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Billet de blog 16 déc. 2021

Giuseppe Longo : la pandémie et le « techno-fix », deuxième partie

Qu’il soit d’origine Zoonotique ou résultant d’une fuite de laboratoire, le COVID-19 continue à évoluer et se diffuser dans le monde. Le vaccin à ARN messager a contribué à largement protéger les personnes âgées et fragiles. Or, ne reproduisant qu’une molécule du virus, il a peu de probabilité de fonctionner sur les nouveaux variants et dans le temps. Que dire alors de la vaccination des enfants ?

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Dans une précédente note, j'ai souligné la nécessité de tenir une réflexion sur les possibles causes de cette pandémie qu'il faut rechercher et analyser, en pensant aussi à l'avenir dans le contexte d’une croissance inquiétante des épidémies depuis les années 1970 (il s'agit à 70% de « zoonoses », induites par la déforestation et le déclin de la biodiversité, voir les références dans ma précédente note), ainsi que par de possibles évasions accidentelles de laboratoires. Cette deuxième observation s'appuyait également sur l'expérience historique : le moratoire de 2014 aux USA de certains types de manipulations génétiques sur les micro-organismes, suite à de nombreuses conséquences non maîtrisées, dont certaines très graves - un moratoire suspendu en 2017 (voir les références dans ma première note). Cette connaissance et compréhension de ce passé peut néanmoins nous guider dans nos actions, avant même de connaître l'origine de cette pandémie spécifique, qui n’est que l’extension mondiale d'une épidémie parmi d'autres. Je prolongerai ici cette réflexion, en analysant l'importance de cette catastrophe sanitaire, qui a également été annoncée. 

Vaccins et immunité

Rappelons tout d'abord que nous sommes dans une situation d'approbation provisoire pour les vaccins, tant pour la FDA (Food and Drug Administration états-unienne) que pour l'EMA (Agence européenne des médicaments). Cela est dû à la diversité des virus - une diversité évolutive - et donc des vaccins, chacun d’entre eux devant être analysé pour leurs caractéristiques. Prenons le cas de deux réussites extraordinaires : les vaccins contre la variole et la polio. Le premier rend le vacciné immunisé et non-porteur du virus. La relative stabilité évolutive du virus a ainsi permis de l'éradiquer de l'espèce humaine (voir déclaration de l'OMS, 1986). En revanche, une personne vaccinée contre la polio peut tout de même être infectée : la maladie est seulement contenue par l'immunité naturelle ou vaccinale, dans ses syndromes intestinaux plus ou moins légers. Pensez toutefois à des parents vivant dans les années 1960 et qui, ne pouvant pas faire vacciner leur enfant pour une raison médicale quelconque, auraient dit : « nous ne prenons que des baby-sitters vaccinées et munies d'un pass-sanitaire ». La baby-sitter vaccinée arrive avec un peu de mal au ventre, va souvent aux toilettes, se lave mal les mains une fois ... et le bébé attrape la polio.

Pour en revenir au Covid, deux articles récents de The Lancet du 29 octobre et du 19 novembre démontrent, en employant une très grande quantité de données, que les personnes vaccinées peuvent être infectées, avoir une charge virale similaire à celle des personnes non-vaccinées et transmettre effectivement l'infection, même à des contacts vaccinés. Selon les données recueillies en septembre, l’augmentation des infections par le COVID-19 n'est pas liée aux niveaux de vaccination dans 68 pays du monde et 2947 comtés sur 3200 aux États-Unis ; par contre, la diminution des cas graves et mortels, particulièrement rapide dans la phase initiale de la vaccination (réservée aux personnes âgées et fragiles) est confirmée. Les caractéristiques locales et historiques spécifiques des interactions hôte-virus au début de l'infection peuvent façonner l’ensemble de l'évolution virale, au sein d’un individu et d’une communauté, mais cette dé-corrélation entre vaccinés et infectés (car l'infection court aussi chez les vaccinés) est très uniforme : tout en distinguant les « infectés », d'une part, et les « gravement malades et morts », d'autre part - ces derniers diminuant avec le temps et la vaccination.

Alors qu'en est-il de la fameuse « immunité collective » pour cette maladie, tant attendue par de nombreux dirigeants ? Immunisés contre quoi, une infection ou une forme grave de la maladie ? Les personnes qui ne sont pas susceptibles d’attraper de formes graves doivent-elles également être vaccinées « pour protéger les autres » ? Variole, polio … COVID-19, tous les cas sont différents. C’est un problème que je poserais aux étudiants : réfléchissez, leur dirais-je, mais ne vous référez pas aux modèles de diffusion d'un gaz dans une pièce, comme dans tant d'approches mathématiques qui reprennent ces équations - le vivant est différent, je vous le dis en tant que mathématicien de formation. Au début, on disait qu'une telle immunité était obtenue avec 70 % de personnes guéries ou vaccinées, en se basant, je parie, sur des équations de diffusion. Désormais, on impute la croissance des infections et des décès à venir au 20 % environ de personnes non vaccinées, y compris des enfants.

Je suis tout à fait favorable à une décision prise sur l'agora, qui impose des exigences en matière de vaccination et de pass-sanitaire, pour autant que ces questions soient discutées et que l'on puisse juger de la nature scientifique de ces décisions dans le cadre d’une discussion libre, et que le processus décisionnel lui-même puisse être critiqué et modifié. Je peux comprendre le politicien qui, dans l’urgence du printemps 2020, impose de déclarer mort du Covid chaque patient décédé s’il ou elle a un PCR positif : il faut envoyer un signal fort à la population, concernant un phénomène grave, aux proportions considérables pour les personnes âgées et les malades. Mais le fait que cela soit oublié dans le débat scientifique est extrêmement grave. Tout comme on oublie la diversité des virus et des vaccins, en qualifiant d'« anti-vax » ceux qui en parlent.

Je comprends donc le haut responsable de la santé en Italie, un ex-scientifique et administrateur-politicien, obligé de lancer des slogans et de faire des compromis politiques avec le réel, qui a souligné, le 4 ou 5 décembre de cette année, l'alarme face à une augmentation des PCR positifs à 15 000 (j'écris : 15k) par jour - presque aussi élevés que les 20k de l'année précédente, une période de forte croissance des hospitalisations. Il se trompe, car en juin 2021, sur les instructions de l'OMS, les itérations (amplifications de « fragments » de virus) pratiquées dans l'analyse PCR ont été réduites de 35 à 30. D'un jour à l'autre, le nombre de PCR positifs a été divisé par deux, ce qui signifie que la veille, la moitié étaient des faux positifs - mis en quarantaine à la maison. Ainsi, le 4 décembre 2021, les PCR positifs auraient été de 30k, avec la mesure de 2020, soit bien plus que les 20k de décembre 2020 - un argument de plus pour l'administrateur qui veut alarmer, mais le déni de l'histoire l'obnubile. Décès : 40 le 4 décembre 2021, 800 un an plus tôt. Le 12 décembre, on compte 20k PCR positifs, soit 40k selon la même mesure d'un an plus tôt, et 90 morts : toujours un ordre de grandeur en moins par rapport à l'année précédente. Or, cela fait plus de six mois que les premières personnes âgées ont été vaccinées, et ce vaccin mono-antigène n'active le système immunitaire que contre une seule partie du virus (la fameuse protéine « spicule » ou spike, lui permettant de s’accrocher aux cellules), et a donc peu de chances de réagir à des variants et de durer. En outre, l'immunité est réduite de moitié après 4-5 mois, reconnaissent même ses plus ardents défenseurs. L'augmentation progressive des décès (personnes âgées et fragiles), à laquelle il faut s'attendre, n'est pas due à une nouvelle dangerosité du virus, mais aux limites de ce vaccin mono-antigène.

Ce qui importe, c'est que la positivité des PCR et la mortalité sont dé-corrélées, causalement ; c'est-à-dire - c'est ma thèse - que les nouveaux décès ne sont pas tant dus à la propagation accrue, épidémiologiquement inévitable avec ce type de virus, qu'à l'expiration du vaccin. Que se passe-t-il ? Succès initial et temporaire du vaccin à ARN messager, bien sûr, administré en priorité et à juste titre aux personnes âgées et fragiles, mais ... après ? Un vaccin pour tout le monde, tous les 5 mois, suite à l'augmentation de PCR positifs ? Là encore, l'histoire des coronavirus peut nous aider à mieux comprendre.

Autres coronavirus

Au moins quatre coronavirus sont connus pour être apparus dans notre espèce en l'espace d'un peu plus d’un siècle : HcoV-OC43, HcoV-229E, HCoV-NL63 et HcoV-KHUl. Le premier a causé au moins un million de décès en quelques mois en 1889 et est devenu depuis l'un des virus du rhume les plus courants. Comme expliqué ici, en plus de ces coronavirus humains désormais endémiques, trois nouveaux coronavirus d'origine zoonotique sont apparus dans la population humaine au cours des vingt dernières années. Il s'agit de Sars-CoV(-l), apparu en 2003, de Mers-CoV, apparu en 20l2, et de Sars-CoV-2, apparu en 20l9. Ces trois coronavirus peuvent provoquer un syndrome respiratoire très grave. L'épidémie de syndrome respiratoire aigu causée par le Sars-CoV-l a touché environ 8000 personnes et provoqué un nombre incertain mais élevé de décès, mais elle a ensuite été contenue ou a disparu en quelques mois. Le Mers-CoV a causé plus de 2500 cas depuis 20l2 avec un taux de mortalité de plus de 30% (!) : en tuant rapidement l'hôte, un tel virus ne se propage pas beaucoup. En dehors de ceux qui ont disparu, les autres coronavirus se sont tous ... installés dans le nez. Un virus très contagieux et qui, de par ses caractéristiques, peut s'adapter sélectivement à une niche à partir de laquelle il peut bien se propager, par exemple grâce aux éternuements et au mucus, y finira, de manière darwinienne (en 2012, en parlant de l'évolution en général, nous l'avons appelé « "enablement »" de niche) : l'immunité acquise ou un bon vaccin le bloque aux portes de l'organisme, c'est-à-dire dans ces épithéliums d'interface avec l’extérieur dans nos nez, où il co-évolue avec nous.

En fait, il n'existe pas d'immunité acquise ou de vaccin contre les rhumes et les maux de gorge bénins. De plus, explique-t-on ici, les taux d'Immunoglobines A (IgA) dans les fluides nasaux sont inversement corrélés à l'âge (ils sont beaucoup plus élevés chez les enfants). Ainsi, selon les auteurs d'une lettre adressée aux parlementaires français et signée par 800 collègues, ces enfants si souvent enrhumé sont protégés par les effets croisés d'une immunité qu'ils développent contre tous les coronavirus environnants : ces virus partagent des antigènes face à un système immunitaire très réactif et adaptatif (jeune), qui peut apprendre à réagir à un seul antigène, éventuellement partagé par différents virus ou variants de celui-ci, et ainsi prévenir l'infection des organes internes.

En conclusion, il ne faut pas « vacciner contre les tests PCR positifs », mais contre la propagation des cas graves, en essayant d'abord de comprendre s'ils augmentent et pourquoi ils augmentent. En outre, on ne peut pas crier « au loup » à chaque variant : jusqu'à présent, ils ont tous été plus contagieux, mais moins graves (quelle confusion a souvent été faite et est encore faite entre ces deux notions !) : Delta est trois ou quatre fois plus contagieux et tout aussi moins mortelle. On peut déjà dire la même chose d'Omicron, découvert par des contrôles de routine dans des hôpitaux sud-africains, parmi des personnes admises pour d'autres raisons. De toute évidence, les processus d'évolution, y compris la "complexité" des organismes, sont des processus de diffusion soumis à des contraintes environnementales et historiques considérables et, par conséquent, ils peuvent également aller, de manière stochastique, dans la direction opposée, c'est-à-dire qu'un nouveau variant très dangereux peut survenir. Mais avec la propagation de l'immunité, en particulier de l'immunité naturelle - et grâce aussi aux enfants - cela est de moins en moins probable ; donc la phase d'alarme, de précaution et de surveillance accrue pour ce virus, pourrait durer de moins en moins longtemps.

Au début, les PCR constituaient un indice précieux pour suivre la propagation impressionnante d'un virus inconnu de notre système immunitaire. Aujourd'hui elles ont de moins en moins d'intérêt : elles nous aident tout au plus à confirmer la trajectoire évolutive du virus « vers le nez ». C'est donc une erreur de vacciner même les enfants sur la base de l'augmentation des PCR positifs, comme cela est également bien expliqué ici, ou les vacciner puisque des personnes âgées qui meurent parce que leur immunité vaccinale est en train d'expirer : les enfants étaient et sont porteurs quoique largement immunisés contre les formes graves, on y reviendra. Les enfants sont vaccinés contre la polio non pas pour protéger les autres (cela ne servirait pas à grand-chose), mais pour protéger les enfants - la variole est une autre affaire. Il faut également garder à l'esprit qu'aucun vaccin ne peut faire mieux qu'une immunité acquise contre le virus - immunité dont, dans le cas du Covid, les enfants sont les champions.

Mais qu'en est-il des effets secondaires chez les enfants et les jeunes en particulier ? A Hong Kong (8 millions d'habitants), pionnière dans la vaccination des jeunes, une augmentation significative des myocardites et péricardites a été observée chez les personnes vaccinées entre 12 et 17 ans (voir ici). Même une étude financée par Pfizer, en mai dernier, tout en défendant le vaccin chez les adolescents, reconnaissait une présence anormale, et au cours du premier mois, de cas graves et de décès entre 12 et 25 ans. Beaucoup plus sévère, une étude parue dans Toxicology en novembre dernier, souligne quatre points : les décès dus au COVID-19 sont négligeables chez les enfants ; les études cliniques après les vaccinations à ARNm ont été de très courte durée et n'ont pas abordé les effets à long terme, qui sont plus inquiétants chez les enfants ; des décès d’enfants post-inoculation ont été rapportés dans le Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS), bien que toutefois, le lien causal n’est pas établi. Toujours en novembre, (voir ici) une analyse de cas est résumée ainsi : la population pédiatrique a un très faible risque de mortalité lié au COVID-19 et un risque plus élevé de MIS-C (syndromes inflammatoires) si elle est vaccinée. Les enfants doivent-ils être vaccinés ? Ou avons-nous désormais un problème avec l'expiration de l'immunité vaccinale chez les personnes âgées ?

Systèmes de santé

Commençons par rappeler la démission de fonctions administratives, en France, d'un millier de chefs de services hospitaliers (urgences et réanimation) le 10 janvier 2020, alors qu'on ne parlait pas de Covid : après presque vingt ans de baisse de financements et de postes, ils craignaient l'arrivée de ... la grippe.

Toutefois, le pays occidental où le désastre sanitaire a été le plus important est probablement les États-Unis, pays dans lequel les établissements de soins de santé ont toujours été des « entreprises ». Dans les débats de nombreuses commissions d'enquête parlementaires, étatiques et fédérales, cette réalité apparaît avec clarté (voir la situation au Texas, 30 millions d’habitants, qui est propre à de nombreux États, et bien décrite par ce témoignage dans l’une de ces commissions). Peut-être quelqu'un reconnaîtra-t-il une situation qu'il a connue dans certaines régions en Europe : PCR positif ? restez chez vous 10 ou 15 jours sans assistance médicale, et allez à l'hôpital lorsque vous êtes très (déjà trop) malade.

Encore une fois, situons le phénomène dans un contexte historique. Aux États-Unis, la construction progressive d'une élite financière et dirigeante des 1% les plus riches (3 millions de personnes) a atteint son apogée il y a 20 ans, avec l'aplatissement complet de l'impôt sur le revenu (flat-tax parfait) et l'abolition des droits de succession, c'est-à-dire l'annulation d'un des piliers redistributifs du libéralisme : une aspiration à une plus grande égalité initiale dans la concurrence entre les hommes libres, de Stuart Mill à Einaudi - un « impôt sur la mort » disent plutôt les néolibéraux, un slogan très efficace qui date d'avant les révolutions anglaise et française. Dans le même temps, la différence d'espérance de vie de ces 3 millions de personnes atteint désormais 15 ans de plus que celle des 1% les plus pauvres (la différence est réduite à 8 ans, toujours pas des moindres, entre les 25% les plus riches et les 25% les plus pauvres : voir ici). Dans mon expérience de trois ans de vie aux États-Unis et de six ans d’« allers-retours » pour collaborer avec des biologistes dans une faculté de médecine de Boston (Tufts University), j'ai pu constater que, avec une dépense de santé par habitant qui est le double de celle de l'Italie, un certain 10% de la population a peut-être les meilleurs soins de santé du monde (en tant que chercheur, puis professeur d'université, j'ai appartenu à ces 10%), un 50% en a des acceptables, mais presque uniquement des soins hospitaliers, et pour le reste ... c’est un désastre. Dans le cas du Covid, les conséquences de cette différence de revenus dans la létalité pandémique sont évidentes depuis l'été 2020 (voir ici). La tendance n'a fait que s'accentuer, en partie en raison de la répartition croissante de deux comorbidités endémiques aux États-Unis à mesure que les revenus diminuent, et qui aggravent considérablement la sévérité du Covid : l'obésité et le diabète.

Aux États-Unis également, l'inattention de l'administration précédente face à la pandémie a d’abord dominé, allant jusqu'à décourager l'utilisation de masques, ou suggérant l'utilisation de « l’eau de javel dans les veines » pour traiter les malades... Une blague ? Pas tant que ça : les références faites depuis trop longtemps par les politiques et les journalistes à la seule efficacité d'un vaccin ou d'un médicament, sans référence aux effets secondaires, laissent penser qu'effectivement l’eau de javel est très efficace pour décomposer les virus et tuer les bactéries. Les Grecs disaient qu'un pharmakon est à la fois un médicament et un poison : même l'aspirine a des effets secondaires indésirables, et pour faire approuver un médicament aujourd'hui, il faut indiquer la proportion de ces effets par rapport aux bénéfices. Sauf pour des autorisations temporaires, en cas d'urgence grave, comme pour le vaccin ARNm contre le Covid. Et les données de l'essai en double aveugle sur ce sujet (vaccin et placebo), ont demandé la FDA et Pfizer au juge fédéral, devraient être gardées secrètes pendant 55 ans. J’espère que cette demande sera rejetée.

Le remède miracle 

Malgré les différences que nous avons constatées (infectés / gravement malades ou enfants / personnes âgées), les gouvernants et tous les éminents collègues qui depuis des années font le travail des administrateurs, travail très difficile qui nécessite mille et inévitables compromis politiques, continuent à ne parler que de la vaccination et veulent l'étendre aux enfants, en se référant à la propagation du virus (dans le nez), aux nouveaux variants, à la mort de personnes âgées vaccinées depuis 5 ou 6 mois. Le journaliste qui trouve le pédiatre bouleversé d’avoir vu un enfant mourir du Covid (avait-il des comorbidités ?), devrait aussi chercher à rencontrer le pédiatre qui a vu des enfants mourir de la grippe avec des complications pulmonaires – c’est tout aussi dur. En Allemagne, il n'y a pas de cas d'enfants de 5 à 11 ans morts du Covid (voir ici, en cours de publication, repris ici). Tout se passe comme si l'habitude de lancer des slogans sur Twitter et l'oubli de la confrontation argumentée permettaient de focaliser toute l'attention sur une seule solution : un vaccin mono-antigénique facile à produire, véritable salut pour les personnes âgées, mais ayant peu de chance de fonctionner sur les variants et dans le temps.

Cette focalisation sur le vaccin « magique » fait qu'après l'élan généreux des premiers mois, on ne parle plus du système de santé, et encore moins des origines du virus. La recherche d'un vaccin à virus atténué (donc multi-antigénique), étudié en Europe, plus difficile à produire, mais en principe, beaucoup plus efficace et durable, est infiniment moins financée que la promesse d'un projectile moléculaire. Les cris des « libertariens », d'abord contre les masques ou les précautions antivirales élémentaires (du moins aux USA), puis contre les passe-sanitaires, non pas pour des raisons scientifiques mais de droits à la « liberté », font leur jeu, ne posant aucun des problèmes que j'ai essayé d'évoquer. Je répète que les obligations vaccinales et les passe-sanitaires sont des choix à faire ensemble, démocratiquement et par la discussion, dans de nombreux cas sacro-saints (variole, polio ... bien que dans leur diversité), mais pas dans ce cas, et surtout pas chez les enfants. Un autre variant est-il à craindre ? Il y en aura un, et il sera certainement encore plus contagieux : suivons-le de près, car les chances qu'il soit plus dangereux sont de plus en plus faibles : l’histoire des coronavirus, la suite des variantes récentes le prouve et le raisonnement évolutionniste.

Nous devons penser au prochain épisode, mais provenant plutôt de la prochaine zoonose. Préparons-nous à y faire face avec un système de santé approprié, et en luttant contre ses causes possibles. Leur forte croissance n'est pas due à des tendances de l'évolution, contre lesquelles nous ne pourrions pas grand-chose, mais, et plutôt heureusement, à des activités humaines auxquelles nous pouvons nous opposer : déforestation, massacre de la biodiversité, destruction des niches écosystémiques. Il faut développer immédiatement la recherche fondamentale et sur le terrain au sujet des interactions entre micro-organisme, organisme et écosystèmes, ainsi que la recherche médico-biologique pour des thérapies et des vaccins à base de virus atténués. Beaucoup de choses auraient pu être réalisées en deux ans, dans les hôpitaux par exemple et la médecine de ville, si la décision politique de rechercher (et de financer) une « solution miracle » moléculaire n'avait pas été prise jusqu'au bout et comme seul remède.

Si la cause est plutôt une fuite de laboratoire, nous le devons et nous le devrons à une technoscience qui ne connaît pas ses propres limites et qui, grâce à des techniques de combinatoire moléculaire auxquelles elle ne sait pas donner de sens biologique (voir ici une discussion sur ces questions), rêve de pouvoir « reprogrammer l'évolution » (et ici un de mes articles). Un « trans-évolutionnisme » antiscientifique (on peut le comparer à une vision « ptolémaïque » du vivant, je l'explique dans l'article susmentionné) qui, en raison du mauvais contrôle des manipulations génétiques, aujourd'hui aussi faciles techniquement qu'insensées scientifiquement, peut être l'autre origine possible de cette pandémie, ainsi que de la prochaine.

Giuseppe Longo

CNRS et École Normale Supérieure, Paris (https://www.di.ens.fr/~longo)

Président de l’Association des amis de la génération Thunberg (AAGT) (https://generation-thunberg.org)

Remerciements : je dois beaucoup à mes échanges avec les virologues Caroline Petit, ma collègue de l'ENS, et Pierre Sonigo, anciennement à Pasteur, avec des collègues biologistes de l'ENSSER, source inépuisable de références bibliographiques et de discussions en ligne et, récemment, à Berne ; merci aussi à Andrea Angelini et à tous mes anciens étudiants ou post-docs, en biologie et en philosophie de la biologie, compagne fidèle de la pensée des vivants. Toute erreur est évidemment la mienne.

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