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Billet de blog 25 nov. 2021

Autisme : en premier, le régime alimentaire ou le microbiote intestinal ?

Réactions dans la communauté scientifique à l'étude australienne sur les liens entre le microbiome et le régime alimentaire dans l'autisme. Une nouvelle ressource : "Un atlas unicellulaire de l'accessibilité de la chromatine chez l'homme"

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Bulletin d'information communautaire : Qui est venu en premier, le régime alimentaire ou le microbiote intestinal ?


par Chelsey B. Coombs / 21 novembre 2021

(...) Cette semaine, la communauté des chercheurs s'est emparée d'un nouvel article portant sur la relation entre l'autisme et le microbiome intestinal, dont certains travaux suggèrent qu'il est moins diversifié chez les personnes autistes.

Un fil de Chloe Yap, étudiante diplômée de l'Université du Queensland en Australie et co-investigatrice de l'étude, résume les résultats, basés sur des données métagénomiques provenant des selles d'enfants autistes, de leurs frères et sœurs non autistes et de témoins non apparentés.

  • Chloe Yap @doyouseewhy Notre article sur l'autisme et le microbiome "Autism-related dietary preferences mediate autism-microbiome associations" est publié aujourd'hui dans @CellCellPress ! https://authors.elsevier.com/c/1e3XWL7PXf05V Thread below (1/n) 

L'idée que le microbiome intestinal puisse influer sur les caractéristiques de l'autisme existe depuis un certain temps, et de nombreuses personnes autistes et leurs familles se sont tournées vers des traitements non validés, tels que les probiotiques et les transplantations fécales, pour tenter d'atténuer ces caractéristiques. Mais la nouvelle étude montre, comme l'a déclaré dans un tweet Kevin Mitchell, professeur associé de génétique et de neurosciences au Trinity College de Dublin en Irlande, que "la flèche de la causalité va dans l'autre sens".

  • Kevin Mitchell @WiringTheBrain
    Les préférences alimentaires liées à l'autisme médient les associations entre l'autisme et le microbiome intestinal https://cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01231-9#.YY1F90YhH8I.twitter
     - Une étude importante réfute l'idée naïve selon laquelle le microbiome intestinal serait en quelque sorte la cause de l'autisme - la flèche de la causalité va dans l'autre sens.
  • La contribution potentielle du microbiome intestinal aux troubles du spectre autistique (TSA) suscite un intérêt croissant. Cependant, les études précédentes n'étaient pas assez puissantes et n'étaient pas conçues pour prendre en compte de manière exhaustive les facteurs de confusion potentiels. Nous avons réalisé une vaste étude métagénomique sur les selles des autistes (n = 247) à partir des participants de l'Australian Autism Biobank et du Queensland Twin Adolescent Brain project. Nous avons trouvé des associations directes négligeables entre le diagnostic de TSA et le microbiome intestinal. Nos données appuient plutôt un modèle selon lequel les intérêts restreints liés aux TSA sont associés à une alimentation moins diversifiée et, par conséquent, à une diversité taxonomique microbienne réduite et à une consistance plus lâche des selles. Contrairement au diagnostic de TSA, notre ensemble de données était bien alimenté pour détecter les associations du microbiome avec des caractéristiques telles que l'âge, l'apport alimentaire et la consistance des selles. Dans l'ensemble, les différences de microbiome dans les TSA peuvent refléter des préférences alimentaires liées aux caractéristiques diagnostiques, et nous mettons en garde contre les affirmations selon lesquelles le microbiome joue un rôle déterminant dans les TSA. [résumé de l'étude]

L'étude montre que les comportements courants chez les personnes autistes, tels que les intérêts restreints et les préférences sensorielles, sont liés à une diversité réduite du régime alimentaire et du microbiome - et elle semble démentir les recherches menées sur des modèles de souris qui suggèrent que la relation va dans l'autre sens.

Il est important de soutenir les personnes autistes et leurs familles en matière d'alimentation, a tweeté Yap, et de leur dire que "les "thérapies" du microbiome pour l'autisme peuvent faire plus de mal que de bien."

  • Chloe Yap@doyouseewhy - Nov 11, 2021
    En réponse à @doyouseewhy
    En bref, nous n'avons pas trouvé que le microbiome contribue à l'autisme. Il semble plutôt que les traits autistiques et les préférences alimentaires entraînent des différences dans le microbiome. Ou un cas de "l'esprit sur les microbes".
  • Chloe Yap @doyouseewhy
    À retenir :
    1. Clarté et conseils aux familles : les "thérapies" microbiologiques pour l'autisme doivent être considérées avec prudence. Elles pourraient faire plus de mal que de bien. 
    2. Déplacer le projecteur : l'importance clinique du régime alimentaire pour les enfants du spectre. Nous devons soutenir les familles au moment des repas.

German Bonilla Rosso, maître de conférences en microbiologie fondamentale à l'Université de Lausanne en Suisse, a tweeté que l'étude montre qu'il devrait y avoir plus d'études sur les big data dans la recherche sur le microbiome.

  • German BonillaRosso @Ge_BoRo
    C'est pourquoi nous avons besoin de meilleures études "big data" avec des conceptions expérimentales et des analyses statistiques appropriées... les grandes publications dans la recherche sur le microbiome se sont révélées être des réponses à une variable fantôme. Comme les nitrates de Pseudomonas et la migraine.

Alain Dahger, professeur associé de psychologie à l'université McGill de Montréal (Canada), a établi un lien entre les résultats obtenus dans le domaine de l'autisme et les associations potentielles entre le choix des aliments, l'obésité et la maladie de Parkinson.

  • Alain Dagher @alain_dagher
    C'est un véritable tour de force ! Le choix des aliments pourrait également expliquer les associations du microbiome dans l'obésité et la maladie de Parkinson.

Cette semaine également, des scientifiques ont salué sur Twitter une ressource qui pourrait s'avérer extrêmement utile pour les chercheurs sur l'autisme : Un atlas unicellulaire de l'accessibilité de la chromatine chez l'homme. Le complexe chromatinien permet d'enrouler l'ADN de façon à ce qu'il s'insère de manière compacte dans les cellules. Les modifications de sa structure rendent les gènes accessibles ou non et sont liées à des troubles du développement neurologique, comme l'autisme.

Les chercheurs ont utilisé un test appelé sci-ATAC-seq pour déterminer l'accessibilité de la chromatine au niveau d'une seule cellule dans 30 types de tissus humains adultes et ont combiné ces données avec des données antérieures provenant de 15 types de tissus humains fœtaux pour créer l'atlas.

De nombreux chercheurs ont fait l'éloge de l'article sur Twitter, notamment Lucas Schirmer, professeur adjoint de neurobiologie et de neuroinflammation à l'université de Heidelberg en Allemagne, et Hina Chaudhry, professeur de médecine et de cardiologie à l'hôpital Mount Sinai de New York.

  • Lucas Schirmer @schirmerlab
    Une ressource fantastique : Un atlas unicellulaire de l'accessibilité de la chromatine dans le génome humain.

Neelroop Parikshak, chercheur clinicien en neurologie à l'université de Californie à San Francisco, a évoqué sur Twitter la rapidité avec laquelle les données issues de la génomique unicellulaire se développent.

  • Hina Chaudhry, MD @Hinaheartdoc
    Quel tour de force @sanginair  @bingyanw

James Hocker @jamesdhocker
 - 12 nov.
Notre dernier travail dans @CellCellPress est un atlas cellulaire de l'accessibilité de la chromatine dans 30 tissus humains, intégré aux données antérieures de 15 tissus fœtaux :

- 222 types de cellules, ~1,2 million de cCREs.
- Éléments spécifiques aux types de cellules et aux adultes/fœtaux
- Interprétation des GWAS

https://cell.com/cell/fulltext/

Neelroop Parikshak, chercheur clinicien en neurologie à l'université de Californie à San Francisco, a évoqué sur Twitter la rapidité avec laquelle les données issues de la génomique unicellulaire se développent.

  • n-lr-p @neelroop
    Depuis quelques années, les données de la génomique unicellulaire dépassent les données de l'année précédente en termes d'échelle et d'utilité !

Davi Sidarta-Oliveira, étudiant diplômé de l'université de Campinas, au Brésil, a tweeté : "Imaginez simplement à quel point notre connaissance de la vie va croître de façon exponentielle et profonde au cours des dix prochaines années."

  • Davi Sidarta-Oliveira @davisidarta
    Je suis toujours en admiration devant ce que l'ère de la cellule unique représente du point de vue de notre espèce. 

Imaginez simplement à quel point notre connaissance de la vie va croître de manière exponentielle au cours des dix prochaines années.

(...)

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