Seraya Maouche
Bioinformaticienne, ingénieure en informatique,entrepreneuse "Life-Sciences" et co-fondatrice de l'association Ethique & Intégrité.
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Billet de blog 17 avr. 2019

Les vérités cachées d'une affaire complexe et nébuleuse au CNRS (1)

Comme nous l'avions annoncé, cette semaine nous publions les résultats d'une série d'entretiens et d'analyses de documents et de données bibliographiques et éditoriales en relation avec l'affaire Voinnet et ses co-auteurs. Dans cette première partie, nous commençons par présenter les protagonistes de cette affaire, ainsi que ses dates clés.

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Lorsque le 10 juillet 2015, le CNRS et L'École polytechnique fédérale de Zürich (ETH Zürich) ont rendues publiques les conclusions de leurs commissions d'enquête et leurs sanctions à l'égard d'Olivier Voinnet, beaucoup ont critiqué la décision de l'ETH Zürich qui s'est contenté d'un
« simple » avertissement à l'égard de ce biologiste en détachement dans cette institution depuis le 31 octobre 2010. La décision du CNRS d'exclure pour deux ans Olivier Voinnet a été accueillie avec satisfaction et beaucoup de naïveté y compris de notre part car, à l'époque, nous avions pensé que le CNRS applique une ligne de fermeté contre les méconduites et les fraudes scientifiques.

"Enfin une institution française qui agit contre la fraude... Bravo...", écrit Hervé Maisonneuve, le 16 septembre 2016, sur son blog dédié à  la rédaction médicale et scientifique.

Et lorsque quelques mois plus tard, les deux institutions ont décidé, le 8 septembre 2016, de constituer une nouvelle commission d'enquête scientifique, beaucoup ne comprenait pas pourquoi cette commission sera dirigée par le CNRS avec la contribution de l’ETH Zürich alors qu'Olivier Voinnet menait encore ses recherches à l'institution suisse. L’explication d'Alan Niederer dans la Neue Zürcher Zeitung semblait plausible, mais le communiqué du CNRS, qui a rappelé les règles déontologiques interdisant toute expression publique jusqu'à la clôture de la procédure d’investigation, nous a découragé, comme beaucoup d'autres qui suivent de près cette affaire, à aller chercher davantage d'explications auprès des deux institutions directement concernées par cette affaire.

"Alan Niederer du quotidien en langue allemande la Nouvelle Gazette de Zurich (Neue Zürcher Zeitung;  NZZ) a publié hier "soupçons de manipulation de données" [Verdacht auf Datenmanipulation], dans lequel il révèle son échange avec l’ETH Zürich. L’auteur a pu obtenir de Franziska Schmid, du service de communication de l’institution suisse, la confirmation qu’Olivier Voinnet n’est pas au centre de ces investigations. Cependant, ce dernier est concerné en tant qu’auteur cosignataire des publications en cours d'investigation", nous avons écrit, le 10 septembre 2016.

Nous savons désormais que l'enquête annoncée, en septembre 2016, visait essentiellement le biologiste Patrice Dunoyer. Ce dernier n'étant pas un employé de l’ETH Zürich, il ne pourra donc pas faire l'objet d'une enquête de cette institution, mais le CNRS dispose de cette autorité. En 2010, Patrice Dunoyer, ancien bras droit d'Olivier Voinnet et celui qui l'a remplacé à la direction de l'équipe de recherche après le départ de ce dernier en Suisse est directeur de recherche employé par le CNRS.
Cette nouvelle investigation n'aurait pas dû exister si le CNRS, sous la direction d'Alain Fuchs, avait fait correctement son travail d'enquête en 2015.


Pour comprendre ce dossier, prenez le temps de faire connaissance avec ses protagonistes

La mobilisation internationale des chercheurs, ainsi que l'implication de plusieurs institutions de recherche dans ce dossier complexe, rendent sa compréhension très difficile. C'est du jamais vu, au moins six institutions ont déclenché des enquêtes dans cette affaire : L'université d'East Anglia où Olivier Voinnet a effectué sa thèse de doctorat, l’université de Cambridge au Royaume-Uni dont le Professeur Sir David Baulcombe est membre depuis septembre 2007, la Royal Society britannique où ce généticien et phytologue a été élu en 2001, le CNRS, l’ETH Zürich, l’université de Strasbourg. Sans oublier les enquêtes des éditeurs des revues scientifiques et la prise de position attendue de l'Académie des Sciences. Cette dernière a déjà publié, le 12 octobre 2016, un communiqué sur cette affaire car Olivier Voinnet a été élu à cette Académie en novembre 2014.
Il est important de préciser que ces enquêtes des institutions ne visaient pas toutes Olivier Voinnet ou Patrice Dunoyer, mais aussi des co-auteurs ou les anciens directeurs de recherche de ces deux biologistes.
Nous voulons rendre la tâche la plus aisée possible aux lecteurs désireux de comprendre ce dossier, que certains journalistes scientifiques et communiqués de presse du CNRS ont rendu encore plus complexe par leur manque de pédagogie et absence de précision.

La figure, ci-après, montre les institutions concernées par cette affaire, de manière directe ou indirecte.

Mobilisation des chercheurs et leurs implication dans l'affaire d'Olivier Voinnet et de ses co-auteurs. © Ethique & Intégrité

A l'exception d'Olivier Voinnet, qui a obtenu sa thèse à l'université d'East Anglia à Norwich au Royaume-Uni, la grande majorité des chercheurs impliqués dans cette affaire, ont obtenu leurs thèses de doctorat à l’université de Strasbourg. C'est le cas notamment de Patrice Dunoyer, Sébastien Pfeffer et de Santiago Wadsworth. Ces derniers sont tous passés par l'Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), une unité du CNRS qui joue un rôle important dans la recherche en biologie végétale. L'IBMP est dirigé par Laurence Maréchal-Drouard, qui elle-même, ainsi que de nombreux membres de son institut, visée par des allégations pour méconduites scientifiques. Cette directrice nous a confirmé que l'IBMP a mis en place une série de mesures pour la promotion de l'intégrité en recherche et une meilleure gestion des données scientifiques.
Deux membres de l'IBMP sont désormais à l'ETH Zurich : Olivier Voinnet et Constance Ciaudo, qui a aimablement accepté de répondre à nos questions sur sa responsabilité dans une rétractation d'une des publications scientifiques co-signées avec Olivier Voinnet.

Patrice Dunoyer est en détachement à la Province Sud en Nouvelle-Calédonie depuis le 11 juin 2018, alors que Sébastien Pfeffer est désormais responsable d'une des onze équipes de recherche qui composent l'institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC). Cette fédération de recherche composée de trois unités propres de recherche (UPR) est dirigée, depuis 2018, par Jean-Luc IMLER.

Véronique Ziegler-Graff, dont le nom est mentionné sur cette figure, est co-auteur de Sébastien Pfeffer et de Patrice Dunoyer. Selon la procédure d'investigation qui a été mise en place par le CNRS en 2017, elle devait être auditionnée. Comment a-t-elle été épargnée lors de ces investigations au CNRS alors que tous les premiers et derniers auteurs étaient censés être auditionnés par la commission?

Santiago Wadsworth, dont la thèse de doctorat est en cours de correction à l’université de Strasbourg, travaille à la société Axess Research. Cette Victime des fraudes commises par Patrice Dunoyer et d'une gestion négligée d'Olivier Voinnet de son ancienne équipe de recherche au CNRS, a donné, de façon courageuse, son témoignage sur les pratiques inappropriés de Patrice Dunoyer et les pressions qu'il avait subi de sa part. Santiago Wadsworth est un ancien doctorant d'Olivier Voinnet qui a travaillé sous la supervision de Patrice Dunoyer. Santiago Wadsworth nous a confirmé, par téléphone, ses démarches auprès de l’université de Strasbourg pour apporter des corrections à sa thèse. Nous reviendrons sur ce cas particulier dans nos prochains articles dédiés aux victimes de la fraude scientifique. Nous avons interrogé Olivier Voinnet au sujet de cette thèse. Ce dernier nous a confirmé qu'il était lui-même à l'origine de cette initiative pour corriger la thèse de son ancien doctorant. Nous reviendrons en détails sur cette partie de l'affaire car il s'agit d'une question importante sur les pressions que subissent certains doctorants pour publier des travaux frauduleux. Notre entretien, publié hier dans News Tank Education & Recherche, a discuté ce type de situations.

Après des études à l’université Pierre et Marie Curie (désormais Paris-Sorbonne) et un diplôme d'ingénieur à l'Institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (AgroParisTech), Olivier Voinnet décide de faire sa thèse de doctorat à l'université d'East Anglia (UEA) à Norwich au Royaume-Uni. Il travaille sous la direction du Professeur Sir David Baulcombe au Sainsbury Laboratory qui est affilié à l'UEA . Sir Baulcombe, membre de la Royal Society britannique, dirige aujourd'hui une équipe au Département de phytologie à l’université de Cambridge.
Les éléments de réponse que Sir David  Baulcombe nous a apportés, ainsi que le témoignage d'Olivier Voinnet lui-même montrent que, non seulement ce généticien phytologue n'a aucune implication dans les manipulations inappropriées de figures scientifiques produites dans son ancienne équipe, mais il a également géré de manière très humaine cette affaire dont les conséquences n'ont pas épargnée sa réputation scientifique.

Pendant qu'Olivier Voinnet conduisait ses recherches dans l'équipe du Professeur Sir David  Baulcombe, une autre jeune chercheuse, Susana Rivas, travaillait dans une équipe voisine, dans le laboratoire de Jonathan Jones. L'équipe de ce dernier, qui s'intéresse à la résistance des plantes aux maladies, est toujours basée au Sainsbury Laboratory. Susana Rivas a ensuite intégré le CNRS pour mener ses recherches au Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), qui a été créé en 1981. Le LIPM est une unité mixte de recherche CNRS-INRA. Il est rattaché à l'Institut des Sciences Biologiques (INSB), qui était sous la direction de Catherine Jessus de mai 2013 à fin 2018, et à l’Institut Écologie et Environnement (INEE) du CNRS, ainsi qu’aux départements Santé des Plantes et Environnement (SPE) et Génétique et Amélioration des Plantes (GAP) de l'INRA.
Rivas a co-signé un seul article scientifique avec Olivier Voinnet publié, en 2003, dans la revue Plant Journal. Cette publication a été rétractée, le 13 novembre 2015, pour des méconduites attribuées injustement à Olivier Voinnet alors que c'est Susana Rivas qui en porte la responsabilité. Dans un document auquel nous avons eu accès, son ancien directeur, Jonathan Jones innocente Olivier Voinnet et reconnaît avec regret que les méconduites ont été faites dans son laboratoire par son ancienne chercheuse, Susana Rivas. Les méconduites de cette chercheuses incluent des manipulations inappropriées de figures dans ses publications, mais également de l’auto plagiat. Rivas reproduit souvent des parties de ses figures qui ont été publiées dans d'autres revues. Deux de ses articles publiés en 2002 ont été rétractés, en 2017, par les revues Plant Cell et Plant Journal. Nous reviendrons dans les prochaines parties de cette enquête sur le silence mystérieux du CNRS au sujet de cette chercheuse.

Les dates clés de cette affaire

De 2010 à ce jour, le CNRS a connu trois PDG. Les débuts de l’affaire dite "Voinnet" ont coïncidé avec le mandat d'Alain Fuchs. Nous reviendrons sur sa gestion désastreuse de cette affaire et de sa récente sortie à l'édition 2018 de Think Education et Recherche à laquelle nous avions participé. Le 24 octobre 2017, Anne Peyroche est nommée PDG du CNRS par intérim, elle sera remplacée quelques mois plus tard par Antoine Petit. Peyroche a fait l'objet, depuis le 4 novembre 2017, d'allégations pour méconduites scientifiques. Nous avions consacré un dossier à son cas qui n'est pas encore terminé aujourd'hui. Peyroche a joué un rôle très limité dans l'affaire d'Olivier Voinnet et de ses co-auteurs. L'ex-directrice de l'INSB, Catherine Jessus, a été l'interlocutrice de l'ETH Zurich pour ce dossier. Elle a été également l’architecte des différentes commissions d'investigations et de pré-enquêtes dans le cadre de cette affaire. Rappelons que l'ex-patronne de la biologie du CNRS a fait l'objet  elle aussi d'allégations pour méconduites dans ses publications scientifiques dès le 12 septembre 2017. Elle sera ensuite innocentée par une commission controversée de Paris-Sorbonne.
Sur proposition de la ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, Antoine Petit sera ensuite nommé PDG du CNRS avait annoncé le compte-rendu du Conseil des Ministres du 24 janvier 2018.
Antoine Petit, qui n'était pas initialement responsable des dysfonctionnements et de la gestion désastreuse de ces allégations pour méconduite scientifique au CNRS, va commettre, quelques mois plus tard, des erreurs de communication et prendre des décisions qui ont conduit les avocats d'Olivier Voinnet à déposer auprès du tribunal administratif de Paris un appel de la décision du PDG du CNRS du 2 octobre 2018. Le CNRS a même été obligé de publier un droit de réponse d’Olivier Voinnet. Le CNRS s'enfonce-t-il dans les contradictions et dans des décisions erronées pour couvrir ce qui s'est passé en 2015 ou son nouveau PDG n'a pas eu assez de temps depuis son arrivée à la tête du CNRS pour étudier ce dossier très complexe ? Ce sont les questions auxquelles nous tenterons de répondre dans les prochaines parties de cette enquête.

Chronologie de l'affaire Voinnet et de ses co-auteurs © Ethique & Intégrité
Chronologie de l'affaire Voinnet et de ses co-auteurs © Ethique & Intégrité

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