Forbes - No, Autism Is Not Caused By The Gut Microbiome
Steven Salzberg - 17 juillet 2024
Le New York Times a publié la semaine dernière un article affirmant qu'il serait possible d'utiliser le microbiome intestinal pour diagnostiquer l'autisme. L'article du Times était basé sur un article scientifique qui venait d'être publié et qui prétendait la même chose.
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Ce reportage a déclenché toutes les sonnettes d'alarme de mon scepticisme. Ma première réaction a été la suivante : « Oh non, encore de la mauvaise science autour de l'autisme ». Tout d'abord, comme le savent la plupart des scientifiques qui étudient l'autisme, le mouvement anti-vaccin moderne a commencé par un article scientifique, datant de 1998, qui affirmait, à tort, que les vaccins pour enfants étaient la cause de l'autisme. Cet article, publié dans The Lancet, s'est ensuite révélé frauduleux et a finalement été rétracté, mais pas avant d'avoir causé d'énormes dégâts. Son auteur principal, Andrew Wakefield, est devenu un héros du mouvement anti-vaccin, et il continue encore aujourd'hui à promouvoir la désinformation anti-vaccinale.
Le nouvel article (publié dans la revue Nature Microbiology) ne fait pas d'affirmations aussi scandaleuses, pas plus que le New York Times. Toutefois, quiconque prétend que l'autisme peut être causé par des microbes présents dans l'intestin doit savoir que la fameuse étude du Lancet était fondée sur une hypothèse concernant un « intestin qui fuit », une hypothèse qui a été discréditée il y a longtemps (je ne veux pas lui donner de crédibilité, mais cette hypothèse soutenait que les particules virales contenues dans certains vaccins « fuyaient » d'une manière ou d'une autre de l'intestin et parvenaient jusqu'au cerveau). C'était un non-sens à l'époque et ça l'est toujours). C'est l'une des raisons pour lesquelles l'idée que les microbes présents dans l'intestin puissent être utilisés pour diagnostiquer l'autisme suscite tant d'inquiétudes.
J'ai examiné l'étude et, franchement, je suis très sceptique. Mais soyons clairs : je n'essaie pas de prouver scientifiquement que l'étude est erronée, ce qui demanderait de nombreux mois d'efforts et bien plus de détails que je ne peux en mettre dans un article de toute façon. Heureusement, il existe une étude antérieure qui a fait ce travail pour moi, et que j'aborderai plus loin.
Toutefois, la science qui sous-tend cette étude est étroitement liée à mon propre travail, et je me sens donc tout à fait à l'aise pour donner mon point de vue d'expert. Qu'ont donc fait les auteurs ?
Comme l'explique la nouvelle étude, ils ont prélevé des échantillons de caca (« échantillons fécaux ») sur 1 627 enfants, dont certains avaient été diagnostiqués autistes et d'autres non, et ils ont séquencé l'ADN de ces caca. Ils ont ensuite recherché des bactéries, des virus et d'autres microbes dans les données de séquençage de l'ADN.
C'est exact : le « microbiome intestinal » n'est en fait qu'un terme poli pour désigner les bactéries qui vivent dans les intestins et le côlon, et dont certaines se retrouvent dans le caca. Bien sûr, certaines bactéries présentes dans le caca peuvent provenir de la nourriture consommée par une personne, mais il s'agit essentiellement de bactéries intestinales.
J'ai moi-même participé à de nombreuses études de ce type et j'ai pu constater que ces expériences permettent d'obtenir des centaines d'espèces différentes à partir de chaque échantillon. Les ensembles de données sont très complexes et un problème très répandu dans ce domaine est que ces données sont souvent mal interprétées. Dans l'article de Nature Microbiology, les auteurs ont pris ces ensembles de données très complexes et les ont soumis à un programme d'apprentissage automatique, et voilà ! Le programme d'IA a été capable de faire un assez bon travail (loin d'être parfait, je dois le préciser) en identifiant les enfants autistes, sur la base du mélange de microbes présents dans leurs excréments.
Quel est le problème ? Tout d'abord, les programmes d'apprentissage automatique sont très efficaces pour distinguer deux ensembles de sujets (tels que les enfants autistes et non autistes) si vous leur fournissez suffisamment de données. Il s'avère parfois que les programmes d'apprentissage se concentrent sur des caractéristiques non pertinentes que les scientifiques n'avaient pas prévues.
Par exemple, cet article de 2021 a examiné plus de 400 études qui ont utilisé l'apprentissage automatique pour prédire Covid-19, toutes ayant revendiqué un certain succès, et a constaté que toutes les études étaient essentiellement inutiles « en raison de défauts méthodologiques et/ou de biais sous-jacents ». Bien sûr, l'étude sur le microbiome intestinal n'en faisait pas partie, et certaines expériences d'apprentissage automatique fonctionnent, mais nous devrions être très sceptiques.
Une autre raison d'être sceptique est que le nouvel article n'essaie même pas de nous dire ce que les modèles d'apprentissage automatique ont réellement appris - il se contente de traiter les programmes comme une « boîte noire » à laquelle nous devrions faire confiance.
Le plus grand défaut de l'étude de l'autisme et du microbiote intestinal des enfants est peut-être le suivant : les enfants autistes ont tendance à être des mangeurs difficiles, et leurs parents essaient toutes sortes de régimes dans l'espoir de pouvoir au moins atténuer les symptômes de l'autisme avec de la nourriture. Il existe d'innombrables sites web - dont beaucoup sont malheureusement des escroqueries - qui prétendent que des régimes spéciaux peuvent aider ces enfants. Pourquoi est-ce important ? Parce qu'un régime spécial modifie le microbiome intestinal, parfois de manière significative.
Ainsi, même si les modèles d'apprentissage automatique de la nouvelle étude sont corrects, la causalité va presque certainement dans l'autre sens : les enfants autistes peuvent avoir un microbiome différent parce qu'ils mangent des aliments différents. C'est donc l'autisme qui affecte indirectement le microbiome.
Malheureusement, tant le New York Times que l'article scientifique suggèrent le contraire : par exemple, le Times paraphrase les scientifiques en déclarant que « les bactéries intestinales, les champignons, les virus et autres pourraient un jour constituer la base d'un outil de diagnostic » de l'autisme.
Revenons à présent à l'article scientifique que j'ai mentionné plus haut. Il s'avère qu'il y a trois ans, un groupe de chercheurs australiens a publié une étude majeure dans la revue Cell [ voir plus bas] qui abordait précisément le problème que je viens d'évoquer. Dans cette étude, les scientifiques ont recueilli et séquencé les excréments de 247 enfants atteints ou non d'autisme. Ils ont trouvé « des associations directes négligeables entre les TSA [troubles du spectre autistique] et le microbiome intestinal ».
Au contraire, les auteurs ont mis en garde : « Les différences de microbiome dans les TSA peuvent refléter des préférences alimentaires... et nous mettons en garde contre les affirmations selon lesquelles le microbiome joue un rôle moteur dans les TSA.
En d'autres termes, il y a trois ans, une étude publiée dans une grande revue scientifique a conclu qu'il n'y avait pas de lien entre l'autisme et le contenu du microbiome intestinal. Les auteurs de l'étude ont ajouté que si l'on observe des différences dans le microbiome intestinal des enfants autistes, celles-ci sont dues à leur régime alimentaire, et qu'il ne faut donc pas prétendre que le microbiome est à l'origine de l'autisme. Les auteurs de la nouvelle étude et les journalistes du New York Times en ont apparemment décidé autrement.
Donc, non, les preuves ne soutiennent pas l'affirmation selon laquelle le microbiome intestinal peut être utilisé pour diagnostiquer l'autisme.
(...)
Steven Salzberg
Steven Salzberg est professeur émérite Bloomberg d'ingénierie biomédicale, d'informatique et de biostatistique à l'université Johns Hopkins.
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