieux.
  • la covid entraîne une inflammation dans la matière blanche conduisant à une perte d’oligodendrocytes (cellules en charge de fabriquer la myéline entourant les axones impliquée dans la transmission nerveuse), démyélinisation des axones et diminution de la matière blanche même chez covid légers.
  • une infection au sars-cov2 provoque une inflammation sévère dans le cerveau, micro-hémorragies, hypoxie cérébrale (manque d’apport en oxygène au cerveau), apoptose (mort cellulaire) neuronale chez des primates. Le plus intéressant est que ces évènements se produisent chez des sujets ayant eu un covid léger.
  • les personnes ayant survécu à la covid (hospitalisées ou pas) ont 1,8x plus de chance d’avoir des troubles cognitifs un an après une infection par sars-cov2 que les personnes non infectées. 1,4x plus de troubles de sommeil, 1,6x plus d’utilisation de médicaments pour le sommeil, 1,4x plus de troubles dépressifs.

Les déficiences cérébrales dans la population risquent d’être un problème majeur de santé publique.

> Cardio-vasculaire

  • dans les 12 mois après une covid, augmentation de 1,4x du risque de développer un diabètes de type 2

  • un an après Covid (même léger), le risque d’une vingtaine de problèmes cardiovasculaires est augmenté. Notamment, 1,7x pour l’insuffisance cardiaque. 1,5x pour les accidents vasculaires, 2x pour les péricardites, 5x pour les myocardites, 2,5x pour les arrêts cardiaques
    © Xie et al, 2022 Nature Medicine

 > Système immunitaire

sars-cov2 peut infecter les lymphocytes T et provoquer leur apoptose (mort), expliquant la lymphopénie observée chez les patients gravement atteints.

5- Covid long

Il y a des données qui arrivent un peu dans tous les sens. Globalement, la vaccination protège 2x d'un covid long. Une compilation à ce propos.

6- 2e rappel

Israel a lancé sa campagne de rappel depuis déjà un bon moment. Les premières données indiquent que chez les plus de 60 ans, dans les 40 jours suivants le 2e booster, la mortalité des patients est plus faible de 78% comparés à ceux ayant reçu uniquement 1 booster.

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