Covid19 : mutants et vaccination

Les variants sud-africain et britannique comportent des mutations dans la protéine virale Spike, cible des vaccins Pfizer, Moderna... Quel impact sur l'efficacité des vaccins ? Les premières publications scientifiques sortent. Mise à jour le 9 janvier : ajout de détails pour le mutant sud africain

NOTE : Je voulais attendre plus de publications avant d'écrire un billet sur ce sujet mais le communiqué de presse de BioNtech m'a irrité.

 


Je ne parlerai pas ici du contenu des essais de phase 3 publiés dernièrement, je vous renvois à ces deux billets 1 et 2.

Quant aux mutations du variant britannique, je vous invite à lire ce billet.

Le variant sud africain comporte plusieurs mutations su spike dont 3 problématiques dans le RBD (domaine de liaison permettant la fixation de Spike sur ACE2 sur les cellules humaines). Ces mutations sont K417N, E484K et N501Y. 


 

Ce qui est inquiétant pour l'efficacité de la vaccination, ce sont les mutations sur Spike et plus précisément les régions biologiquement importantes pour les fonctions de Spike, c'est-à-dire ses sites actifs.

Justement, les variants britannique et sud-africain comportent des mutations en ces endroits.

Une prépublication indique que le variant britannique est 56% plus transmissible mais sans pouvoir démontrer un effet des mutations sur la sévérité de la covid induite (ou la mortalité). Qui dit plus de circulation, dit plus d'hospitalisations/séquelles/décès (mais aussi saturation des services et tri des patients) à comportement égal.

 

Après des déclarations immédiates des politiques et des fabricants, les premières données apparaissent.

Aujourd'hui (8 janvier 2021), BioNTech communique que l'efficacité de son vaccin n'est pas affecté par les variants britannique et sud-africain. Le communiqué cite une étude (prépublication) dans laquelle a été réalisé un test de neutralisation sur des séra de 20 patients vaccinés avec le vaccin Pfizer. La mutation N501Y ne modifie pas la qualité de neutralisation des anticorps développés par les personnes vaccinées. C'est très bien... sauf que cela ne concerne qu'une des mutations inquiétantes sur Spike.

 

Heureusement, d'autres chercheurs travaillent. Déjà, le 4 janvier 2021, une étude ((prépublication) s'est intéressée à plusieurs mutations dont la mutation E484K, présente dans le variant sud-africain.

Dans cette étude, les sera de personnes convalescentes pour la covid ont été analysés. Il a été observé que les anticorps ciblant le RBD de Spike (domaine de liaison qui fixe la protéine ACE2 sur les cellules humaines) représentent jusqu'à 90% de l'activité neutralisante !

De plus, les auteurs montrent que la mutation E484K diminue d'un facteur 10 la capacité de neutralisation (il faut 10 fois plus d'anticorps pour avoir le même niveau de neutralisation qu'avec la séquence initiale E484) de certains patients.

Les auteurs n'observent pas d'effet de la mutation N501Y sur la neutralisation. Cette étude confirme donc les résultats donnés par BioNTech quant à la mutation N501Y.

 

Autant le communiqué de presse de BioNTech est reprise en boucle partout, les journaux ne parlent pas de cette étude.

BioNTech a gagné 6% aujourd'hui en bourse. Serait-ce grâce à son communiqué ?

 

Bonus : C'est dommage que les tests de neutralisation ne soient pas réalisés chez les personnes de plus de 65 ans du groupe vaccin de leur étude de phase 3 de Pfizer, ça permettrait de savoir si les titres d'anticorps sont suffisants pour qu'elles soient protégées. Il y avait 3848 vaccinés de plus de 65 ans, ça permettrait de faire de belles statistiques.

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