Covid19 : nouveau variant détecté au Royaume-Uni

Un nouveau mutant du SARS-Cov2 sème la panique et tout à coup, on ferme les frontières avec le Royaume-Uni. Quelles sont les données scientifiques ? MISE A JOUR : fimpact sur les tests PCR

Les virus mutent en permanence et la plupart du temps, ces changements n'ont pas de conséquences biologiques.

Concernant le SARS-Cov2, plusieurs milliers de mutations ont été détectées dont 4000 sur la séquence codant pour la protéine Spike.

Qu'est-ce qu'une mutation ? Le SARS-Cov2 est un virus à ARN d'une longueur d'environ 30.000 bases. Il y a 4 bases nucléiques (ou nucléotides) dans l'ARN (A. U. G et C). Le virus comporte également des protéines (comme Spike), codées par l'ARN viral.

Un virus ne peut pas se multiplier de lui-même, il a besoin d'un hôte (cellule infectée). Le virus utilise la cellule qu'il a infecté pour se reproduire (produire d'autres virus). La cellule va donc produire l'ARN viral et les protéines virales (et l'enveloppe lipidique...). L'ARN viral est traduit en protéine dans les cellules infectées. L'agencement en triplet des nucléotides de l'ARN s'appelle un codon. Un codon (donc 3 nucléotides) code pour un acide aminé. Le code génétique est redondant (plusieurs codons codent pour le même acide aminé). Seule une partie de l'ARN est codante (informative pour la traduction en protéine).

La cellule infectée "recopie" l'ARN viral. Une mutation (génétique) est une erreur de copie. Les mutations peuvent avoir lieu  :

  • dans des régions non codantes et donc sans conséquence sur la protéine.
  • dans des régions codantes mais sans conséquence sur la protéine car le code génétique est redondant. Par exemple la mutation a transformé un codon UUU (code pour acide aminé phénylalanine) en UUC (code aussi phénylalanine). Ca s'appelle une mutation silencieuse.
  • dans des régions codantes avec modification de la séquence protéique. Par exemple la mutation a transformé un codon UUU (phénylalanine) en UUA (leucine). Si cette mutation a lieu dans des régions importantes pour l'activité de la protéine, évidemment cela aura des conséquences sur la biologie du virus. C'est une mutation non-silencieuse.

 

Qu'en est-il de ce variant britannique ?

A date du 13 décembre 2020, le nouveau variant a été détecté dans 60 villes au Royaume-Uni. Il a été détecté pour la première fois fin-septembre 2020 (et c'est seulement hier que les dirigeants se réveillent...).

Il comporte 17 mutations non-silencieuses dont 8 sur Spike dont 3 dans des zones biologiquement problématiques :

  • mutation A23063T (sur l'ARN) qui devient la mutation N501Y (l'acide aminé Asparagine en position 501 est devenue une Tyrosine)
  • délétion de 6 nucléotides (position 21765-21770) conduisant à l'absence des acides aminés en position 69 et 70 : 69-70del
  • mutation C23604A (sur l'ARN) soit P681H (l'acide aminé Proline en position 681 est devenue une Histidine)
  1. mutation N501Y : pile-poil l'un des 6 acides aminés dans la région de liaison à ACE2 (son récepteur sur les cellules humaines), critique pour sa fixation sur ACE2. Cette mutation a été publiée comme étant responsable d'une augmentation de la capacité de fixation de Spike sur ACE2 humain (référence 1, 2) et chez la souris (3).
  2.  69-70del : réduit la capacité du plasma (contenant des anticorps anti-Spike) à détecter le virus (4)
  3. mutation P681H : située dans le site de clivage de Spike, important pour l'infection des cellules épithéliales des voies respiratoires humaines (5, 6), et la transmission du virus dans des modèles animaux comme le hamster (7).

 

Conséquences pour l'homme ?

Comme dit dans le paragraphe précédent, ce variant semble plus transmissible mais nous ne savons pas pour l'heure si les formes de Covid19 développées sont plus graves.

 

Les vaccins ?

Les vaccins de Pfizer, Moderna et Astrazeneca utilisent de l'ARN ou de l'ADN codant pour Spike, mais la version du Spike de janvier 2020.

Un des objectifs des vaccins est de faire produire au corps des anticorps bloquant, c'est-à-dire qu'ils empêchent le fonctionnement de la cible (Spike) et donc cibler les régions biologiquement importante de Spike pour infecter les cellules.

Ce variant se répandant plus vite que la version précédente va probablement devenir la plus répandue dans le monde d'ici quelques mois. Cela avait été le cas pour le variant D614G, devenu la forme majoritaire en quelques semaines en mars 2020, et démontrée pour être plus infectieux.

Là il s'agit de 8 mutations dans Spike dont dans des zones biologiquement importantes. Ainsi, les anticorps développés par les vaccins actuels peuvent ne pas être spécifiques du nouveau Spike. Et donc ne pas servir à grand chose (et encore, faudrait déjà qu'ils soient efficaces sur la sévérité et sur les populations d'intérêt, ce qui n'est pas statistiquement le cas pour le vaccin Pfizer).

Pour cela il faudra faire des tests de neutralisation pour regarder si les anticorps de personnes vaccinées empêchent aussi bien l'ancienne souche et le nouveau variant d'infecter les cellules, des tests de fixation au Spike muté...

Parce que là, il y a quand même un paquet de doses de vaccins Moderna et Pfizer en cours de livraison...

 

Et les tests antigéniques ?

Les tests antigéniques sont basés sur la reconnaissance de Spike dans l'échantillon prélevé grâce à des anticorps détectant Spike.

Si l'échantillon comporte un Spike muté, les anticorps auront moins d'affinité contre ce Spike conduisant à encore plus de faux négatifs.

 

Bonus

  • A quoi ça sert de fermer les frontières pour 48h ? C'est un nuage qui va s'en aller ? Le message est : il ne faut pas que ce variant se répande. Dommage que les mêmes n'aient rien fait en janvier 2020 concernant la propagation initiale du SARS-Cov2 ou cet été pour éviter une reprise de la circulation.
  • Est-ce qu'il y a des gens qui croient sérieusement qu'en 3 mois, ce variant ne s'est pas déjà retrouvé dans les autres pays européens et en Amérique du Nord ?
  • Au moins un cas identifié en Italie, Pays-Bas, Danemark, Australie.
  • 10.000 britanniques ont atterri ce week-end pour aller skier en Suisse. Ca pose un problème ? Combien de français sont déjà en train d'y skier, combien vont se faire contrôler ? Combien vont respecter une quarantaine ?
  • Pour rappel, on a abattu des dizaines de millions de visons pour moins que ça il y a quelques semaines. La délétion 69-70 y était présente.

 


MISE A JOUR

Qu'en est-il des tests PCR ?

Le gouvernement a mis à disposition une petite brochure qui indique que selon le test PCR utilisé (tableau 1a), les tests PCR peuvent être négatifs (faux négatif) à tord, à cause de la délétion 69-70.


 

NOTE : j'ai évidemment simplifié fortement la biologie d'un virus pour faire court

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