Covid-19 : Exercice de décryptage d'apparentes contradictions.

Pour illustrer les difficultés qu'il y a à suivre ce que disent les médias au sujet de l'épidémie et de son évolution, on examine ici l'exemple de deux émissions de LCI, qui à 6 jours d'écart, montrent des courbes nettement différentes.

Le 18 novembre, dans l'émission "24h Pujadas" sur LCI, la journaliste chroniqueuse Fanny Weil présentait diverses courbes et divers chiffres, montrant que ni le confinement ni le couvre-feu n'avaient eu un rôle déclencheur dans la baisse, observée depuis quelques semaines, du nombre de personnes dépistées positives.

On y voyait notamment une courbe présentant l'évolution du nombre de cas (Fig.1), et montrant que le pic avait été atteint le 2 novembre, c'est-à-dire 4 jours après le début du confinement le 28 octobre.

Fig.1 : 24H Pujadas - 18/11/2020 © LCI Fig.1 : 24H Pujadas - 18/11/2020 © LCI

Fanny Weil en concluait que c'était trop rapide pour que le confinement y soit pour quelque chose, et étayait son propos en montrant que l'analyse des eaux usées en Ile de France avait montré une diminution de la concentration en virus dès le 17 octobre, bien avant le confinement, et avant que le couvre-feu (en vigueur à partir du 17 octobre) ait pu avoir un impact.

Quelques jours plus tard, le 24 novembre, dans la même émission quotidienne, Fanny Weil commentait une nouvelle courbe (Fig.2).

Fig.2 : 24H Pujadas - 24/11/2020 © LCI Fig.2 : 24H Pujadas - 24/11/2020 © LCI

Cette fois, il s'agissait de noter que l'objectif fixé par le Président de la République pour mettre fin au confinement était atteint : on était descendu en-dessous de 5000 nouveau cas par jour. Fanny Weil rappelait toutefois, à juste titre que ce chiffre, recueilli un jour de week end, était amené à être réévalué.

Mais un autre détail attire l'attention, et mérite un décryptage : le pic du nombre de nouveaux cas n'apparaît plus le 2 novembre (avec 47517 cas), mais le 7 novembre (avec 86852 nouveaux cas), ce qui peut sembler réhabiliter l'hypothèse selon laquelle le confinement en vigueur depuis le 28 octobre a pu provoquer la décrue.

Voici quelques explications qui permettent de comprendre d'où vient cette différence entre les deux courbes. (Pour plus de détails sur la bases de données SI-DEP, on pourra lire ce précédent billet.)

- Le 18/11, Fanny Weil commentait des courbes provenant de la base de données SI-DEP. (On pouvait lire "Source : SIDEP" à l'écran) Dans cette base de données, chaque tests positif est attribué à la date où le prélèvement naso-pharyngé est effectué. Cette courbe colle à la "réalité du terrain" 1. (Et la courbe affichée correspondait à la moyenne sur 7 jours glissants.)

- Le 24/11, elle commentait des courbes construites sur la base des chiffres annoncés chaque jour. (On pouvait lire "Source : Gouvernement / SI-DEP" à l'écran). Or pour ces chiffres, qui sont ceux que l'on nous annonce chaque soir en disant "X nouveaux cas en 24heures", il s'agit chaque jour des nouveaux cas dont le résultat a été reçu par SI-DEP au cours des dernières 24 heures. Et ces résultats proviennent de tests effectués sur des jours différents : la plupart des résultats sont issus de tests effectués sur les 3 jours précédents, mais une part importante correspond à des tests réalisés entre 4 et 10 jours plus tôt, voire même, pour quelques tests, plusieurs mois auparavant et communiqués tardivement à SI-DEP par des laboratoires d'analyses. Cette courbe colle au rythme de la réception des données. (De plus, la courbe montrée était celle des chiffres quotidiens, qui exacerbe les variations quotidiennes dues aux retards de transmissions.)

Le pic de 86852 cas qui apparaît au 7 novembre sur la courbe montrée le 24/11 sur LCI n'a jamais existé dans la "vraie vie" : il correspond simplement au fait que le 7 novembre la base SI-DEP a reçu non seulement les résultats de nombreux tests effectués les 5, 6 et 7 novembre (avec sans doute environ 68000 positifs), mais aussi environ 18000 résultats positifs datant de 4, 5 ou 10 jours plus tôt.

Le véritable pic du nombre de cas, c'est-à-dire le jour où le plus grand nombre de personnes testées était positif, c'est bien le 2 novembre, avec 69758 personnes 2 testées ce jour-là dont le résultat s'est avéré positif lorsqu'il a été rendu par le laboratoire quelques heures ou quelques jours plus tard.

Depuis la baisse est rapide : depuis le 4 novembre, le nombre de cas positifs détectés est toujours en-dessous de 50000 ; depuis le 10, il est toujours en-dessous de 40000, depuis le 13 c'est toujours en-dessous de 30000, et depuis le 18 novembre toujours en-dessous de 20000.

 

On comprend que LCI a voulu sauter sur l'occasion lorsque le chiffre de 4452 "nouveaux cas en 24 heures" a été annoncé, chiffre pour la première fois inférieur à 5000. Et si cela manque de rigueur (SI-DEP a publié ce soir, 26 novembre, le nombre 2 de cas positifs détectés le 23 novembre, qui s'établit pour l'instant à 15210 cas), il faut rappeler que le principe même de cet objectif de "moins de 5000 cas" fixé par Emmanuel Macron est fantaisiste.

Car il faut le répéter : compter le nombre de cas détectés n'est absolument pas une façon rigoureuse de mesurer l'état de l'épidémie, puisque cela "mélange" la mesure de l'épidémie avec la mesure du nombre de tests réalisés, et que ce nombre de tests réalisés peut varier bien plus vite que la part de personnes positives dans la population. Quand on mesure une variation du nombre de cas d'un jour à l'autre, on ne sait donc pas si on mesure une variation du nombre de personnes positives dans le pays, ou une variation du nombre de tests...

Ce qui peut être une bonne mesure, c'est la mesure du taux de positivité. Qui elle-même pose problème. Pour plusieurs raisons, dont celle-ci : pour des raisons mathématiques liées à l'architecture de la base de données SI-DEP, le taux de positivité est très surestimé par Santé Publique France, et le sera de plus en plus (comme on l'a expliqué ici). Actuellement (c'est-à-dire sur la base des tests effectués entre le 17 et le 23 novembre), Santé Publique France l'affiche à 12,2% au niveau national, alors qu'il est sans doute proche de 7% 3. Et si l'on détaille par zone, les écarts sont variables, mais partout très importants :

- A Paris, Santé Publique France affiche un taux de positivité de 9% alors qu'il est proche de 5,2%.

- En Île de France, le taux affiché est de 12% alors qu'il est de l'ordre de 7,4%.

- Dans les Bouches du Rhône, Santé Publique France l'affiche à 12,6%, alors qu'il est d'environ 5,4%.

- En Gironde, Santé Publique France donne 7,9%, alors que taux de positivité est de 4,9% environ.

- Dans la Mayenne, Santé Publique France donne un taux de positivité de 12%, contre à peu près 7,6% en réalité. Etc.

[MàJ du 9 décembre 2020 : Santé Publique France a rectifié le décompte du nombre de personnes testées, et depuis le 8 décembre, il n'y a plus d'écart entre le taux de positivité affiché et le taux de positivité réel des tests effectués.]

Quoi qu'il en soit, que l'on considère le taux officiel ou le taux rectifié, et  que ce soit au niveau national ou dans chaque département considéré, le taux de positivité baisse rapidement depuis début novembre.

On remarquera d'ailleurs que le même phénomène s'observe dans toute l'Europe, y compris dans les pays qui n'ont jamais procédé à un confinement, et que le déclenchement de la reprise et de la redescente épidémiques n'est donc probablement pas dû aux comportements des populations : si le déconfinement était responsable de la reprise épidémique, ni la Suède, ni l'Islande ni la Corée du Sud n'auraient connu de remontée...

 

1 Il faut relativiser : la réalité du terrain est assez peu accessible, comme on le montrait dans ce billet. La fiabilité des tests est loin d'être parfaite.
2 Ce chiffre est encore susceptible d'être réévalué si des laboratoires fournissent tardivement des résultats de tests effectués ce jour-là.

3 Pour obtenir les taux de positivité rectifiés, on divise le nombre de positifs par le nombre de tests réalisés. C'est chiffres sont fournis par Santé Publique France, notamment sur le site Géodes.

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