Une étude sur le microbiome a fait l'objet d'une forte médiatisation en avril, par exemple : Autisme : le transfert de microbiote intestinal montre son efficacité.
Depuis, le 13 juin, la FDA américaine a mis en garde contre les greffes fécales, suite au décès d'un patient - dans un traitement en dehors de l'autisme : Importante mise en garde concernant l'utilisation du microbiote fécal pour la transplantation et le risque d'effets indésirables graves dus à la transmission d'organismes multirésistants aux médicaments
La même équipe a publié le 30 mai dans Cell un article suivant lequel des microbes de l'intestin d'un enfant autiste pouvaient altérer le comportement chez la souris. Voir Spectrum News. C'est cet article de Cell qui est critiqué ci-dessous.
Les media diffusent fréquemment des informations autour de ce thème. Mais comme dans cet article : Autisme : pourquoi 90 % des personnes qui en souffrent ont des problèmes intestinaux ?, il y a fréquemment une surestimation par les media - et les chercheurs - de l'importance des problèmes gastro-intestinaux chez les personnes autistes. Ainsi, suivant une étude parue dans Autim Research : "environ 20% des enfants autistes sont diagnostiqués avec des problèmes gastro-intestinaux et des problèmes d’immunité en bas âge, contre environ 15% des témoins. " dans Les conditions médicales peuvent identifier différents sous-types d’autisme - site Comprendre l'autisme.
spectrumnews.org Traduction de "Study of microbiome’s importance in autism triggers swift backlash"
L'étude de l'importance du microbiome dans l'autisme déclenche une réaction rapide de contestation
par Nicholette Zeliadt / 27 juin 2019
De nombreux scientifiques ont signalé d'éventuelles erreurs d'analyse et d'interprétation dans une étude très médiatisée qui suggère que les microbes peuvent faciliter les comportements de type autiste chez la souris. La réaction a été rapide, apparaissant sur Twitter et sur le site d'examen après publication PubPeer dans les heures qui ont suivi la publication du journal.
Dans le article, publié le 30 mai dans "Cell", Sarkis Mazmanian et ses collègues ont rapporté que les transplantations fécales de garçons autistes peuvent déclencher des comportements de type autiste chez la souris - et que les molécules de certains microbes peuvent faciliter ces comportements.
Quelques minutes après la publication de l'étude, des experts indépendants ont commencé à exprimer leurs préoccupations sur Twitter au sujet de trois graphiques inclus dans le document.
Ils ont noté que la " valeur p " - une mesure de la signification statistique - accompagnant chaque graphique semblait peu plausible.
"Les données n'ont pas passé ce que j'appelle le test du regard", a déclaré Kevin Mitchell, professeur agrégé de génétique au Trinity College de Dublin en Irlande, à Spectrum, un des tweeters.
D'autres se sont dits préoccupés par la petite taille de l'échantillon de l'étude.
"Les données que vous pouvez voir dans le document sont assez trompeuses parce qu'elles donnent l'impression qu'il y a beaucoup de points de données, mais elles proviennent en fait d'un petit nombre de participants ", dit Jon Brock, un ancien chercheur sur l'autisme. Brock a écrit un article, publié le 13 juin dans Medium, critiquant la petite taille de l'échantillon et les tests de comportement utilisés par les chercheurs. "Compte tenu du tapage dont cette étude a fait l'objet, les preuves de son affirmation centrale sont remarquablement faibles", a-t-il écrit.
De tels commentaires ont incité Thomas Lumley, un statisticien qui n'a pas participé à l'étude, à réanalyser les données. Le 16 juin, Lumley a publié sa réanalyse sur son blog personnel. Il a conclu que l'une des principales constatations de l'étude, à savoir que les souris socialisent moins que les témoins, pourrait avoir été causée par une analyse statistique erronée.
Analyse inappropriée
Pour l'analyse en question, les chercheurs avaient transplanté des selles de chaque donneur - cinq garçons autistes et trois témoins - dans au moins huit souris différentes. Ils ont constaté que, en tant que groupe, les souris ayant des selles de garçons autistes enterrent plus de billes que les témoins, passent moins de temps à interagir avec les autres souris et parcourent de plus courtes distances dans une pièce ouverte. Ces résultats sont apparus dans les trois graphiques dont Mitchell et d'autres ont fait part de leurs préoccupations.
Mais dans leur analyse statistique, les chercheurs semblent avoir traité les souris de chaque groupe de façon indépendante, même si certaines d'entre elles avaient reçu des selles du même donneur, explique Lumley. Cette erreur a gonflé artificiellement la taille de l'échantillon dans chaque groupe. Après correction de l'erreur, la seule différence statistiquement significative est le nombre de billes que la souris a enterrées, selon sa réanalyse.
"L'analyse des auteurs n'était pas adaptée à leur plan expérimental, et elle n'était pas non plus clairement décrite, parce qu'il y avait des descriptions contradictoires à deux endroits différents dans le document ", explique Lumley, directeur de la biostatistique à l'Université d'Auckland en Nouvelle Zélande.
Les chercheurs s'en tiennent à leurs résultats originaux : "Alors que nous sommes réunis ici aujourd'hui, nous n'avons trouvé aucune erreur dans les statistiques que nous avons établies", a déclaré M. Mazmanian, professeur de microbiologie au California Institute of Technology à Pasadena, à Spectrum.
Mazmanian dit qu'il a demandé à plusieurs statisticiens de réanalyser les données. "Nous voulons bien faire les choses", dit-il. "Nous allons faire tout notre possible pour arriver à une conclusion que nous pouvons défendre."
Lumley dit qu'il s'est débattu avec la réanalyse parce que même si l'équipe de Mazmanian avait rendu les données disponibles en ligne, la méthode statistique qu'ils ont décrite dans leur légende de figure ne correspond pas à celle de la section Méthodes du journal.
"La légende de la figure était claire, mais ce n'était pas ce qu'ils avaient fait ", dit M. Lumley. "Et celle de la section Méthodes n'était pas claire."
Défaut statistique
Agrandissement : Illustration 4
Lumley a commencé sa réanalyse en utilisant les méthodes décrites dans la légende. Cette approche tient compte des différences aléatoires entre tous les donneurs de transplantation fécale et recherche ensuite les différences associées aux donneurs autistes.
"Je pense que c'est la bonne analyse à faire, mais elle ne donne pas les résultats qu'ils ont donnés ; elle donne beaucoup moins de preuves des différences ", dit Lumley.
Il a ensuite réanalysé les données en suivant la description qu'il a trouvée dans la section Méthodes et les détails supplémentaires fournis par les chercheurs sur PubPeer. Il a été en mesure de reproduire les valeurs p indiquées dans l'article pour chacun des trois graphiques.
Pourtant, il dit qu'il est étrange que les chercheurs aient traité chaque souris comme si elle avait reçu des selles d'un donneur différent.
"C'est une analyse étrange", dit Lumley. "Je ne vois pas pourquoi tu ferais ça délibérément."
Le problème réside peut-être dans le logiciel, appelé SPSS, que les chercheurs ont utilisé, dit-il : "Je ne sais pas si cela a contribué à leur problème, mais c'est le genre de chose qui aurait pu facilement se faire". (Mazmanian dit que le statisticien de l'équipe a suivi les directives du logiciel.)
Même si l'analyse statistique ne s'avère pas imparfaite, les critiques affirment que les résultats troublants doivent se situer à un niveau plus élevé que les valeurs de p.
"La valeur p ne fait que résumer les données dont vous disposez dans l'expérience ", dit M. Mitchell. "S'il s'agit d'une revendication extraordinaire, s'il faut de nouveaux mécanismes biologiques qui sont vraiment inconnus et qu'aucun fondement de la recherche ne l'appuie fortement, alors nous devrions demander une norme de preuve supérieure."
Une norme plus élevée, dit M. Mitchell, est celle de la reproduction de l'étude. Un autre est un article de revue à comité de lecture dans lequel les chercheurs décrivent d'abord leurs méthodes d'étude avant de recueillir leurs données.
Les critiques du document ont également noté que quatre des membres de l'équipe ont déposé ou approuvé des brevets liés à l'utilisation de microbes ou de molécules microbiennes dans le traitement de l'autisme et d'autres conditions. Mazmanian est également co-fondateur et directeur d'Axial Biotherapeutics, une société qui développe des traitements à base d'intestin pour ces troubles digestifs.
Voir aussi :
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