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Billet de blog 25 mars 2021

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Covid19 : variants brésilien et sud-africain, la prochaine vague ?

On s'est pris une vague au printemps 2020, une 2e à l'automne 2020. On est dans la 3e vague avec le variant. Et ensuite... 4e vague brésilienne ou sud-africaine ? Qu'en est-il de la vaccination ? MISE A JOUR : 29 mars 2021. Ajout résultats dans papier dans Nature sur échappement immunitaire du variant sud-africain

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Pour des précisions sur termes virus, vaccin, mutation, variant, protéine spike... je vous renvoie vers ce billet.


Alors que nous sommes dans une 3e vague (qu'on a bien regardé arriver pendant 3 mois en toute connaissance de cause), il serait (peut-être) judicieux d'éviter une quatrième.

Cette 3e vague est due au variant B117 dit britannique. Ce variant est 30-50% plus transmissible et plus mortel. Les enfants sont également plus touchés. C'est la panique... (humour).

Et la quatrième vague ?

Outre le variant britannique, deux autres sont problématiques, le brésilien (P1) et le sud-africain (B1351) (on peut même sous-catégoriser les variants). En quoi est-ce grave ?

Actuellement, la majorité (c'est-à-dire >50%) des patients hospitalisés en soins intensifs au Brésil ont entre 30 et 50 ans !

Au Chili, pays parmi les plus vaccinés, connaît une montée exponentielle (explosion) des cas, avec une saturation des hôpitaux. Il s'agit également du variant brésilien.

  • Une étude en pré-publication a conclu que le variant brésilien est 40-120% plus transmissible que les souches précédentes, c'est-à-dire au moins autant que le variant britannique. Ce variant échappe à l'immunité acquise par une infection par une souche précédente, conduisant à la réinfection des personnes, ce qui explique les hauts taux d'infection à Manaus et partout ailleurs au Brésil avec la saturation des hôpitaux. Un embrasement dans l'Amérique latine toute entière n'est pas à exclure.
  • Une autre a conclu que le variant sud-africain est 50-74% plus transmissible que les souches précédentes, c'est-à-dire au moins autant que le variant britannique et brésilien.

L'arme ultime (ou plutôt la seule) des politiciens européens est la vaccination. C'est ce qu'ils disent à longueur de journée : seule la vaccination fera baisser les infections. Il est donc important de regarder l'efficacité des vaccins face à ces variants. En effet, ils ont été élaborés contre le spike de la souche initiale alors que ces variants comportent de nombreuses mutations au sein de son RBD.

Dès le signalement de ces variants, Pfizer et Moderna ont été rapides à affirmer l’efficacité de leurs produits puis à daigner fournir quelques expériences en laboratoire. Ainsi, Pfizer et Moderna ont publié que les résultats de tests de neutralisation avec des séra de personnes vaccinés (contenant les anticorps neutralisants). Une légère baisse était observée contre le variant sud-africain et pas de différence en ce qui concerne les variants britannique et brésilien (comme ici). J’avais notamment dénoncé le nombre limité de séra de personnes vaccinées au vu de l’importance de la question et du nombre d’échantillons en leur possession (ici et ). Plusieurs articles réalisés par des laboratoires de recherche indépendants des fabricants, n’étaient pas arrivés aux mêmes conclusions. Je vous renvoie à ces billets pour plus de détails.

Quoi de neuf ?

Des études de laboratoires indépendants sont nouvellement parues dans de grandes revues scientifiques.

Tests de neutralisation des variants avec des séra de patients vacinés Pfizer ou Moderna (1 vs 2 doses) © Garcia-Beltran et al 2021 Cell - Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralizationby vaccine-induced humoral immunity

Chaque courbe ci-dessus représente le pouvoir neutralisant du séra d’une personne vaccinée par Pfizer (grap du haut) ou Moderna (bas). Une dose, c’est vraiment moins bien, voire même nul selon les variants (échelle logarithmique base 10). La réponse contre les variants brésiliens et sud-africains est très mauvaise même lorsque la personne a reçu les deux doses de vaccins. Il faut comparer la réponse aux valeurs à gauche (wild-type = souche initiale, et D614G = souche majoritaire depuis mars 2020).

En regardant de plus près, 36.7% (11/30) patients vaccinés 2-doses de pfizer et 42.9% (15/35) patients vaccinés 2-doses de moderna n’ont PAS de neutralisation détectable (!!!) contre au moins 1 des variants sud-africains. Autant dire que c’est nul.

La figure suivante montre de combien de fois la neutralisation contre tel ou tel variant est plus faible que contre la souche initiale chez des personnes vaccinées avec deux doses de Pfizer (haut) ou Moderna (bas).

Faiblesse de la neutralisation contre les variants © Garcia-Beltran et al 2021 Cell - Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralizationby vaccine-induced humoral immunity

Pour le vaccin Pfizer, la neutralisation des variants brésiliens est affaiblie (facteur x6.7) mais ce sont surtout les résultats concernant les variants sud-africains qui sont effrayantes (facteurs supérieur à x30 !). Pour le vaccin Moderna, c’est un peu mieux. Baisse d’un facteur x4.5 contre les brésiliens et supérieurs à x19 pour les sud-africains. Il faut s'inquiéter à partir d'un changement de l'ordre de x2-x3. Pour départager la médiocrité, on peut dire que Moderna, c’est un peu mieux que Pfizer.

Evidemment, une baisse dans les tests de neutralisation ne signifie pas une baisse équivalente d’efficacité des vaccins en conditions réelles (une baisse x30 ne signifie pas une efficacité divisée par 30). La réponse immunitaire n’est pas seulement basée sur les anticorps mais également sur la réponse cellulaire par les lymphocytes T. Ainsi la baisse d’un facteur x2 contre le variant britannique n’affecte pas significativement l’efficacité en conditions réelles selon les derniers résultats sur les hospitalisations en Angleterre et Ecosse des personnes vaccinées avec Astrazeneca ou Pfizer. Par contre des différences de neutralisation de facteurs x6 ou x30 changent la donne. Ainsi, l’immunisation induite avec la vaccination Pfizer ou Moderna est très problématique face aux variants sud-africains.

  •  Un autre récent article dans Cell conclut à la faible protection du vaccin Pfizer contre les variants brésilien et sud-africain dans des tests de neutralisation.
  •  Dans un article en prépublication, les séra de personnes précédemment contaminées par le SARS-cov2, ou vaccinées par Pfizer ou bien Astrazeneca présentent la même baisse de neutralisation face au variant sud-africain. Ainsi lorsque les gens (politiciens) doutent de la vaccination par astrazeneca sur la base de leur étude menée en Afrique du Sud, elles ont raison mais dans ce cas, elles devraient également douter des vaccins Pfizer/Moderna face au variant sud-africain.
  •  Le même type de résultats (chute) sont observés pour les séra de personnes précédemment contaminées par le SARS-cov2, vaccinées par Pfizer ou bien Moderna dans un article paru dans Nature. Chaque V1, V2... est un patient différent. Plus la courbe jaune (variant sud-africain) s'éloigne vers la droite de la courbe rose (britannique) ou de la noire (souche initiale) et plus la neutralisation (protection) est diminuée.
    Tests de neutralisation des variants avec des séra de patients vacinés Pfizer ou Moderna © Wang et al 2021 Nature Antibody Resistance of SARS-CoV-2 Variants B.1.351 and B.1.1.7
  • MISE A JOUR : 29 mars 2021. Un article dans Nature, concernant des personnes hospitalisées en Afrique du Sud, vient de montrer que les séra de personnes guéris de la 1e vague de Covid sont inefficaces à neutraliser le variant sud-africain (chute d'un facteur x15) dans des tests de neutralisation in vitro. A l'inverse, les séra de personnes guéris de la 2e vague du variant sud-africain sont efficaces pour neutraliser le virus de la souche initiale (baisse seulement d'un facteur 2).

Les chiffres en France ?

La France a plutôt bien bleui en l’espace d’un mois, les variants brésilien et sud-africain progressent lentement. En décembre 2020, les cas se comptaient dans les doigts d'une main.

Pourcentage de tests positifs pour les variants brésilien et sud-africain au 18 février vs 21 mars 2021 © Alan Emrey avec données de Geodes Santé Publique France

Ci dessous, j'ai adapté à la main les données des variants disponibles sur Geodes. Les courbes ne sont pas parfaites mais c'est pour donner une idée de l'évolution.

Le rectangle rouge représente grossièrement la période où certains journalistes et politiciens s'extasiaient de la non-envolée des cas.

  • 1 et 3, cet été et au début de l’hiver, on a fermé les yeux
  • 2 et 4, on est surpris
  • 5, on continue à fermer les yeux ?
Nouveaux cas journaliers en France par variants © Alan Emrey avec données de Our World in Data et Geodes Santé Publique France

 Conclusion

  • Actuellement, il n’y a pas assez de doses de vaccins pour tout le monde en Europe et dans le monde
  • Les vaccins Astrazeneca, Pfizer et Moderna ne sont pas terribles contre les variants brésilien et sud-africain. Il suffit de regarder la situation actuelle catastrophique au Brésil
  • Les vaccins ne protègent pas de la transmission, en tout cas pas clair du tout. Et même si c’était le cas, faisons une expérience de pensée. Soyons fou, prenons l’exemple d’un vaccin procurant 90% de blocage de transmission. En période actuelle (auto-discipline), disons que je ne côtoie qu’une personne, je la contamine -> 1 contaminé. Demain, je suis vacciné, c’est la fête, je côtoie 10 personnes vaccinées (avec 90% efficacité), j’en contamine… toujours une. Le nombre de cas baisse-t-il ? Non
  • Durée d’immunité inconnue. Une étude au Danemark montre qu’à 6 mois, chez les plus de 65 ans ayant déjà été infectés, l’efficacité n’est plus que de 49%
  • Les enfants ne sont pas encore sur la liste des vaccinés (la justification étant qu'ils ne développent pas de formes sévères). Pourtant, ils représentent une part importante de la population et sont vecteurs de la transmission. Pour atteindre la fameuse immunité collective, il faut absolument que les enfants soient vaccinés.

Ainsi, si la stratégie de sortie est uniquement basée sur la vaccination et non pas un contrôle de la circulation du virus, on va se prendre une nouvelle vague.

Bonus :

Première ministre de la Nouvelle Zélande, passage d'une minute en décembre 2020.

https://twitter.com/dwnews/status/1340443042608771074

En Europe (et Amériques), on est évidemment les plus malins. On ne parlait que de deux possibilités :

  1.  atteindre l’immunité collective en laissant faire
  2.  (semi-)confinement pour abaisser la hauteur du pic : soulager les hôpitaux ou autrement dit avec moins de langue de bois : éviter que tous ceux qui doivent mourir, ne meurent en même temps et que les morgues ne débordent (et éviter un peu de surmortalité à cause des non soignés par saturation des hôpitaux).

L'Asie/Océanie (Corée du Sud, Japon, Chine, Vietnam, Australie, Nouvelle-Zélande) ont fait un autre choix  : zéro covid, bloquer la circulation du virus.

Résultats : moins de décès et tout est ouvert (sauf les frontières avec contrôles et quarantaine stricte) et tout cela en ayant moins vacciné que nous.

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