Journaliste à France Culture entre 2000 et 2011, il a rejoint Mediapart en mai 2011. Joseph Confavreux est membre du comité de rédaction de la revue Vacarme, a codirigé le livre La France invisible (La Découverte, 2006) et a publié deux autres ouvrages, Egypte :histoire, société, culture (La Découverte, 2009), et Passés à l'ennemi, des rangs de l'armée française aux maquis Viet-Minh (Tallandier, 2014). Il est aussi co-rédacteur en chef de la Revue du Crieur.