Cette expression exprime le dilemme que représente le fait de devoir choisir entre deux options différentes qui sont aussi mauvaises l'une que l'autre. Il s'agit d'un choix cornélien, d'un dilemme dans lequel les deux alternatives peuvent occasionner un conflit psychique.
Au milieu du 14ème siècle, la peste a tué près de la moitié de la population européenne: ceci est une moyenne; parfois, dans certaines zones, la mortalité a dépassé 80%, voire 90%. De nombreux villages ont été rayés de la carte. La plupart des morts sont survenues sur une courte période (quelques années). Les survivants étaient d'autant plus terrifiés que l'origine de cette maladie était inconnue.
Cinq siècles plus tard, alors que des médecins prétendaient que d'autres épidémies étaient désormais impossibles en France, une nouvelle maladie, le choléra, a tué d'innombrables personnes, y compris parmi celles en bonne santé jusqu'alors. C'est l'apparition de cette nouvelle maladie infectieuse épidémique qui laissera dans le langage courant l'expression "choisir entre la peste et le choléra".
Autre exemple: pour produire de l'électricité, on doit choisir entre la peste du nucléaire, avec son coût, son opacité, son secret défense, ses déchets mortifères dont on ne sait pas se débarrasser et le choléra du carbone fossile avec la pollution de l'environnement responsable d'un important réchauffement climatique.
...
Une locution proverbiale similaire est illustrée ici:
Tomber de Charybde en Scylla. | Le Club (mediapart.fr)
…
Le choix est cité ici:
...