spectrumnews.org Traduction de "Genetic testing for autism, explained" par Jessica Wright / 10 avril 2019
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L'autisme est avant tout une affection génétique : la majeure partie du risque d'autisme provient des gènes 1. On sait que des mutations dans plus de 100 gènes sont à l'origine de cette condition.
Il existe quatre types de tests qui permettent de détecter ces mutations, ainsi que les variations structurelles qui peuvent conduire à l'autisme. Au fur et à mesure que les chercheurs en apprennent davantage sur la génétique de l'autisme, les tests sont devenus plus informatifs : un plus grand nombre de mutations qu'ils trouvent ont un lien avec l'autisme et des conséquences connues sur la santé.
Voici un aperçu du fonctionnement des tests génétiques, de leur valeur pour l'autisme et de ce que l'on peut attendre des résultats.
Existe-t-il un test génétique pour l'autisme ?
Non. Un test génétique ne permet pas de diagnostiquer ou de détecter l'autisme. En effet, une myriade de gènes ainsi que des facteurs environnementaux peuvent être à l'origine de cette condition. Une centaine de gènes sont clairement liés à l'autisme, mais aucun gène ne conduit à l'autisme à chaque mutation.
Par exemple, seule une personne sur quatre environ à qui il manque un segment du chromosome 16 appelé 16p11.2 est autiste. Cette mutation et d'autres encore sont également associées à d'autres troubles, tels que l'épilepsie ou la déficience intellectuelle.
Pourquoi une personne autiste ferait-elle un test génétique ?
Si un test révèle une mutation nocive ayant des liens connus avec l'autisme, le résultat pourrait donner à la personne autiste et à sa famille une explication de son état. Certaines familles trouvent également un soutien émotionnel et pratique auprès d'autres personnes confrontées à la même mutation.
Il n'existe pas de médicaments adaptés à des mutations particulières de l'autisme. Mais les mutations sont souvent liées à d'autres problèmes de santé, tels que l'épilepsie, les problèmes rénaux ou l'obésité, de sorte que le fait de disposer d'informations pourrait aider à prévenir ou à traiter ces problèmes.
Quels sont les types de tests génétiques disponibles ?
Il existe quatre principaux types de tests. Le plus ancien est le caryotype, c'est-à-dire l'inspection des chromosomes au microscope. Ce test détecte de manière fiable les modifications des segments de plus de 10 millions de paires de bases.
Un test appelé analyse chromosomique par micropuces identifie les duplications ou les délétions d'ADN trop petites pour apparaître sur un caryotype. Néanmoins, un caryotype est nécessaire pour identifier les cas où les chromosomes échangent uniformément un morceau de matériel génétique.
Pour détecter des duplications ou des délétions encore plus petites et des échanges de paires de bases uniques, les cliniciens doivent séquencer ou rechercher des mutations sur des gènes uniques. Certains cliniciens utilisent des tests d'autisme commerciaux qui séquencent un ensemble prédéterminé de gènes, mais ces panels ne comprennent souvent pas les gènes principaux de l'autisme 2.
Une autre solution consiste à séquencer tout l'ADN codant pour les protéines d'une personne, ou l'exome. Les cliniciens peuvent séquencer les exomes des deux parents ainsi que de l'enfant pour trouver des mutations présentes uniquement chez l'enfant. Ces mutations spontanées sont plus susceptibles de contribuer à l'autisme que les mutations héréditaires. Le séquençage des exomes est cependant coûteux et souvent non couvert par les assurances [aux USA. En France, il doit être prescrit par un médecin].
Le séquençage de l'ensemble du génome est la méthode la plus approfondie. Il révèle les mutations dans n'importe quelle partie du génome d'une personne, et pas seulement le 1 % qui comprend les gènes. Ce n'est encore qu'un outil de recherche, mais à mesure que son prix baisse et qu'il devient plus largement disponible, il pourrait remplacer les autres tests.
Pour l'instant, les académies médicales américaines ne recommandent que le caryotype ou l'analyse des micropuces chromosomiques pour l'autisme. Elles conseillent également de rechercher des mutations ponctuelles dans les gènes FMR1, MECP2 ou PTEN, mais uniquement lorsqu'un enfant présente d'autres signes des syndromes associés aux mutations de ces gènes.
Quelle est la proportion de personnes autistes qui trouvent des réponses grâce aux tests génétiques ?
Relativement peu. Le caryotype permet de trouver une mutation pertinente chez 3 % des personnes autistes, et l'analyse par micropuces chez 10 % d'entre elles 3. Le séquençage des trois gènes associés aux syndromes pourrait permettre d'identifier une mutation de l'autisme chez 14 % des personnes autistes
En combinant ces méthodes avec le séquençage de l'exome, on pourrait obtenir des résultats chez 40 % des personnes autistes.
Dans une étude réalisée en 2015, des puces à ADN ont trouvé des mutations qui pourraient expliquer l'autisme chez 9 % des enfants atteints. Le séquençage des exomes a révélé des mutations dans 8 % des cas 4.
La probabilité de trouver une variante génétique connue augmente si la personne autiste présente également une déficience intellectuelle, des convulsions ou des traits faciaux inhabituels.
Que se passe-t-il si un test génétique ne donne rien ?
Un résultat négatif ne signifie pas que la personne ne présente pas une mutation pouvant causer l'autisme. Le test en question peut ne pas détecter cette mutation particulière, ou peut-être que la mutation n'a pas encore de lien connu avec l'autisme.
De nombreux gènes liés à l'autisme aujourd'hui n'étaient pas associés à cette condition il y a cinq ans. La plupart des centres de dépistage génétique réanalysent les résultats une fois par an en se basant sur les dernières découvertes.
Références:
- Sullivan P.F. and D.H. Geschwind Cell 177, 162-183 (2019) PubMed
- Hoang N. et al. NPJ Genom. Med. 3, 27 (2018) PubMed
- Schaefer G.B. et al. Genet. Med. 15, 399-407 (2013) PubMed
- Tammimies K. et al. JAMA 314, 895-903 (2015) PubMed